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万見
- PDB-5wgt: Crystal Structure of MalA' H253A, premalbrancheamide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wgt
タイトルCrystal Structure of MalA' H253A, premalbrancheamide complex
要素Flavin-dependent halogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / flavin-dependent halogenase / malbrancheamide / zinc / Zn / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin-dependent halogenase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / secondary metabolite biosynthetic process / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-PM7 / Flavin-dependent halogenase malA
類似検索 - 構成要素
生物種Malbranchea aurantiaca (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.093 Å
データ登録者Fraley, A.E. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA70375 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA047135 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 086374 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1205646 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Function and Structure of MalA/MalA', Iterative Halogenases for Late-Stage C-H Functionalization of Indole Alkaloids.
著者: Fraley, A.E. / Garcia-Borras, M. / Tripathi, A. / Khare, D. / Mercado-Marin, E.V. / Tran, H. / Dan, Q. / Webb, G.P. / Watts, K.R. / Crews, P. / Sarpong, R. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / ...著者: Fraley, A.E. / Garcia-Borras, M. / Tripathi, A. / Khare, D. / Mercado-Marin, E.V. / Tran, H. / Dan, Q. / Webb, G.P. / Watts, K.R. / Crews, P. / Sarpong, R. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / Houk, K.N. / Sherman, D.H.
履歴
登録2017年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-dependent halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,11815
ポリマ－74,6301
非ポリマー2,48714
水7,963442
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area24710 Å2
2
A: Flavin-dependent halogenase
ヘテロ分子

A: Flavin-dependent halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,23530
ポリマ－149,2612
非ポリマー4,97528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
Buried area8050 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area46560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.176, 120.451, 170.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

CD

21A-703-

CD

31A-806-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Flavin-dependent halogenase


分子量: 74630.422 Da / 分子数: 1 / 変異: His253Ala, Leu276Pro, Arg428Pro / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Malbranchea aurantiaca (菌類) / 遺伝子: malA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L0E155

-
非ポリマー , 7種, 456分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PM7 / (5aS,12aS,13aS)-12,12-dimethyl-2,3,11,12,12a,13-hexahydro-1H,5H,6H-5a,13a-(epiminomethano)indolizino[7,6-b]carbazol-14-one / premalbrancheamide E / (6S)-6β,8aβ-(イミノカルボニル)-7α,6-[ジメチルメチレン(1H-インド-ル-2,3-ジイル)メチレン(以下略)


分子量: 335.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25N3O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 5 mM cadmium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月8日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.093→46.14 Å / Num. obs: 48238 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 39.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07229 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 16.58
反射 シェル解像度: 2.093→2.168 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.007 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.458 / Rrim(I) all: 1.187 / % possible all: 98.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
Aimless0.5.26データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WGR

5wgr


解像度: 2.093→46.14 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2075 2316 4.8 %
Rwork0.1624 --
obs0.1647 48221 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.68 Å2 / Biso mean: 46.0537 Å2 / Biso min: 23.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.093→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5243 0 134 442 5819
Biso mean--56.91 50.18 -
残基数----664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7487557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047797
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005987
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8133249
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.093-2.13580.26421310.24012632276398
2.1358-2.18220.3071180.231726852803100
2.1822-2.2330.27411300.223126772807100
2.233-2.28880.26171440.208626482792100
2.2888-2.35070.30191390.203926622801100
2.3507-2.41990.25161210.195527032824100
2.4199-2.4980.22331400.195726702810100
2.498-2.58720.30241360.185626942830100
2.5872-2.69080.24131350.183526702805100
2.6908-2.81330.24331400.190126912831100
2.8133-2.96160.2271400.185326942834100
2.9616-3.14710.2481130.190827182831100
3.1471-3.390.26371430.171127132856100
3.39-3.7310.16861520.151426972849100
3.731-4.27050.16541510.121627212872100
4.2705-5.37910.15621490.115627452894100
5.3791-46.15190.18181340.157328853019100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68410.7134-0.52244.5535-2.9153.94140.0634-0.07840.18060.0135-0.1967-0.2126-0.23990.44540.1320.2601-0.0745-0.01020.3264-0.03270.339280.563439.602865.7641
21.36820.37230.38310.67590.11450.91580.00910.02540.0163-0.1092-0.02610.02310.00050.06140.01610.3114-0.0174-0.00940.2613-0.00960.243469.315730.431861.0397
31.13310.58630.05021.62660.53790.9751-0.03820.12330.091-0.20370.03380.1201-0.0457-0.14360.01220.31930.0045-0.04670.32020.00440.243158.448732.340853.1714
41.55520.93910.38111.50540.1491.4086-0.02180.29150.1283-0.31010.01160.0469-0.0856-0.10980.02750.33580.0348-0.04720.3160.02130.312259.728235.424948.1415
51.6513-0.38961.9230.4156-0.62133.99450.02660.06170.0247-0.1363-0.03520.03660.0432-0.01530.00650.2933-0.0256-0.00290.2341-0.02440.264164.796923.66655.9316
62.51850.22520.67140.75570.35881.28670.0154-0.1701-0.1807-0.0441-0.02310.1510.0926-0.3322-0.00570.302-0.0613-0.01010.32340.00990.30551.143316.356167.5909
71.89461.1189-0.9073.0804-0.7190.92150.1071-0.14070.42250.2014-0.0680.4335-0.2215-0.1754-0.04780.40620.0509-0.01160.4772-0.08620.434346.075539.147470.004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 69 )A3 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 217 )A70 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 218 through 293 )A218 - 293
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 294 through 340 )A294 - 340
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 341 through 437 )A341 - 437
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 438 through 579 )A438 - 579
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 580 through 666 )A580 - 666

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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