PDB-2lds: Solution Structure of a Short-chain LaIT1 from the Venom of Scorp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lds

タイトル

Solution Structure of a Short-chain LaIT1 from the Venom of Scorpion Liocheles australasiae

要素

Insecticidal toxin LaIT1

キーワード

TOXIN / Inhibitor Cystine Knot (ICK) fold / scorpion toxin

機能・相同性

calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Insecticidal toxin LaIT1

機能・相同性情報

生物種

Liocheles australasiae (やえやまさそり)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Horita, S. / Miyakawa, T. / Nagata, K. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Solution structure of a short-chain insecticidal toxin LaIT1 from the venom of scorpion Liocheles australasiae.
著者: Horita, S. / Matsushita, N. / Kawachi, T. / Ayabe, R. / Miyashita, M. / Miyakawa, T. / Nakagawa, Y. / Nagata, K. / Miyagawa, H. / Tanokura, M.

履歴

登録	2011年6月1日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Structure summary
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lds.cif.gz	124.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lds.ent.gz	101.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lds_validation.pdf.gz	461.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lds_full_validation.pdf.gz	545 KB	表示
XML形式データ	2lds_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	2lds_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/2lds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/2lds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3wny-1 5w9f-d 3wny-4 2eyb-d 1shp-d 1gpt-d 6l9d-d 1pav-d 1ptr-d 4hgu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17681

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Insecticidal toxin LaIT1

4.21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Insecticidal toxin LaIT1 分子量: 4214.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Liocheles australasiae (やえやまさそり) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C5F2
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HNCO
1	3	1	3D HN(CO)CA
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	3D HBHA(CO)NH
1	7	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	8	1	3D (H)CCH-COSY
1	9	1	3D 1H-15N NOESY
1	10	1	3D 1H-13C NOESY
1	11	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 90% H2O-1, 10% D2O-2, 20mM MES-3, 50mM sodium chloride-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
90 %	H2O-1	1
10 %	D2O-2	1
20 mM	MES-3	1
50 mM	sodium chloride-4	1

試料状態

pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	v2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 303 / NOE intraresidue total count: 57 / NOE long range total count: 76 / NOE medium range total count: 54 / NOE sequential total count: 112

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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