PDB-5w7q: Crystal Structure of Reconstructed Bacterial Elongation Factor No...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w7q

タイトル

Crystal Structure of Reconstructed Bacterial Elongation Factor Node 168

要素

Consensus Elongation Factor

キーワード

TRANSLATION / ancestral gene reconstruction / thermostability / EF-Tu / ASR

機能・相同性

Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Ortlund, E.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural and Dynamics Comparison of Thermostability in Ancient, Modern, and Consensus Elongation Factor Tus.
著者: Okafor, C.D. / Pathak, M.C. / Fagan, C.E. / Bauer, N.C. / Cole, M.F. / Gaucher, E.A. / Ortlund, E.A.

履歴

登録	2017年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w7q.cif.gz	220.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w7q.ent.gz	178.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w7q_validation.pdf.gz	757.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w7q_full_validation.pdf.gz	758.4 KB	表示
XML形式データ	5w7q_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	5w7q_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/5w7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/5w7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w75C 5w76C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mi3-1 5w75-4 2hdn-3 3u6k-1 5w76-d 5opd-1 5mi3-2 5w75-1 5w75-2 2v6v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Consensus Elongation Factor

ヘテロ分子

41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.476, 104.046, 43.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Consensus Elongation Factor 分子量: 40915.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% Peg 10K, 100mM Na Hepes

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 10877 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 1.841 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 47115

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.54	3.9	0.435	1.349	1	82.4
2.54-2.59	4.1	0.429	1.348	1	87.9
2.59-2.64	3.9	0.413	1.348	1	88.2
2.64-2.69	4.1	0.355	1.287	1	90.5
2.69-2.75	4.3	0.303	1.401	1	91.2
2.75-2.82	4.2	0.27	1.347	1	92.2
2.82-2.89	4.3	0.252	1.414	1	93.5
2.89-2.96	4.3	0.224	1.44	1	95.8
2.96-3.05	4.4	0.189	1.454	1	94.8
3.05-3.15	4.5	0.166	1.578	1	93.9
3.15-3.26	4.4	0.126	1.713	1	96.4
3.26-3.39	4.5	0.117	1.825	1	94.2
3.39-3.55	4.5	0.097	1.765	1	95.6
3.55-3.73	4.5	0.092	1.805	1	93.7
3.73-3.97	4.5	0.077	2.037	1	94.5
3.97-4.27	4.4	0.065	2.162	1	93.2
4.27-4.7	4.5	0.054	2.187	1	93.7
4.7-5.38	4.6	0.06	2.378	1	92.2
5.38-6.78	4.5	0.071	2.435	1	91.3
6.78-50	4.2	0.066	4.213	1	90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.5→30.537 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2472	751	6.92 %
R_work	0.1966	-	-
obs	0.2002	10858	91.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 184.01 Å² / B_iso mean: 53.4183 Å² / B_iso min: 18.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→30.537 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2852	0	39	27	2918
B_iso mean	-	-	39.83	34.37	-
残基数	-	-	-	-	371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2930
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.623	3975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	458
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	515
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.252	1769

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.494-2.6865	0.3518	143	0.2692	1856	1999	85
2.6865-2.9566	0.2979	146	0.2438	2055	2201	93
2.9566-3.384	0.2989	155	0.2134	2088	2243	95
3.384-4.2616	0.2583	158	0.1817	2048	2206	94
4.2616-30.5396	0.1703	149	0.1653	2060	2209	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7051	0.2917	-0.2526	1.9572	0.7468	1.4812	0.1154	0.1133	0.2774	-0.0207	-0.0295	0.5092	-0.1772	-0.183	-0.0922	0.2934	0.0371	0.0337	0.2027	0.0036	0.3384	-7.0775	10.9737	9.3445
2	2.291	0.1242	-1.2202	2.0239	-1.6268	1.9385	0.0973	0.3366	0.328	-0.0133	-0.0414	0.0123	0.2942	-0.1248	-0.0063	0.2716	-0.0018	-0.0363	0.3062	0.0677	0.3189	4.8135	10.2889	0.1755
3	3.2196	0.1477	1.0856	2.983	0.3534	2.442	-0.0454	0.1787	-0.3407	0.049	0.0248	0.1306	0.3443	0.0722	-0.0235	0.3295	0.0263	0.0357	0.2067	0.0014	0.2154	2.1749	-3.3371	6.6558
4	0.9526	0.827	0.1292	1.5351	0.59	0.5746	-0.1049	-0.2017	-0.0828	0.227	0.1548	0.595	-0.1204	0.0115	-0.0609	0.3365	0.0509	0.0088	0.3701	-0.0169	0.3704	9.9775	33.7139	18.6113
5	0.9756	0.6164	0.8807	3.2164	2.6913	4.6069	-0.095	0.0249	0.0842	-0.1623	-0.0076	-0.0169	-0.2646	0.065	0.0862	0.1697	-0.0048	0.002	0.2509	0.0213	0.2513	14.3422	32.5917	3.4902

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 84 )	A	8 - 84
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 126 )	A	85 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 127 through 199 )	A	127 - 199
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 200 through 225 )	A	200 - 225
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 226 through 393 )	A	226 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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