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- PDB-5waq: Structure of BamD from Neisseria gonorrhoeae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5waq
タイトルStructure of BamD from Neisseria gonorrhoeae
要素Outer membrane protein assembly factor BamD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta-barrel assembly machinery / BAM complex / lipoprotein / tetratrico peptide repeat / TPR domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamD
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Buchanan, S.K. / Noinaj, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K22AI113078 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional insights into the role of BamD and BamE within the beta-barrel assembly machinery in Neisseria gonorrhoeae.
著者: Sikora, A.E. / Wierzbicki, I.H. / Zielke, R.A. / Ryner, R.F. / Korotkov, K.V. / Buchanan, S.K. / Noinaj, N.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1941
ポリマ－29,1941
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.415, 64.415, 166.392
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamD


分子量: 29193.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌)
株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: bamD, NGO_0277 / プラスミド: pET20bHT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5F9W0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0M LITHIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH 7.0, 10% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月1日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 12840 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 74.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.598.82.312390.50.8132.4431.017100
2.59-2.698.61.520.7270.5421.6161.028100
2.69-2.828.51.1160.7720.4021.1871.085100
2.82-2.9680.6550.9150.2430.71.099100
2.96-3.158.40.4240.9540.1540.4521.06999.8
3.15-3.398.50.2630.980.0950.2811.07199.9
3.39-3.7380.150.9890.0560.1611.004100
3.73-4.277.70.1050.9910.040.1130.98999.8
4.27-5.387.70.0820.9940.0310.0881.04999.9
5.38-5070.0550.9980.0220.0590.94399.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_2722精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YHC

2yhc


解像度: 2.501→45.548 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2862 1277 10 %RANDOM SELECTION
Rwork0.2355 ---
obs0.2404 12773 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.23 Å2 / Biso mean: 91.47 Å2 / Biso min: 46.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.501→45.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1733 0 0 13 1746
Biso mean---69.33 -
残基数----212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3922393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7551084
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5014-2.60150.35671390.360512461385
2.6015-2.71990.40271350.3412241359
2.7199-2.86330.33391390.3412501389
2.8633-3.04270.3271410.317112621403
3.0427-3.27750.36751390.303412531392
3.2775-3.60720.34581420.276912751417
3.6072-4.12890.30561410.244312761417
4.1289-5.20080.22171440.21813011445
5.2008-45.55580.26251570.184214091566

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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