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万見
- PDB-5w9f: Solution structure of the de novo mini protein gHEEE_02 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w9f
タイトルSolution structure of the de novo mini protein gHEEE_02
要素De novo mini protein gHEEE_02
キーワードDE NOVO PROTEIN / De-novo design
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Pulavarti, S.V.S.R.K. / Shaw, E.A. / Bahl, C.D. / Garry, B.W. / Baker, D. / Szyperski, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Cytosolic expression, solution structures, and molecular dynamics simulation of genetically encodable disulfide-rich de novo designed peptides.
著者: Buchko, G.W. / Pulavarti, S.V.S.R.K. / Ovchinnikov, V. / Shaw, E.A. / Rettie, S.A. / Myler, P.J. / Karplus, M. / Szyperski, T. / Baker, D. / Bahl, C.D.
履歴
登録2017年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo mini protein gHEEE_02


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9011
ポリマ－4,9011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3120 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド De novo mini protein gHEEE_02


分子量: 4900.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pCDB367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic1GFT 4,3D (H)CCH-COSY
161isotropic13D 15N/13Caliphatic/13Caromatic-edited [1H,1H]-NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C;15N] gHEEE_02, 5 uM DSS, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
詳細: 50 mM sodium phosphate, 5 uM DSS, 0.02 % sodium azide, 1 mM [U-13C;15N] gHEEE_02, 90% H2O/10% D2O
Label: gHEEE_02_NC / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMgHEEE_02[U-13C;15N]1
5 uMDSSnatural abundance1
10 %d20natural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: 1 / pH: 6 / PH err: 0.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz
詳細: High field NMR facility, Dept. of Chemistry, SUNY Buffalo

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRVariancollection
PROSA6.4Guntert解析
XEASYBartels et al.データ解析
CARA1.8Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8Keller and Wuthrichchemical shift calculation
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5 / 詳細: torsion angle dynamics with CYANA
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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