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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w7n | ||||||
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タイトル | 2-Se-T2/4-DNA and native RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA/RNA / HYDROLASE-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 リボヌクレアーゼH / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus halodurans (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Fang, Z. / Yang, F. / Huang, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 2-Se-T2/4-modified-DNA and native RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant 著者: Fang, Z. / Yang, F. / Huang, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w7n.cif.gz | 55.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w7n.ent.gz | 33.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w7n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/5w7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/5w7n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2g8uS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 1875.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1950.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 15243.206 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 62-193 / Mutation: D132N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア) 株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125 遺伝子: rnhA, BH0863 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KEI9, リボヌクレアーゼH | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 12%(w/v) PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→61.85 Å / Num. obs: 17561 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rpim(I) all: 0.027 / Χ2: 0.784 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 913 / CC1/2: 0.974 / Rpim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.784 / % possible all: 52.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2g8u 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 2.68 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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