PDB-5wc8: Structure of a bacterial polysialyltransferase at 2.75 Angstrom r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wc8

タイトル

Structure of a bacterial polysialyltransferase at 2.75 Angstrom resolution

要素

SiaD

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / polysialyltransferase / GT-B

機能・相同性

Alpha-2,8-polysialyltransferase / Alpha-2,8-polysialyltransferase (POLYST) / nucleotide binding / BROMIDE ION / SiaD

機能・相同性情報

生物種

Mannheimia haemolytica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Worrall, L.J. / Lizak, C. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: X-ray crystallographic structure of a bacterial polysialyltransferase provides insight into the biosynthesis of capsular polysialic acid.
著者: Lizak, C. / Worrall, L.J. / Baumann, L. / Pfleiderer, M.M. / Volkers, G. / Sun, T. / Sim, L. / Wakarchuk, W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wc8.cif.gz	168.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wc8.ent.gz	133.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wc6C 5wcnC 5wd7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wcn-1 5wc6-1 1onq-1 3o2w-d 3gmn-d 3vx7-d 4qhk-4 3ckh-d 4f7c-2 4ocr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

M: SiaD

A: SiaD

ヘテロ分子

93.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

M: SiaD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: SiaD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.080, 78.080, 303.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	SiaD 分子量: 45305.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mannheimia haemolytica (バクテリア) 遺伝子: siaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4RIN4
#2: 化合物	... ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 17% - 24% PEG3350 (v/v), 140 - 250 mM Mg2SO4 and 100 mM MES pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.91982 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91982 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→61.76 Å / Num. obs: 29021 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.6 % / R_merge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 22.2 % / R_merge(I) obs: 1.975 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→61.76 Å / SU B: 13.742 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.031 / ESU R Free: 0.327 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1431	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.193	27542	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	-0.12 Å²	0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→61.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6369	0	36	51	6456

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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