PDB-5wcx: Streptococcus pyogenes phosphoglycerol transferase GacH in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wcx

タイトル

Streptococcus pyogenes phosphoglycerol transferase GacH in complex with sn-glycerol-1-phosphate, crystal form 1

要素

Phosphoglycerol transferase GacH

キーワード

TRANSFERASE / Group A Streptococcus / GAS / Lancefield group A carbohydrate / metalloenzyme

機能・相同性

sulfuric ester hydrolase activity / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / membrane / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / : / Sulfatase N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Edgar, R.J. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Phosphoglycerol transferase GacH from Streptococcus pyogenes
著者: Edgar, R.J. / Korotkov, K.V. / Korotkova, N.

履歴

登録	2017年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wcx.cif.gz	450.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wcx.ent.gz	377.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wcx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wcx_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wcx_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	5wcx_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	5wcx_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u9zS 6dgm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dgm-2 7jhn-d 3p24-4 5ybh-1 2wni-4 7jhl-2 6eu6-d 6tpe-2 4dnh-d 4hge-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglycerol transferase GacH

B: Phosphoglycerol transferase GacH

ヘテロ分子

87 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglycerol transferase GacH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoglycerol transferase GacH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.970, 77.530, 174.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphoglycerol transferase GacH 分子量: 43248.344 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 444-824 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: SPy_0793 / プラスミド: pET-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9A0F9
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸分子量: 172.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₉O₆P
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.71 % / 解説: rectangular prism
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M CALCIUM ACETATE, 0.1M MES PH 6.0, 20% PEG8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日
詳細: RH COATED FLAT BENT M0, TOROIDAL FOCUSING POST-MONOCHROMATOR M1

放射

モノクロメーター: SI(111) AND SI(220) DOUBLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→49.431 Å / Num. obs: 63957 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.573 % / B_iso Wilson estimate: 48.001 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 1.051 / Net I/σ(I): 18.94

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	6.397	1.153	1.66	4637	0.744	1.256	99.1
2.05-2.11	6.566	0.781	2.37	4527	0.839	0.849	99
2.11-2.17	6.948	0.544	3.29	4438	0.909	0.588	99.9
2.17-2.24	6.902	0.424	4.24	4308	0.942	0.459	99.9
2.24-2.31	6.781	0.333	5.44	4200	0.962	0.362	99.9
2.31-2.39	6.652	0.253	7.15	4070	0.977	0.275	99.9
2.39-2.48	6.373	0.218	8.33	3885	0.981	0.238	99.3
2.48-2.58	6.544	0.158	11.27	3744	0.99	0.172	99.1
2.58-2.7	6.904	0.118	14.97	3616	0.993	0.128	100
2.7-2.83	6.82	0.092	18.5	3478	0.996	0.1	99.9
2.83-2.98	6.725	0.072	23.45	3327	0.997	0.078	99.8
2.98-3.16	6.478	0.059	28.02	3120	0.998	0.064	99.9
3.16-3.38	6.126	0.048	33.53	2937	0.998	0.052	99.2
3.38-3.65	6.7	0.038	42	2767	0.999	0.041	99.8
3.65-4	6.461	0.034	45.81	2551	0.999	0.037	99.7
4-4.47	6.233	0.031	49.08	2318	0.999	0.034	99.7
4.47-5.16	5.875	0.029	48.66	2056	0.999	0.031	99.2
5.16-6.32	6.525	0.029	50.58	1760	0.999	0.031	99.8
6.32-8.94	6.085	0.026	50.91	1390	0.999	0.028	99.4
8.94-49.431	5.85	0.022	54.05	820	0.999	0.024	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3139	精密化
XSCALE	VERSION Nov 1, 2016 BUILT=20161205	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS	VERSION Nov 1, 2016 BUILT=20161205	データ削減
REFMAC	5.8.0158	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5U9Z

5u9z

解像度: 2→49.431 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 22.87

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2118	3127	4.89 %	RANDOM SELECTION
R_work	0.1813	-	-	-
obs	0.1828	63957	99.29 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.36 Å² / B_iso mean: 55.7726 Å² / B_iso min: 28.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→49.431 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6068	0	41	330	6439
B_iso mean	-	-	75.15	45.79	-
残基数	-	-	-	-	762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6226
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.557	8440
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.679	3754
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	940
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1084

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0228	0.3696	229	0.3181	3799	4028	99
2.0228-2.0466	0.3306	192	0.3224	3794	3986	98
2.0466-2.0715	0.3364	221	0.3017	3759	3980	97
2.0715-2.0977	0.3179	170	0.2705	3884	4054	100
2.0977-2.1254	0.3182	188	0.2666	3878	4066	100
2.1254-2.1545	0.2799	197	0.2589	3931	4128	100
2.1545-2.1852	0.3105	219	0.2533	3807	4026	100
2.1852-2.2179	0.2708	175	0.2408	3889	4064	100
2.2179-2.2525	0.2595	235	0.2332	3879	4114	100
2.2525-2.2895	0.2234	200	0.2186	3878	4078	100
2.2895-2.3289	0.2354	176	0.2115	3865	4041	100
2.3289-2.3713	0.2143	204	0.2139	3883	4087	100
2.3713-2.4169	0.2763	192	0.209	3917	4109	100
2.4169-2.4662	0.25	202	0.2166	3831	4033	99
2.4662-2.5198	0.2613	183	0.2124	3712	3895	97
2.5198-2.5785	0.2435	203	0.2051	3915	4118	100
2.5785-2.6429	0.1958	218	0.192	3871	4089	100
2.6429-2.7144	0.2156	186	0.1991	3837	4023	100
2.7144-2.7943	0.2421	174	0.1973	3924	4098	100
2.7943-2.8844	0.2279	209	0.1999	3874	4083	100
2.8844-2.9875	0.2323	163	0.1953	3932	4095	100
2.9875-3.1071	0.2642	188	0.1971	3845	4033	99
3.1071-3.2485	0.2418	190	0.2023	3801	3991	98
3.2485-3.4197	0.2674	214	0.1883	3829	4043	99
3.4197-3.6339	0.1827	203	0.1757	3858	4061	100
3.6339-3.9144	0.1845	198	0.1625	3845	4043	99
3.9144-4.3081	0.1869	221	0.1366	3850	4071	99
4.3081-4.931	0.1364	195	0.1299	3806	4001	98
4.931-6.2106	0.1529	211	0.1453	3829	4040	100
6.2106-49.446	0.2069	191	0.1586	3877	4068	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3161	-2.4485	0.4588	2.8344	0.2313	1.4284	0.2625	1.1446	0.0434	-0.7995	-0.3479	-0.0528	-0.1177	0.3234	0.0961	0.8405	-0.0179	0.0103	0.7885	0.1346	0.4559	36.1552	1.8325	106.6275
2	1.5435	-0.0449	0.6215	0.5889	-0.1188	2.1579	-0.103	0.1706	0.2923	-0.233	-0.0462	0.0131	-0.332	0.0159	0.1408	0.5451	0.0063	-0.0546	0.3876	0.1043	0.4694	28.1971	7.8731	130.6182
3	1.9237	0.4146	0.2899	1.8579	-1.0237	3.3677	-0.0761	-0.1837	0.1442	-0.0287	-0.0173	0.1431	-0.2528	-0.4842	0.0754	0.3944	0.0501	-0.0506	0.453	0.0086	0.4727	19.5679	5.4974	141.9951
4	2.2688	-0.0788	0.0437	1.0508	0.018	1.9297	0.0507	0.5643	0.2733	-0.4877	-0.062	0.0251	-0.1395	0.1074	0.0056	0.6125	-0.0095	-0.0833	0.4891	0.1035	0.4061	26.8585	1.6453	117.3406
5	3.248	0.4845	0.2393	5.3421	0.7078	2.866	0.0613	-0.5366	-0.5287	0.7021	0.0143	-0.2418	0.2857	0.2012	-0.0818	0.2994	0.0287	0.0339	0.5476	0.1035	0.4111	40.0383	-20.6551	185.3577
6	1.8454	0.0397	-0.042	1.2064	-0.428	2.2421	-0.1038	-0.0563	0.3023	0.0295	-0.0724	-0.2364	-0.3397	0.2349	0.1591	0.3387	-0.058	-0.0429	0.344	-0.0109	0.4212	47.0563	3.0637	166.6774
7	2.3026	-0.3689	0.2191	3.0371	-0.0803	2.4474	-0.0557	0.0202	-0.0805	-0.0947	0.0199	0.041	-0.0715	-0.1418	0.0555	0.2785	-0.0031	-0.0096	0.4098	-0.0334	0.3464	32.2425	-10.4238	171.6011
8	2.0397	-0.1102	-0.3593	1.6116	-0.7617	3.1192	-0.0922	-0.1045	0.2974	0.0854	0.0416	0.2215	-0.6388	-0.4544	0.0343	0.4485	0.0945	-0.0354	0.3854	-0.0832	0.4356	26.9444	7.1937	167.1555
9	2.1119	-0.185	-0.2728	1.6999	-0.154	2.8771	-0.0767	0.0913	0.587	-0.0194	0.0274	-0.1414	-0.4404	0.1276	0.004	0.4028	-0.0352	-0.0654	0.3115	-0.0045	0.5011	40.1651	8.5875	158.7214
10	2.2101	0.0754	-1.2085	1.7637	0.1675	6.8708	-0.1541	0.1033	0.3935	-0.0668	-0.0974	-0.163	-0.5931	0.2685	0.1902	0.347	-0.07	-0.0757	0.322	0.053	0.4976	44.8562	6.8616	160.1665
11	1.2044	-0.2521	0.4897	1.8017	-0.4573	1.8081	-0.0375	-0.2948	0.0172	0.1544	-0.0704	-0.0295	-0.1515	0.0821	0.1033	0.2754	-0.0224	-0.0203	0.4483	-0.0241	0.3591	43.7915	-10.4771	177.5137

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 442 through 470 )	A	442 - 470
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 471 through 613 )	A	471 - 613
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 614 through 725 )	A	614 - 725
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 726 through 822 )	A	726 - 822
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 442 through 472 )	B	442 - 472
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 473 through 529 )	B	473 - 529
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 530 through 572 )	B	530 - 572
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 573 through 633 )	B	573 - 633
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 634 through 669 )	B	634 - 669
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 670 through 725 )	B	670 - 725
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 726 through 822 )	B	726 - 822

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)