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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w8c | ||||||
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タイトル | The structure of a COA-dependent acyl-homoserine lactone synthase, BjaI, with MTA and isovaleryl-CoA | ||||||
![]() | Autoinducer synthase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / acyl-homoserine lactone / coenzyme A / BjaI | ||||||
機能・相同性 | Isovaleryl-coenzyme A / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, S.-H. / Nair, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for the substrate specificity of quorum signal synthases. 著者: Dong, S.H. / Frane, N.D. / Christensen, Q.H. / Greenberg, E.P. / Nagarajan, R. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25236.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 318分子 ![](data/chem/img/IVC.gif)
![](data/chem/img/MTA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MTA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-IVC / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-MTA / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.46 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3.0 M sodium chloride, 0.085 M HEPES, pH 7.5, 15% v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Ambient temp details: liquid nitrogen |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月24日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 38415 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 11.1 % / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.85 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.708 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→25 Å
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拘束条件 |
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