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- PDB-5w77: Solution structure of the MYC G-quadruplex bound to small molecul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w77
タイトルSolution structure of the MYC G-quadruplex bound to small molecule DC-34
要素DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3')
キーワードDNA/INHIBITOR / c-Myc promoter DNA-inhibitor complex / c-Myc promoter G-quadruplex / DNA / DNA-INHIBITOR complex
機能・相同性Chem-9WP / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chen, X. / Walters, K.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Chemical and structural studies provide a mechanistic basis for recognition of the MYC G-quadruplex.
著者: Calabrese, D.R. / Chen, X. / Leon, E.C. / Gaikwad, S.M. / Phyo, Z. / Hewitt, W.M. / Alden, S. / Hilimire, T.A. / He, F. / Michalowski, A.M. / Simmons, J.K. / Saunders, L.B. / Zhang, S. / ...著者: Calabrese, D.R. / Chen, X. / Leon, E.C. / Gaikwad, S.M. / Phyo, Z. / Hewitt, W.M. / Alden, S. / Hilimire, T.A. / He, F. / Michalowski, A.M. / Simmons, J.K. / Saunders, L.B. / Zhang, S. / Connors, D. / Walters, K.J. / Mock, B.A. / Schneekloth Jr., J.S.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer ...pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct / struct_conn
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model ..._pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9805
ポリマ－7,0091
非ポリマー9714
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area440 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area4420 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3')


分子量: 7008.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-9WP / 4-[(azepan-1-yl)methyl]-5-hydroxy-2-methyl-N-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1-benzofuran-3-carboxamide


分子量: 446.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25F3N2O3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
133isotropic12D 1H-1H NOESY
142isotropic22D 1H-1H NOESY
153isotropic22D 1H-1H NOESY
162isotropic12D 1H-1H TOCSY
172isotropic12D 1H-1H COSY
183isotropic12D 1H-1H TOCSY
193isotropic12D 1H-1H COSY
1104isotropic13D 13C half-filtered NOESY
1115isotropic32D 1H-1H TOCSY
1125isotropic32D 1H-1H NOESY
1135isotropic32D 1H-1H COSY
1145isotropic32D 1H-13C HSQC
1155isotropic32D 1H-13C HMBC
1166isotropic11D 1H

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.3 mM DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3'), 25 mM D11- TRIS, 50 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2OFree Pu2290% H2O/10% D2O
solution20.125 mM DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3'), 0.25 mM (2R)-4-[4-(3-methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-(2,4,5-trifluorophenyl)butan-2-amine, 25 mM D11- TRIS, 50 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D6-DMSOPu22:DC34=1:2 water90% H2O/10% D6-DMSO
solution30.25 mM DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3'), 0.50 mM (2R)-4-[4-(3-methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-(2,4,5-trifluorophenyl)butan-2-amine, 25 mM D11- TRIS, 50 mM potassium chloride, 90% D2O/10% D6-DMSOPu22:DC34=1:2 D2O90% D2O/10% D6-DMSO
solution40.25 mM DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3'), 0.5 mM selective 13C-labeling (2R)-4-[4-(3-methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-(2,4,5-trifluorophenyl)butan-2-amine, 25 mM TRIS, 50 mM potassium chloride, 90% D2O/10% D6-DMSOPu22:13C-DC34=1:2 D2O90% D2O/10% D6-DMSO
solution50.5 mM (2R)-4-[4-(3-methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-(2,4,5-trifluorophenyl)butan-2-amine, 25 mM D11- TRIS, 50 mM potassium chloride, 90% D2O/10% D6-DMSODC34 free90% D2O/10% D6-DMSO
solution60.1 mM DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3'), 0.05-0.6 mM (2R)-4-[4-(3-methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-(2,4,5-trifluorophenyl)butan-2-amine, 25 mM D11- TRIS, 50 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D6-DMSOTitration90% H2O/10% D6-DMSO
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
0.3 mMDNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3')natural abundance1
25 mMTRISD11-1
50 mMpotassium chloridenatural abundance1
.125 mMDNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3')natural abundance2
.25 mM(2R)-4-[4-(3-methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-(2,4,5-trifluorophenyl)butan-2-aminenatural abundance2
25 mMTRISD11-2
50 mMpotassium chloridenatural abundance2
.25 mMDNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3')natural abundance3
.50 mM(2R)-4-[4-(3-methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-(2,4,5-trifluorophenyl)butan-2-aminenatural abundance3
25 mMTRISD11-3
50 mMpotassium chloridenatural abundance3
0.25 mMDNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3')natural abundance4
0.5 mM(2R)-4-[4-(3-methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-(2,4,5-trifluorophenyl)butan-2-amineselective 13C-labeling4
25 mMTRISnatural abundance4
50 mMpotassium chloridenatural abundance4
0.5 mM(2R)-4-[4-(3-methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-(2,4,5-trifluorophenyl)butan-2-aminenatural abundance5
25 mMTRISD11-5
50 mMpotassium chloridenatural abundance5
0.1 mMDNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3')natural abundance6
0.05 mM(2R)-4-[4-(3-methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-(2,4,5-trifluorophenyl)butan-2-aminenatural abundance0.05-0.66
25 mMTRISD11-6
50 mMpotassium chloridenatural abundance6
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: 298K / pH: 6.4 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298.2 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8501
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5pl5Bruker Biospincollection
NMRPipe8.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.データ解析
TALOSTALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
X-PLOR NIH2.45Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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