PDB-5wb5: Leishmania IF4E-1 bound to Leishmania 4E-IP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wb5

タイトル

Leishmania IF4E-1 bound to Leishmania 4E-IP1

要素

Putative eukaryotic translation initiation factor eIF-4E
Uncharacterized protein

キーワード

TRANSLATION / initiation factors / leishmania / parasites / cap

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA cap 4 binding / nuclear stress granule / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / RNA 7-methylguanosine cap binding / translation regulator activity / translation initiation factor activity / translational initiation / P-body / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Leger-Abraham, M. / Meleppattu, S. / Arthanari, H. / Zinoviev, A. / Boeszoermenyi, A. / Wagner, G. / Shapira, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01-AI108718	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01-CA200913	米国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for LeishIF4E-1 modulation by an interacting protein in the human parasite Leishmania major.
著者: Meleppattu, S. / Arthanari, H. / Zinoviev, A. / Boeszoermenyi, A. / Wagner, G. / Shapira, M. / Leger-Abraham, M.

履歴

登録	2017年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_radiation_wavelength Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength
改定 1.2	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5wb5.ent.gz	107.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5wb5_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wb5_full_validation.pdf.gz	443 KB	表示
XML形式データ	5wb5_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	5wb5_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wb5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wb5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1wkwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bju-2 6bju-1 6ozg-2 4ued-d 6ykh-d 4ira-d 6orr-3 6h2z-d 6d63-3 6gxe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative eukaryotic translation initiation factor eIF-4E

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

30.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry, immunoprecipitation

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.220, 68.220, 220.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質	Putative eukaryotic translation initiation factor eIF-4E 分子量: 24276.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The side chain of residue K17, Y32 and M39 could not be built for poor density and were assigned as alanine. However, all these residues are solvent exposed and are not interacting with Leishmania 4E-IP1 由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: EIF4E1, LMJF_27_1620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9ADE1
#2: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 5907.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LMJF_35_3980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9AFM3
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M Tris-HCl 3 % polyethylene glycol 400 2.125-2.175 M of ammonium sulfate.

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1
5	100	1
6	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.2	1	0.999909
シンクロトロン	ALS	8.2.2	2	0.999925
シンクロトロン	ALS	8.2.2	3	0.999893
シンクロトロン	ALS	8.2.2	4	0.999887
シンクロトロン	ALS	8.2.2	5	0.999925
シンクロトロン	ALS	8.2.2	6	0.999887

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2013年4月19日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2013年4月19日
ADSC QUANTUM 315r	3	CCD	2013年4月19日
ADSC QUANTUM 315r	4	CCD	2013年4月19日
ADSC QUANTUM 315r	5	CCD	2013年4月19日
ADSC QUANTUM 315r	6	CCD	2013年4月19日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	3
4	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	4
5	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	5
6	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	6

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.999909	1
2	0.999925	1
3	0.999893	1
4	0.999887	1
5		1
6		1

反射

解像度: 2.7→36.7 Å / Num. obs: 9019 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 64.813 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 37.1 / Num. measured all: 584551 / Scaling rejects: 17959

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.7-2.77	70.79	0.474	14.68	44739	632	632	0.996	0.477	100
2.77-2.85	69.363	0.438	15.55	45086	650	650	0.996	0.441	100
2.85-2.93	69.995	0.386	17.33	41017	586	586	0.995	0.389	100
2.93-3.02	69.822	0.389	17.39	41614	599	596	0.995	0.392	99.5
3.02-3.12	68.668	0.292	21.36	40995	597	597	0.997	0.294	100
3.12-3.23	69.916	0.242	25.7	38174	546	546	0.998	0.244	100
3.23-3.35	68.052	0.196	29.64	36612	540	538	0.994	0.198	99.6
3.35-3.49	66.487	0.175	32.86	35105	529	528	0.999	0.177	99.8
3.49-3.64	66.423	0.164	34.12	32813	498	494	0.998	0.166	99.2
3.64-3.82	58.135	0.139	40.34	28951	498	498	0.999	0.14	100
3.82-4.02	63.675	0.113	47.45	29800	468	468	0.999	0.114	100
4.02-4.27	62.93	0.096	55.83	28067	446	446	0.999	0.097	100
4.27-4.56	62.15	0.089	57.33	26041	419	419	1	0.089	100
4.56-4.93	60.855	0.084	62.89	23916	393	393	1	0.085	100
4.93-5.4	59.978	0.089	57.02	21652	361	361	1	0.09	100
5.4-6.04	58.306	0.097	53.9	19824	340	340	0.999	0.097	100
6.04-6.97	56.146	0.09	54.26	17293	308	308	0.999	0.091	100
6.97-8.54	56.119	0.071	68.59	15096	269	269	1	0.072	100
8.54-12.07	54.634	0.056	82.64	11637	214	213	1	0.057	99.5
12.07-36.7	44.664	0.06	74.32	6119	143	137	0.999	0.061	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
TRUNCATE		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: TRUNCATED VERSION OF AN EIF4E, M7GTP, 4E-BP1 COMPLEX WITH PDB ID 1WKW

1wkw

解像度: 2.7→36.7 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2827	439	4.87 %
R_work	0.24	8576	-
obs	0.2421	9015	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.08 Å² / B_iso mean: 66.2755 Å² / B_iso min: 17.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→36.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1650	0	17	21	1688
B_iso mean	-	-	67.59	37.4	-
残基数	-	-	-	-	207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.484	2294
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	260
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	282
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.935	1011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.6999-3.0904	0.3267	168	0.2957	2733	2901
3.0904-3.8929	0.3254	123	0.2533	2809	2932
3.8929-36.7034	0.2428	148	0.2136	3034	3182

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0872	-0.0144	0.0643	0.0723	-0.0684	0.1236	0.0563	0.0306	-0.174	-0.2512	0.026	0.1179	-0.0879	-0.056	0.1384	0.6653	0.1699	-0.094	0.0898	-0.0329	0.2626	-15.9926	3.9075	12.5704
2	0.2942	-0.1487	0.1823	0.0788	-0.0996	0.1159	0.1608	0.0017	-0.1995	-0.2834	-0.0637	0.1227	-0.0201	-0.1019	0.074	0.5498	0.4354	-0.4283	-0.1905	0.2834	-0.0813	-13.1057	5.2776	14.9495
3	0.0235	-0.0449	0.0154	0.1914	0.0036	0.0125	0.0337	0.033	0.0119	-0.0402	0.0289	-0.0672	-0.0698	-0.0622	0.1955	0.4866	0.2419	0.023	0.1559	0.0425	0.3294	-13.0751	17.0571	17.6427
4	0.012	-0.0254	0.0002	0.0526	0.0114	0.0242	0.0435	0.0154	0.0186	-0.0969	0.0032	-0.005	0.0094	-0.026	0.1404	0.5328	0.1749	0.0049	-0.018	0.0111	0.2136	-14.8307	11.5978	26.4832
5	0.0261	-0.0054	0.0725	0.0922	-0.0721	0.2147	0.0983	-0.0031	0.0063	-0.0602	0.1148	-0.0604	0.0133	0.004	0.1105	0.4637	0.0684	-0.0155	0.0888	0.0062	0.2173	-11.4399	17.58	13.7048
6	0.0439	0.0492	-0.0215	0.06	-0.0193	0.0191	0.0414	-0.0285	0.0206	-0.0257	0.0175	0.1883	0.0284	-0.018	0.1345	0.7108	0.3448	-0.0596	0.2255	-0.0484	0.3306	-22.2023	19.815	23.2256
7	0.0247	0.0109	0.0019	0.0102	-0.0065	0.0153	0.0263	0.018	0.0452	-0.0853	0.0098	0.1085	-0.0237	-0.0252	-0.0053	0.3726	0.257	0.0293	0.2073	0.0081	0.3437	-17.4173	22.3564	21.1115
8	0.0015	-0.0029	0.005	0.0108	-0.0136	0.0171	-0.0126	-0.0083	-0.001	0.0023	-0.0049	0.0098	0.0053	-0.0158	-0.0043	0.3161	0.1835	-0.0612	0.2655	0.1047	0.1977	-21.3106	4.4972	34.3674
9	0.0055	-0.0056	-0.001	0.0042	0.0047	0.0091	-0.009	-0.0284	0.0167	0.0046	-0.0015	-0.0442	-0.0255	-0.0159	-0.0017	0.4572	0.2495	0.0366	0.3246	0.0336	0.2711	-7.5089	1.2112	33.7067
10	0.0122	-0.0062	-0.0059	0.0226	-0.0006	0.0028	-0.0013	0.0131	-0.0207	-0.0122	0.008	0.0221	0.0094	-0.0095	0.0097	0.6545	0.1757	-0.1663	0.1301	-0.1566	0.3379	-7.0174	-6.7139	14.4714
11	0.008	-0.0029	0.007	0.0025	-0.001	0.0307	0.0063	0.0115	-0.027	-0.022	0.0149	0.0017	-0.018	0.0236	-0.0012	0.6923	0.1028	0.0626	0.1944	-0.0427	0.232	1.4975	9.1868	6.0519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 37 )	A	13 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 85 )	A	38 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 127 )	A	86 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 128 through 158 )	A	128 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 159 through 170 )	A	159 - 170
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 171 through 194 )	A	171 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 195 through 210 )	A	195 - 210
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 4 through 9 )	B	4 - 9
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 10 through 22 )	B	10 - 22
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 23 through 33 )	B	23 - 33
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 34 through 43 )	B	34 - 43

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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