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- PDB-5wfx: Structural basis for the interaction of 14-3-3beta with Tricarbox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wfx
タイトルStructural basis for the interaction of 14-3-3beta with Tricarboxylic Acid Cycle intermediate Malate
要素14-3-3 protein beta/alpha
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ChREBP / transcription activation
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / RHO GTPases activate PKNs / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Frs2-mediated activation / MTOR signalling / Signaling by Hippo / Negative regulation of MAPK pathway ...Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / RHO GTPases activate PKNs / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Frs2-mediated activation / MTOR signalling / Signaling by Hippo / Negative regulation of MAPK pathway / : / TP53 Regulates Metabolic Genes / RAF activation / mTORC1-mediated signalling / MAP2K and MAPK activation / Rap1 signalling / cytoplasmic sequestering of protein / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / protein kinase inhibitor activity / phosphoserine residue binding / protein targeting / transcription repressor complex / histone deacetylase binding / protein localization / melanosome / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein beta/alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Hou, Z.Q.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the interaction of 14-3-3 beta withTricarboxylic Acid Cycle intermediate Malate
著者: Hou, Z.Q. / Su, L.J. / Liu, X.Y.
履歴
登録2017年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein beta/alpha
B: 14-3-3 protein beta/alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2372
ポリマ－56,2372
非ポリマー00
水11,782654
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.930, 87.790, 124.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein beta/alpha / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 28118.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ywhab / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CQV8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 2.2M Sodium Malonate pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 78578 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 36.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WFU

5wfu


解像度: 1.651→38.687 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 3583 5.04 %
Rwork0.2001 --
obs0.2016 71071 89.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.651→38.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3681 0 0 654 4335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8045028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.4222314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004651
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6507-1.67240.3398600.257854X-RAY DIFFRACTION31
1.6724-1.69530.2605600.24671186X-RAY DIFFRACTION41
1.6953-1.71950.2027780.24951644X-RAY DIFFRACTION56
1.7195-1.74520.2961120.25771904X-RAY DIFFRACTION67
1.7452-1.77240.32811050.23742165X-RAY DIFFRACTION75
1.7724-1.80150.31771290.2252295X-RAY DIFFRACTION81
1.8015-1.83260.3011460.22642504X-RAY DIFFRACTION87
1.8326-1.86590.251390.22382663X-RAY DIFFRACTION93
1.8659-1.90180.23791450.23152767X-RAY DIFFRACTION97
1.9018-1.94060.31961720.24432831X-RAY DIFFRACTION99
1.9406-1.98280.27531480.21532840X-RAY DIFFRACTION100
1.9828-2.02890.23611520.19872880X-RAY DIFFRACTION100
2.0289-2.07960.21421540.18932880X-RAY DIFFRACTION100
2.0796-2.13590.20731380.18862875X-RAY DIFFRACTION100
2.1359-2.19870.21651530.18582892X-RAY DIFFRACTION100
2.1987-2.26970.24391610.19462886X-RAY DIFFRACTION100
2.2697-2.35080.21221530.19092871X-RAY DIFFRACTION100
2.3508-2.44490.24131460.18982886X-RAY DIFFRACTION100
2.4449-2.55610.22571580.19672907X-RAY DIFFRACTION100
2.5561-2.69090.22851610.20192897X-RAY DIFFRACTION100
2.6909-2.85940.23671380.20612959X-RAY DIFFRACTION100
2.8594-3.08010.24561560.20612899X-RAY DIFFRACTION100
3.0801-3.38990.23461420.19382954X-RAY DIFFRACTION100
3.3899-3.880.18771460.16662947X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.88690.18021570.16122996X-RAY DIFFRACTION100
4.8869-38.69770.22051740.23613106X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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