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- PDB-5wgz: Crystal Structure of Wild-type MalA', isomalbrancheamide B complex -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wgz | |||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of Wild-type MalA', isomalbrancheamide B complex | |||||||||||||||
![]() | Flavin-dependent halogenase | |||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / flavin-dependent halogenase / malbrancheamide / zinc / Zn / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() flavin-dependent halogenase activity / Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / secondary metabolite biosynthetic process / monooxygenase activity Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Fraley, A.E. / Smith, J.L. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Function and Structure of MalA/MalA', Iterative Halogenases for Late-Stage C-H Functionalization of Indole Alkaloids. Authors: Fraley, A.E. / Garcia-Borras, M. / Tripathi, A. / Khare, D. / Mercado-Marin, E.V. / Tran, H. / Dan, Q. / Webb, G.P. / Watts, K.R. / Crews, P. / Sarpong, R. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / ...Authors: Fraley, A.E. / Garcia-Borras, M. / Tripathi, A. / Khare, D. / Mercado-Marin, E.V. / Tran, H. / Dan, Q. / Webb, G.P. / Watts, K.R. / Crews, P. / Sarpong, R. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / Houk, K.N. / Sherman, D.H. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 291.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 233.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5wgrSC ![]() 5wgsC ![]() 5wgtC ![]() 5wguC ![]() 5wgvC ![]() 5wgwC ![]() 5wgxC ![]() 5wgyC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 74697.492 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Leu276Pro, Arg428Pro Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 445 molecules ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/IM7.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/IM7.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FAD / | ||||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-CD / #4: Chemical | ChemComp-ZN / | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.08 % / Mosaicity: 0.1 ° |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 5 mM cadmium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 14, 2016 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.041→46.18 Å / Num. obs: 52129 / % possible obs: 99.72 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07805 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 15.68 |
Reflection shell | Resolution: 2.041→2.114 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.234 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / CC1/2: 0.581 / Rpim(I) all: 0.449 / Rrim(I) all: 1.183 / % possible all: 98.88 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5WGR Resolution: 2.041→46.18 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.75
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.22 Å2 / Biso mean: 45.2977 Å2 / Biso min: 21.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.041→46.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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