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- PDB-5wgd: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with Est... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wgd
タイトルEstrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with Estradiol and SRC2-LP1
要素
  • (ACE)AILHKLLQDS(NH2)
  • (ACE)HKILHKLLQDS(NH2)
  • Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Breast Cancer / Stapled Peptides / Synthetic Peptides / Hormone
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / steroid hormone receptor signaling pathway / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / nuclear estrogen receptor activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / steroid hormone receptor signaling pathway / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / nuclear estrogen receptor activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell development / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / : / estrogen response element binding / : / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / Nuclear Receptor transcription pathway / beta-catenin binding / response to estrogen / male gonad development / nuclear receptor activity / transcription coactivator binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Regulation of RUNX2 expression and activity / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESTRADIOL / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fanning, S.W. / Speltz, T.E. / Mayne, C.G. / Siddiqui, Z. / Greene, G.L. / Tajkhorshid, E. / Moore, T.W.
引用ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2018
タイトル: A "cross-stitched" peptide with improved helicity and proteolytic stability.
著者: Speltz, T.E. / Mayne, C.G. / Fanning, S.W. / Siddiqui, Z. / Tajkhorshid, E. / Greene, G.L. / Moore, T.W.
履歴
登録2017年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
E: (ACE)HKILHKLLQDS(NH2)
F: (ACE)AILHKLLQDS(NH2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6166
ポリマ－62,0714
非ポリマー5452
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.037, 83.831, 58.375
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29774.123 Da / 分子数: 2 / 変異: Y364S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド (ACE)HKILHKLLQDS(NH2)


分子量: 1359.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド (ACE)AILHKLLQDS(NH2)


分子量: 1163.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-EST / ESTRADIOL


分子量: 272.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24O2 / コメント: ホルモン*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3,350, MgCl2, Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 45402 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DXE

5dxe


解像度: 1.8→26.6 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 2083 4.88 %
Rwork0.176 --
obs0.177 42687 90.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3681 0 40 416 4137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2945234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7671476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004647
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8038-1.84570.3654640.26741358X-RAY DIFFRACTION46
1.8457-1.89180.2929990.26011979X-RAY DIFFRACTION66
1.8918-1.9430.26351360.22662529X-RAY DIFFRACTION84
1.943-2.00010.25861660.20662721X-RAY DIFFRACTION93
2.0001-2.06470.26421390.20122804X-RAY DIFFRACTION95
2.0647-2.13840.20861410.18372846X-RAY DIFFRACTION95
2.1384-2.2240.20881490.16952885X-RAY DIFFRACTION96
2.224-2.32520.20551610.17452883X-RAY DIFFRACTION97
2.3252-2.44770.19641260.17472938X-RAY DIFFRACTION98
2.4477-2.60090.23561690.17612913X-RAY DIFFRACTION98
2.6009-2.80150.251440.18722980X-RAY DIFFRACTION99
2.8015-3.08310.20941480.17442943X-RAY DIFFRACTION98
3.0831-3.52830.19511450.16472969X-RAY DIFFRACTION99
3.5283-4.4420.16781620.14352961X-RAY DIFFRACTION99
4.442-26.60190.1861340.17772895X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.77850.68970.33643.8852-1.92294.04910.36430.89721.0373-0.3650.2010.8095-0.4646-0.5116-0.26430.2710.0096-0.06290.31980.14820.330537.93599.812750.8525
27.0034-5.65162.53736.676-1.64721.760.03010.10910.3198-0.2750.0131-0.65340.13540.0044-0.0020.1760.00080.0520.1958-0.01880.20864.9234-6.826551.4401
36.4524-4.8661.06695.7644-1.21970.86510.23940.2826-0.0263-0.4382-0.1552-0.1524-0.01980.2234-0.05410.1368-0.01940.02610.1519-0.01380.096561.85092.490556.0915
41.65120.3611-0.09195.34520.61791.92230.0404-0.02120.22470.0183-0.00550.1983-0.20850.0385-0.03390.0742-0.01170.03120.10910.00590.082352.83249.275261.2977
52.2810.5533-0.44353.98-0.42072.8338-0.1880.1295-0.6861-0.4005-0.10220.1810.47560.10860.06540.17370.00330.03740.1063-0.05390.221855.2121-11.973655.4434
61.9465-0.66933.60611.4872-1.25778.66860.1104-0.0592-0.5305-0.05540.2103-0.03150.5160.0989-0.25390.27070.04920.08660.1530.03830.28663.732-14.646163.1754
72.1079-0.3511.44113.2734-0.34743.2934-0.1664-0.1927-0.72250.17240.00320.35950.1650.0110.11470.16870.00110.04560.11580.00780.207351.2345-10.841365.4097
84.99881.30680.47912.71570.60292.53170.06340.00250.07170.025-0.11170.0877-0.1468-0.24510.10050.09610.0070.01290.12630.03210.084844.15554.740161.4634
95.98571.2586-0.37072.8486-0.14642.74090.06850.43050.3798-0.3535-0.0993-0.0147-0.3724-0.2602-0.03760.1410.060.00120.25170.04910.139134.03136.530560.1066
105.6956-0.3538-0.29440.6980.17590.2016-0.134-0.1725-0.09990.03390.0801-0.02310.02850.05640.03260.12380.0020.01550.14560.00880.07549.1241-1.442469.1733
117.633-5.01972.98353.5546-1.14314.31710.60660.1831-0.347-0.28970.02160.12740.29840.0848-0.23770.109-0.0119-0.020.2104-0.00020.260873.94240.580165.4339
128.5588-3.1488-1.74052.9089-0.3187.08220.048-0.33770.42320.29450.0041-0.4403-0.47780.2129-0.16260.1875-0.01920.00530.1660.01620.319265.6389.615965.6502
134.0818-0.41062.5621.9652-0.83253.8125-0.0434-0.8241-0.64130.46180.22910.51380.0241-0.7569-0.3410.23690.05010.05020.32750.07040.185732.0578-1.162489.4415
144.96431.67933.20093.86650.85643.9268-0.27490.01420.15010.51790.1135-0.2077-0.13260.19890.08820.25930.0429-0.03740.1523-0.00240.116348.53210.401794.9538
158.588-6.5876-1.84875.06041.53142.7122-0.2705-0.0387-1.3575-0.23890.15760.93070.4756-0.550.13650.3695-0.0749-0.06040.21170.03860.357636.7777-14.040984.7976
162.7527-0.79520.42155.18560.26223.36880.03350.0129-0.15790.2044-0.0116-0.20560.09870.1777-0.02380.10980.0072-0.01880.13660.00070.062945.9471-2.99185.2791
172.5461-0.70281.07431.7748-0.93180.745-0.3737-0.43380.77740.94270.3112-0.0954-0.9604-0.23260.31650.59960.0852-0.11290.0274-0.13950.159144.162315.372791.5989
182.9425-2.9952-1.4813.68191.01952.1806-0.2003-0.08970.82380.18570.0461-1.1086-0.8830.40680.06620.5787-0.12-0.24570.2429-0.03660.441655.722117.143990.705
197.1990.083.36165.27850.12765.0152-0.1981-0.02590.28650.079-0.0149-0.1342-0.64520.03850.21710.2916-0.0301-0.01670.1252-0.00350.140546.655614.309381.1188
204.054-1.44090.06577.22990.9375.03390.02320.1727-0.2014-0.1443-0.14610.1184-0.0248-0.0290.19060.1118-0.0221-0.00630.13470.0030.07137.9276-0.891679.4853
217.2562-5.17751.02026.3382-1.41573.3621-0.0256-0.1181-0.35170.0207-0.0850.29230.2032-0.12680.12060.0836-0.03210.01680.21640.00640.148928.6425-1.891274.98
222.9808-0.27912.47022.2803-0.88874.6842-0.13170.22140.3550.0425-0.0733-0.2553-0.14240.4190.12980.1231-0.02640.03890.1083-0.01980.081946.46754.819276.8052
236.9333-0.10141.76460.623-1.07452.2372-0.0762-0.21090.92150.23010.29830.19-0.1520.1420.33720.3736-0.0923-0.24160.522-0.07630.504663.49760.859495.8403
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12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'A' AND (RESID 538 THROUGH 547 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 307 THROUGH 338 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 339 THROUGH 363 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 364 THROUGH 371 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 372 THROUGH 394 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 395 THROUGH 407 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'B' AND (RESID 408 THROUGH 420 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'B' AND (RESID 421 THROUGH 438 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'B' AND (RESID 439 THROUGH 473 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'B' AND (RESID 474 THROUGH 496 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'B' AND (RESID 497 THROUGH 530 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'B' AND (RESID 531 THROUGH 537 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'B' AND (RESID 538 THROUGH 548 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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