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万見
- PDB-5w96: Solution structure of phage derived peptide inhibitor of frizzled... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w96
タイトルSolution structure of phage derived peptide inhibitor of frizzled 7 receptor
要素Fz7 binding peptide
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / peptide inhibitor
生物種unidentified (未定義)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nile, A.H. / de Sousa e Melo, F. / Mukund, S. / Piskol, R. / Hansen, S. / Zhou, L. / Zhang, Y. / Fu, Y. / Gogol, E.B. / Komuves, L.G. ...Nile, A.H. / de Sousa e Melo, F. / Mukund, S. / Piskol, R. / Hansen, S. / Zhou, L. / Zhang, Y. / Fu, Y. / Gogol, E.B. / Komuves, L.G. / Modrusan, Z. / Angers, S. / Franke, Y. / Koth, C. / Fairbrother, W.J. / Wang, W. / de Sauvage, F.J. / Hannoush, R.N.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: A selective peptide inhibitor of Frizzled 7 receptors disrupts intestinal stem cells.
著者: Nile, A.H. / de Sousa E Melo, F. / Mukund, S. / Piskol, R. / Hansen, S. / Zhou, L. / Zhang, Y. / Fu, Y. / Gogol, E.B. / Komuves, L.G. / Modrusan, Z. / Angers, S. / Franke, Y. / Koth, C. / ...著者: Nile, A.H. / de Sousa E Melo, F. / Mukund, S. / Piskol, R. / Hansen, S. / Zhou, L. / Zhang, Y. / Fu, Y. / Gogol, E.B. / Komuves, L.G. / Modrusan, Z. / Angers, S. / Franke, Y. / Koth, C. / Fairbrother, W.J. / Wang, W. / de Sauvage, F.J. / Hannoush, R.N.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fz7 binding peptide
B: Fz7 binding peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5122
ポリマ－3,5122
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area580 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area2830 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Fz7 binding peptide / Fz7


分子量: 1755.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM Fz binding peptide, 10 mM sodium phosphate, 10 % acentonitrile, 90%H2O 10%acetonitrile
詳細: 1mM peptide in 10 mM sodium phosphate pH 7.3 10% acentonitrile-d3 90% H2O
Label: Fz_condition / 溶媒系: 90%H2O 10%acetonitrile
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMFz binding peptidenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
10 %acentonitrilenatural abundance1
試料状態イオン強度: 10 mM / Label: FzD sample 1 / pH: 7.3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker ultrashield plus / 製造業者: Bruker / モデル: ultrashield plus / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AnalysisCCPNデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AnalysisCCPNchemical shift assignment
AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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