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- PDB-5whx: PREPHENATE DEHYDROGENASE FROM SOYBEAN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5whx
タイトルPREPHENATE DEHYDROGENASE FROM SOYBEAN
要素Prephenate dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / TYROSINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


prephenate dehydrogenase (NADP+) / arogenate dehydrogenase (NADP+) activity / prephenate dehydrogenase (NADP+) activity / prephenate dehydrogenase (NAD+) activity / tyrosine biosynthetic process / NAD+ binding
類似検索 - 分子機能
Arogenate dehydrogenase 1/2 / Prephenate dehydrogenase / Prephenate dehydrogenase, nucleotide-binding domain / Prephenate dehydrogenase, nucleotide-binding domain / Prephenate/arogenate dehydrogenase domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Prephenate dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Holland, C.K. / Jez, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB--1157771 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis of the evolution of alternative tyrosine biosynthetic routes in plants.
著者: Schenck, C.A. / Holland, C.K. / Schneider, M.R. / Men, Y. / Lee, S.G. / Jez, J.M. / Maeda, H.A.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年8月2日ID: 5T8X
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prephenate dehydrogenase 1
B: Prephenate dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2366
ポリマ－61,3642
非ポリマー1,8714
水9,278515
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.002, 55.275, 67.942
Angle α, β, γ (deg.)107.44, 98.91, 103.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Prephenate dehydrogenase 1


分子量: 30682.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: LOC100787362, PDH1, GLYMA_18G023100 / プラスミド: PET28A / 細胞株 (発現宿主): ROSETTA 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1MYY4, prephenate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG-4000 AND 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.5 WITH 30% (W/V) D-SORBITOL AS AN ADDITIVE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→32.41 Å / Num. obs: 64687 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.96 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 13.77
反射 シェル解像度: 1.69→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3130 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T9E

5t9e


解像度: 1.69→32.41 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 18.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 3163 4.97 %
Rwork0.153 --
obs0.155 63602 94.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→32.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3997 0 122 516 4635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1715902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.751634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005743
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6931-1.71830.26011060.21492128X-RAY DIFFRACTION76
1.7183-1.74520.23271290.21572574X-RAY DIFFRACTION93
1.7452-1.77380.23861450.2062583X-RAY DIFFRACTION93
1.7738-1.80440.21821610.20672528X-RAY DIFFRACTION93
1.8044-1.83720.24411190.19662665X-RAY DIFFRACTION93
1.8372-1.87250.23581330.18372535X-RAY DIFFRACTION94
1.8725-1.91070.23241520.18372635X-RAY DIFFRACTION95
1.9107-1.95230.24111300.17592651X-RAY DIFFRACTION95
1.9523-1.99770.23321360.17312665X-RAY DIFFRACTION95
1.9977-2.04760.2131390.16682628X-RAY DIFFRACTION95
2.0476-2.1030.20641270.162635X-RAY DIFFRACTION95
2.103-2.16490.16851330.15952671X-RAY DIFFRACTION96
2.1649-2.23470.20241370.15182663X-RAY DIFFRACTION96
2.2347-2.31460.16331380.14822681X-RAY DIFFRACTION96
2.3146-2.40720.18031270.15162678X-RAY DIFFRACTION96
2.4072-2.51670.18021360.1482700X-RAY DIFFRACTION97
2.5167-2.64940.16641590.15582649X-RAY DIFFRACTION97
2.6494-2.81530.20531290.16062694X-RAY DIFFRACTION97
2.8153-3.03250.18281550.1542704X-RAY DIFFRACTION97
3.0325-3.33740.15411410.14032677X-RAY DIFFRACTION97
3.3374-3.81970.16011340.13032711X-RAY DIFFRACTION97
3.8197-4.80980.14181420.12182677X-RAY DIFFRACTION97
4.8098-32.41140.16971550.15362707X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74220.22680.48510.89810.36931.6932-0.02960.14770.0533-0.06290.0254-0.0546-0.10010.08460.01120.10680.00690.00480.12240.00610.12171.806-44.5786-33.0478
20.1129-0.0552-0.03963.0637-2.43543.1831-0.00420.02350.01210.0741-0.0671-0.1254-0.00250.05680.09270.10010.01920.00370.132-0.03480.1338-16.1968-55.7053-14.5757
31.0848-0.02790.23682.22220.73721.47270.009-0.0901-0.09210.2619-0.0086-0.01430.1587-0.03710.00820.14580.00580.00910.11570.01770.118315.0795-33.07041.8817
41.00150.7321-0.84211.4756-1.44122.5662-0.13860.0367-0.1213-0.01470.06310.00720.2067-0.05010.080.11940.0151-0.02560.165-0.01420.177712.8266-8.2261-13.0258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 8 THROUGH 183 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 257 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID 8 THROUGH 183 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 184 THROUGH 260 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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