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- PDB-5wd7: Structure of a bacterial polysialyltransferase in complex with fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wd7
タイトルStructure of a bacterial polysialyltransferase in complex with fondaparinux
要素SiaD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / polysialyltransferase / GT-B
機能・相同性Alpha-2,8-polysialyltransferase / Alpha-2,8-polysialyltransferase (POLYST) / nucleotide binding / fondaparinux / SiaD
機能・相同性情報
生物種Mannheimia haemolytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Lizak, C. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: X-ray crystallographic structure of a bacterial polysialyltransferase provides insight into the biosynthesis of capsular polysialic acid.
著者: Lizak, C. / Worrall, L.J. / Baumann, L. / Pfleiderer, M.M. / Volkers, G. / Sun, T. / Sim, L. / Wakarchuk, W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2017年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _refine_hist.d_res_low
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SiaD
M: SiaD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4315
ポリマ－90,7302
非ポリマー1,7003
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area37320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.312, 78.312, 299.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21M

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 20 - 401 / Label seq-ID: 1 - 382

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2MB

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要素

#1: タンパク質 SiaD


分子量: 45365.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mannheimia haemolytica (バクテリア)
遺伝子: siaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4RIN4
#2: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-3,6-di-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside / fondaparinux


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗凝固薬 / 分子量: 1508.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: fondaparinux
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,5,4/[a2122h-1a_1-5_1*OC_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-3-4-5/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO33SO36SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 17% - 24% PEG3350 (v/v), 140 - 250 mM Mg2SO4 and 100 mM MES pH 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.00635 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00635 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→44.93 Å / Num. obs: 20333 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.1-3.317.41.3920.5860.5451.497100
8.77-44.936.10.02210.0090.02499.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→44.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 22.514 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23837 938 4.6 %RANDOM
Rwork0.18725 ---
obs0.1896 19333 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.079 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å2-0.42 Å20 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---2.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→44.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6380 0 101 0 6481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196649
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6031.9878939
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.965314971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6025768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.69124.061293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.645151353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4641533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021335
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.0028.5213069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.0028.5213068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.312.793838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.29912.7893839
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3449.2283580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.3439.2283581
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.99813.5595102
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.06526780
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.06526781
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 23666 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2M
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 66 -
Rwork0.338 1376 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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