ソフトウェア 名称 バージョン 分類 HKL-3000データスケーリング REFMAC5.8.0069精密化 PDB_EXTRACT3.22 データ抽出 HKL-3000データ削減 HKL-3000位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 2.09→49.51 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.96 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.933 / SU B : 9.392 / SU ML : 0.12 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.158 / ESU R Free : 0.151 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2324 4813 5.1 % RANDOM Rwork 0.1932 - - - obs 0.1952 90362 98.06 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 140.18 Å2 / Biso mean : 63.131 Å2 / Biso min : 21.8 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.07 Å2 0 Å2 2.05 Å2 2- - -2 Å2 -0 Å2 3- - - 2.04 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.09→49.51 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 8082 0 8 227 8317 Biso mean - - 48.07 53.99 - 残基数 - - - - 959
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.01 0.019 8313 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.02 7827 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.262 1.943 11223 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.755 3 18018 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.369 5 962 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg36.365 24.45 436 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.161 15 1526 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg19.88 15 32 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.077 0.2 1230 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.02 9262 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 2074
LS精密化 シェル 解像度 : 2.091→2.145 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.307 301 - Rwork 0.284 5790 - all - 6091 - obs - - 85.61 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.4421 0.2147 -0.2106 0.4468 -0.1729 0.3853 0.0034 -0.0273 0.0494 -0.0069 -0.0293 -0.0531 -0.0651 -0.0019 0.0259 0.0248 0.0092 -0.001 0.0063 0.0034 0.0594 42.1586 3.4038 4.4255 2 0.4868 0.0798 -0.1169 0.3319 -0.0499 0.512 0.0717 -0.0348 0.1398 0.1411 -0.0005 0.0897 -0.0786 -0.0503 -0.0713 0.068 0.0026 0.0514 0.012 -0.0092 0.0631 0.5872 -2.077 31.7834
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 702 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 601