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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wee | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of HpVAL4 | |||||||||
要素 | Venom Allergen like Protein 4 | |||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Sperm-coating protein / Tpx / antigen 5 / pathogenesis related-1 / Sc7 / Venom allegen like | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cysteine-rich secretory protein-related / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | Heligmosomoides polygyrus bakeri (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Asojo, O.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Int. J. Parasitol. / 年: 2018 タイトル: Heligmosomoides polygyrus Venom Allergen-like Protein-4 (HpVAL-4) is a sterol binding protein. 著者: Asojo, O.A. / Darwiche, R. / Gebremedhin, S. / Smant, G. / Lozano-Torres, J.L. / Drurey, C. / Pollet, J. / Maizels, R.M. / Schneiter, R. / Wilbers, R.H.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wee.cif.gz | 169.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wee.ent.gz | 133.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wee.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5wee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5wee | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1u53S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 367分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 21931.701 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 22-215 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Heligmosomoides polygyrus bakeri (無脊椎動物) 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: A0A183GMB4 #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-糖 , 5種, 6分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | ChemComp-FUC / | #6: 糖 | ChemComp-NAG / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M NaAcetate pH 4.5, 22.5% Poly PEG 0.3 -8kD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→52.7 Å / Num. obs: 48537 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 18 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1U53 解像度: 1.99→40.883 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→40.883 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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