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- PDB-5wfu: Structural basis for the interaction of 14-3-3beta with Tricarbox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wfu
タイトルStructural basis for the interaction of 14-3-3beta with Tricarboxylic Acid Cycle intermediate Malate
要素14-3-3 protein beta/alpha
キーワードPROTEIN BINDING / 14-3-3 beta / Malate / Malic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / RHO GTPases activate PKNs / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Frs2-mediated activation / MTOR signalling / Signaling by Hippo / Negative regulation of MAPK pathway ...Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / RHO GTPases activate PKNs / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Frs2-mediated activation / MTOR signalling / Signaling by Hippo / Negative regulation of MAPK pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / mTORC1-mediated signalling / RAF activation / MAP2K and MAPK activation / Rap1 signalling / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of protein import into nucleus / protein phosphatase inhibitor activity / protein kinase inhibitor activity / phosphoserine residue binding / protein targeting / transcription repressor complex / protein sequestering activity / histone deacetylase binding / melanosome / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / 14-3-3 protein beta/alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Hou, Z.Q. / Liu, X.Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the interaction of 14-3-3beta with Tricarboxylic Acid Cycle intermediate Malate
著者: Hou, Z.Q. / Su, L.J. / Liu, X.Y.
履歴
登録2017年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein beta/alpha
B: 14-3-3 protein beta/alpha
C: 14-3-3 protein beta/alpha
D: 14-3-3 protein beta/alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0108
ポリマ－112,4744
非ポリマー5364
水6,774376
1
A: 14-3-3 protein beta/alpha
B: 14-3-3 protein beta/alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5054
ポリマ－56,2372
非ポリマー2682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
2
C: 14-3-3 protein beta/alpha
ヘテロ分子

C: 14-3-3 protein beta/alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5054
ポリマ－56,2372
非ポリマー2682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area2850 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
3
D: 14-3-3 protein beta/alpha
ヘテロ分子

D: 14-3-3 protein beta/alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5054
ポリマ－56,2372
非ポリマー2682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_658-x+1,y,-z+31
Buried area2770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)256.392, 85.604, 56.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA1 - 2321 - 232
21SERSERBB1 - 2321 - 232
12SERSERAA1 - 2321 - 232
22SERSERCC1 - 2321 - 232
13ASNASNAA1 - 2341 - 234
23ASNASNDD1 - 2341 - 234
14GLUGLUBB1 - 2331 - 233
24GLUGLUCC1 - 2331 - 233
15SERSERBB1 - 2321 - 232
25SERSERDD1 - 2321 - 232
16SERSERCC1 - 2321 - 232
26SERSERDD1 - 2321 - 232

NCSアンサンブル:
ID
6
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein beta/alpha / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 28118.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ywhab / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CQV8
#2: 化合物
ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 2.1M DL-Malic Acid pH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 83288 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 21.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.97→46.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.222 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22435 4132 5 %RANDOM
Rwork0.18983 ---
obs0.19157 78469 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.002 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.97→46.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7453 0 36 376 7865
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0197585
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.027197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8741.97210209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.647316605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1295930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.07825.753372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.596151458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4561537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8762.5233732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8752.5223731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0123.7664658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0123.7684659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8093.1573853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8093.1593854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.34.4955552
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.12321.1079272
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.12820.9979165
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A121200.14
12B121200.14
21A124830.14
22C124830.14
31A126550.13
32D126550.13
41B125810.12
42C125810.12
51B122910.13
52D122910.13
61C123920.14
62D123920.14
LS精密化 シェル解像度: 1.972→2.023 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 274 -
Rwork0.227 5203 -
obs--89.36 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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