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- PDB-5wew: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae fosfomycin resistance ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wew
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae fosfomycin resistance protein (FosAKP) with inhibitor (ANY1) bound
要素Fosfomycin resistance protein
キーワードtransferase/transferase inhibitor / fosfomycin / FosA / FosAKP / glutathione S-transferase / ANY1 / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A81 / : / Fosfomycin resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae 30684/NJST258_2 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.178 Å
データ登録者Klontz, E.H. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Small-Molecule Inhibitor of FosA Expands Fosfomycin Activity to Multidrug-Resistant Gram-Negative Pathogens.
著者: Tomich, A.D. / Klontz, E.H. / Deredge, D. / Barnard, J.P. / McElheny, C.L. / Eshbach, M.L. / Weisz, O.A. / Wintrode, P. / Doi, Y. / Sundberg, E.J. / Sluis-Cremer, N.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fosfomycin resistance protein
B: Fosfomycin resistance protein
C: Fosfomycin resistance protein
D: Fosfomycin resistance protein
E: Fosfomycin resistance protein
F: Fosfomycin resistance protein
G: Fosfomycin resistance protein
H: Fosfomycin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,21124
ポリマ－130,4758
非ポリマー4,73616
水00
1
A: Fosfomycin resistance protein
B: Fosfomycin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8036
ポリマ－32,6192
非ポリマー1,1844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area13110 Å2
手法PISA
2
C: Fosfomycin resistance protein
D: Fosfomycin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8036
ポリマ－32,6192
非ポリマー1,1844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
3
E: Fosfomycin resistance protein
F: Fosfomycin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3407
ポリマ－32,6192
非ポリマー1,7215
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
4
G: Fosfomycin resistance protein
H: Fosfomycin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2665
ポリマ－32,6192
非ポリマー6473
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.399, 197.615, 117.027
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 1 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 1 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 1 and (name N or name...
51(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...
61(chain G and ((resid 1 and (name N or name...
71(chain H and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA11
12METMETHISHIS(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1401 - 140
13METMETHISHIS(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1401 - 140
14METMETHISHIS(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1401 - 140
15METMETHISHIS(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1401 - 140
21METMETMETMET(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB11
22METMETHISHIS(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1411 - 141
23METMETHISHIS(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1411 - 141
24METMETHISHIS(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1411 - 141
25METMETHISHIS(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1411 - 141
31METMETMETMET(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC11
32METMETGLUGLU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1381 - 138
33METMETGLUGLU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1381 - 138
34METMETGLUGLU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1381 - 138
35METMETGLUGLU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1381 - 138
41METMETMETMET(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD11
42METMETPHEPHE(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD1 - 1371 - 137
43METMETPHEPHE(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD1 - 1371 - 137
44METMETPHEPHE(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD1 - 1371 - 137
45METMETPHEPHE(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD1 - 1371 - 137
51METMETALAALA(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 201 - 20
52PHEPHEPHEPHE(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF2121
53METMETPHEPHE(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1371 - 137
54METMETPHEPHE(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1371 - 137
55METMETPHEPHE(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1371 - 137
56METMETPHEPHE(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1371 - 137
57METMETPHEPHE(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1371 - 137
58METMETPHEPHE(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1371 - 137
59METMETPHEPHE(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1371 - 137
510METMETPHEPHE(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1371 - 137
61METMETMETMET(chain G and ((resid 1 and (name N or name...GG11
62METMETHISHIS(chain G and ((resid 1 and (name N or name...GG1 - 1411 - 141
63METMETHISHIS(chain G and ((resid 1 and (name N or name...GG1 - 1411 - 141
64METMETHISHIS(chain G and ((resid 1 and (name N or name...GG1 - 1411 - 141
65METMETHISHIS(chain G and ((resid 1 and (name N or name...GG1 - 1411 - 141
71METMETMETMET(chain H and ((resid 1 and (name N or name...HH11
72METMETHISHIS(chain H and ((resid 1 and (name N or name...HH1 - 1411 - 141
73METMETHISHIS(chain H and ((resid 1 and (name N or name...HH1 - 1411 - 141
74METMETHISHIS(chain H and ((resid 1 and (name N or name...HH1 - 1411 - 141
75METMETHISHIS(chain H and ((resid 1 and (name N or name...HH1 - 1411 - 141

-
要素

#1: タンパク質
Fosfomycin resistance protein


分子量: 16309.347 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae 30684/NJST258_2 (肺炎桿菌)
遺伝子: KPNJ2_04803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8UNW6
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-A81 / 6,6'-(4-nitro-1H-pyrazole-3,5-diyl)bis(3-bromopyrazolo[1,5-a]pyrimidin-2(1H)-one)


分子量: 537.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H7Br2N9O4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Protein stock: 12mg/ml FosAKP 6mM MnCl2 2.5mM ANY1 100mM KCl Centrifuge 19,150 x g for 10 min then take 1uL supernatant and combine with 1uL mother liquor (0.02M CaCl2, 0.1M sodium acetate pH ...詳細: Protein stock: 12mg/ml FosAKP 6mM MnCl2 2.5mM ANY1 100mM KCl Centrifuge 19,150 x g for 10 min then take 1uL supernatant and combine with 1uL mother liquor (0.02M CaCl2, 0.1M sodium acetate pH 4.6, 30% MPD) in hanging drops.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.178→39.01 Å / Num. obs: 21310 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 47.54 Å2 / CC1/2: 0.955 / Rmerge(I) obs: 0.326 / Rpim(I) all: 0.171 / Rrim(I) all: 0.371 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.18-3.43.80.9680.5770.5061.10291.6
8.99-39.0140.0670.9970.0350.07687.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER1.10.1_2155位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V3D

5v3d


解像度: 3.178→37.748 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 1105 5.2 %
Rwork0.2209 --
obs0.2229 21263 89.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.02 Å2 / Biso mean: 41.8813 Å2 / Biso min: 16.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.178→37.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8406 0 248 0 8654
Biso mean--41.91 --
残基数----1094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49212195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7265017
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4327X-RAY DIFFRACTION1.568TORSIONAL
12B4327X-RAY DIFFRACTION1.568TORSIONAL
13C4327X-RAY DIFFRACTION1.568TORSIONAL
14D4327X-RAY DIFFRACTION1.568TORSIONAL
15F4327X-RAY DIFFRACTION1.568TORSIONAL
16G4327X-RAY DIFFRACTION1.568TORSIONAL
17H4327X-RAY DIFFRACTION1.568TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1778-3.32230.31621280.28932524265290
3.3223-3.49740.31141310.2672567269892
3.4974-3.71630.29621610.23212526268791
3.7163-4.00290.26581610.22842523268490
4.0029-4.40520.24611370.19782479261689
4.4052-5.04140.21211310.17822536266789
5.0414-6.34670.29111340.2152483261787
6.3467-37.7510.21311220.21262520264285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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