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- PDB-5wan: Crystal Structure of a flavoenzyme RutA in the pyrimidine catabol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wan
タイトルCrystal Structure of a flavoenzyme RutA in the pyrimidine catabolic pathway
要素Pyrimidine monooxygenase RutA
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine oxygenase / uracil oxygenase activity / alkanesulfonate monooxygenase activity / thymine catabolic process / alkanesulfonate catabolic process / pyrimidine nucleobase catabolic process / uracil catabolic process / nitrogen utilization / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine monooxygenase RutA / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / URACIL / Pyrimidine monooxygenase RutA / Pyrimidine monooxygenase RutA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Zhang, Y. / Mukherjee, T. / Abdelwahed, S. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2010
タイトル: Catalysis of a flavoenzyme-mediated amide hydrolysis.
著者: Mukherjee, T. / Zhang, Y. / Abdelwahed, S. / Ealick, S.E. / Begley, T.P.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrimidine monooxygenase RutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,83110
ポリマ－44,6021
非ポリマー1,2299
水4,810267
1
A: Pyrimidine monooxygenase RutA
ヘテロ分子

A: Pyrimidine monooxygenase RutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,66320
ポリマ－89,2052
非ポリマー2,45818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area8280 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area24440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.850, 87.850, 96.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pyrimidine monooxygenase RutA


分子量: 44602.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rutA, BUE81_22975, BW690_24255 / プラスミド: pCA24N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1R1KFF4, UniProt: P75898*PLUS, pyrimidine oxygenase

-
非ポリマー , 5種, 276分子

#2: 化合物 ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
解説: THE AUTHORS STATE THAT RESIDUAL ELECTRON DENSITY WAS IDENTIFIED IN THE ACTIVE SITE DURING THE FINAL STAGES OF REFINEMENT. THE ELECTRON DENSITY COULD BE EXPLAINED AS A MIXTURE OF THE SUBSTRATE ...解説: THE AUTHORS STATE THAT RESIDUAL ELECTRON DENSITY WAS IDENTIFIED IN THE ACTIVE SITE DURING THE FINAL STAGES OF REFINEMENT. THE ELECTRON DENSITY COULD BE EXPLAINED AS A MIXTURE OF THE SUBSTRATE URACIL AND THE PRODUCT 3-UREIDOACRYLATE, EVEN THOUGH NEITHER SUBSTRATE NOR PRODUCT WAS ADDED DURING PURIFICATION OR CRYSTALLIZATION. FOR CLARITY, ONLY THE URACIL WAS INCLUDED IN THE FINAL MODEL. AS MODELED, RUTA AND URACIL DO NOT SHOW EXPECTED INTERACTIONS BASED ON THE PROPOSED MECHANISM. IN PARTICULAR, FOR THE PEROXIDE TO ADD TO THE C4 CARBONYL OF URACIL, A HYDROGEN BOND FROM AN ACID INSTEAD OF A WATER MOLECULE IS EXPECTED. ALSO NEITHER N3 NOR THE C2 CARBONYL IS INVOLVED IN HYDROGEN BONDING FROM AN ACID AS REQUIRED FOR COLLAPSE OF THE TETRAHEDRAL INTERMEDIATE. THESE INTERACTIONS COULD CONCEIVABLY BE PROVIDED BY RESIDUES 274-292, WHICH ARE DISORDERED IN THE CRYSTAL STRUCTURE.
Mosaicity: 0.446 ° / Mosaicity esd: 0.004 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2 mM FMN, 1.5 M ammonium sulfate, and 100 mM MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→40.707 Å / Num. obs: 39453 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.798→1.86 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 3198 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MrBUMP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TVL and 1YW1

1tvl

1yw1


解像度: 1.798→40.707 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1721 1972 5 %
Rwork0.1473 --
obs0.1486 39408 97.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.798→40.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2633 0 77 267 2977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062959
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8224031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0651725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7982-1.84310.26891090.24981986X-RAY DIFFRACTION74
1.8431-1.8930.21651190.20162553X-RAY DIFFRACTION93
1.893-1.94870.21711360.17052687X-RAY DIFFRACTION98
1.9487-2.01150.18541390.15292685X-RAY DIFFRACTION100
2.0115-2.08340.17191460.14852712X-RAY DIFFRACTION100
2.0834-2.16690.17821510.14762701X-RAY DIFFRACTION100
2.1669-2.26550.17991540.14042721X-RAY DIFFRACTION100
2.2655-2.38490.16771350.13752737X-RAY DIFFRACTION100
2.3849-2.53430.17951530.14792727X-RAY DIFFRACTION100
2.5343-2.72990.16791590.14852743X-RAY DIFFRACTION100
2.7299-3.00460.17841210.14852750X-RAY DIFFRACTION100
3.0046-3.43910.15661410.14272779X-RAY DIFFRACTION100
3.4391-4.33220.14481550.12522778X-RAY DIFFRACTION100
4.3322-40.71720.17441540.14952877X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8085-0.150.13291.14790.21561.4301-0.0295-0.1382-0.05170.12330.01680.0189-0.0002-0.06310.01310.07580.0452-0.00850.0980.00280.108421.199636.421112.3004
20.4309-0.04680.39780.81090.29061.02220.0167-0.0981-0.10030.16380.05370.08170.1858-0.124-0.06420.14950.02890.00290.12460.0340.18321.434724.096917.3075
31.69740.42040.86442.82980.02281.7347-0.0665-0.14230.04880.28860.0831-0.1730.010.11760.0070.1650.0776-0.02430.1465-0.04620.106928.282540.845328.4881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -3:122)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 123:273)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 274:357)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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