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- PDB-5wb3: Crystal structure of the influenza virus PA endonuclease in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wb3
タイトルCrystal structure of the influenza virus PA endonuclease in complex with inhibitor 10j (SRI-30026)
要素Polymerase acidic protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Virus / Nuclease / Transcription / Cap-snatching / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Restriction Endonuclease / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GYA / : / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Kumar, G. / White, S.W.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI098757 米国
St. Jude Children's Research Hospital (ALSAC) 米国
St. Jude Children's Research Hospital (ALSAC) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Protein-Structure Assisted Optimization of 4,5-Dihydroxypyrimidine-6-Carboxamide Inhibitors of Influenza Virus Endonuclease.
著者: Beylkin, D. / Kumar, G. / Zhou, W. / Park, J. / Jeevan, T. / Lagisetti, C. / Harfoot, R. / Webby, R.J. / White, S.W. / Webb, T.R.
履歴
登録2017年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0356
ポリマ－23,1481
非ポリマー8875
水28816
1
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子

A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子

A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子

A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,14224
ポリマ－92,5934
非ポリマー3,54820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_885-x+3,-y+3,z1
crystal symmetry operation3_855-y+3,x,z1
crystal symmetry operation4_585y,-x+3,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area31880 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area9130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.698, 90.698, 134.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 23148.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3W5S0
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GYA / 2-[(2S)-1-{[(2-chlorophenyl)sulfanyl]acetyl}pyrrolidin-2-yl]-N-(5,6-dimethoxy-2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)-5-hydroxy-6-ox o-1,6-dihydropyrimidine-4-carboxamide / SRI-30026


分子量: 585.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29ClN4O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.8, 1.0 M Ammonium Sulfate, 10 mM MnCl2, 10 mM MgCl2, 1% PVP K15

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 14550 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 53.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.287 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 113676
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.287.81.070.7760.411.1481.035100
2.28-2.3780.7840.8650.2970.841.041100
2.37-2.487.90.5220.9340.1980.5581.095100
2.48-2.617.90.3640.9670.1390.391.134100
2.61-2.7780.2520.9790.0960.271.131100
2.77-2.997.90.1470.9930.0560.1571.248100
2.99-3.297.90.0930.9960.0350.11.435100
3.29-3.767.90.0680.9970.0250.0721.61100
3.76-4.747.70.0520.9980.0190.0551.53100
4.74-507.30.0330.9970.0140.0361.699.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.203→37.582 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 707 4.86 %
Rwork0.2152 --
obs0.2165 14541 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 166.55 Å2 / Biso mean: 77.8499 Å2 / Biso min: 47.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.203→37.582 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1410 0 52 16 1478
Biso mean--94.98 71.53 -
残基数----180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5832020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.414896
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2026-2.37270.33721400.286227022842
2.3727-2.61140.2581580.244126952853
2.6114-2.98910.25961390.234327392878
2.9891-3.76540.26181260.236527912917
3.7654-37.58790.221440.19229073051
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 129.002 Å / Origin y: 111.7836 Å / Origin z: 286.5549 Å
111213212223313233
T0.8043 Å2-0.1289 Å20.3626 Å2-0.4186 Å20.0906 Å2--0.5815 Å2
L4.5236 °2-0.8934 °21.0387 °2-2.0104 °2-0.3431 °2--3.6755 °2
S0.1241 Å °-0.2837 Å °-0.3835 Å °0.3857 Å °-0.3754 Å °0.1943 Å °0.909 Å °-0.0107 Å °0.1567 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-3 - 195
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 2
3X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 16
5X-RAY DIFFRACTION1allE1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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