PDB-5w6m: Crystal structure of the human histidyl-tRNA synthetase mutant D175E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w6m

タイトル

Crystal structure of the human histidyl-tRNA synthetase mutant D175E

要素

Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic

キーワード

LIGASE / tRNA-synthetase / CMT mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.696 Å

データ登録者

Blocquel, D. / Yang, X.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: CMT disease severity correlates with mutation-induced open conformation of histidyl-tRNA synthetase, not aminoacylation loss, in patient cells.
著者: Blocquel, D. / Sun, L. / Matuszek, Z. / Li, S. / Weber, T. / Kuhle, B. / Kooi, G. / Wei, N. / Baets, J. / Pan, T. / Schimmel, P. / Yang, X.L.

履歴

登録	2017年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w6m.cif.gz	330 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w6m.ent.gz	274 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w6m_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w6m_full_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示
XML形式データ	5w6m_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	5w6m_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6o76C 4g84S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4x5o-d 5wer-2 2f1a-d 4ypf-1 1dce-2 2f7p-d 1m3e-1 1qx1-d 5wer-1 5wer-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic

B: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.360, 93.360, 254.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic / Histidyl-tRNA synthetase / HisRS 分子量: 50922.695 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 54-503 / 変異: D175E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HARS, HRS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12081, histidine-tRNA ligase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8, 0.2 M MgCl2 and 20% PEG 2000 / PH範囲: 7-9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.696→38.591 Å / Num. obs: 12712 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.586 % / B_iso Wilson estimate: 134.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 21.03

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.696-3.79	12.605	0.817	3.71	904	0.943	0.851	98.6
3.79-3.9	13.248	0.578	5.22	907	0.974	0.601	99.8
3.9-4.01	13.477	0.452	6.43	851	0.987	0.47	99.5
4.01-4.13	13.213	0.346	8.29	835	0.992	0.36	99.8
4.13-4.27	13.05	0.299	9.55	844	0.992	0.311	99.9
4.27-4.42	12.519	0.214	12.45	784	0.996	0.223	99.9
4.42-4.58	11.221	0.143	16.98	770	0.997	0.15	99.9
4.58-4.77	13.392	0.133	19	739	0.998	0.138	100
4.77-4.98	13.567	0.107	21.51	720	0.999	0.111	100
4.98-5.23	13.305	0.121	20.67	696	0.998	0.126	100
5.23-5.51	13.021	0.115	21.68	664	0.998	0.12	100
5.51-5.84	12.976	0.115	21.29	621	0.998	0.12	100
5.84-6.25	12.35	0.1	24.85	586	0.998	0.104	100
6.25-6.75	10.813	0.084	26.6	557	0.998	0.088	99.8
6.75-7.39	12.373	0.062	38.39	509	0.999	0.065	99.8
7.39-8.26	12.4	0.043	48.98	473	0.999	0.045	99.8
8.26-9.54	12.085	0.035	57.18	423	1	0.037	100
9.54-11.69	10.97	0.032	60.58	369	1	0.033	100
11.69-16.53	9.592	0.034	55.94	294	0.999	0.035	100
16.53-38.591	9.536	0.035	56.3	166	0.999	0.036	89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G84

4g84

解像度: 3.696→38.591 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3107	635	5.01 %
R_work	0.2498	-	-
obs	0.2528	12679	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 327.23 Å² / B_iso mean: 152.9919 Å² / B_iso min: 102.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.696→38.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6261	0	0	0	6261
残基数	-	-	-	-	784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6348
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.685	8532
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.57	3906

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.6961-3.9812	0.3987	123	0.2868	2327	2450	99
3.9812-4.3813	0.3073	124	0.2519	2350	2474	99
4.3813-5.0141	0.2859	124	0.213	2369	2493	100
5.0141-6.3128	0.3321	128	0.2691	2433	2561	100
6.3128-38.5934	0.2945	136	0.2486	2565	2701	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2928	-1.119	-1.2883	1.0211	-0.8009	-0.0658	-0.2455	0.0298	0.298	-0.1057	0.1409	-0.289	-0.2926	0.2815	0.0001	1.4955	-0.2943	0.0258	1.4748	-0.0687	1.3841	219.3392	-30.4774	262.3778
2	0.7629	-0.7978	-0.7023	0.7277	0.1029	1.2241	-0.0387	-0.2444	-0.0669	0.0799	0.2055	-0.1088	0.3713	0.7731	-0	1.4223	0.0311	-0.0816	1.5159	-0.0553	1.3788	222.932	-49.8198	272.2921
3	0.5943	0.3942	0.0033	1.0841	0.289	0.9419	0.2684	-0.2526	-0.4384	-0.7229	-0.2166	0.5912	-0.1027	-0.2585	0.0001	1.6535	0.0818	-0.0536	1.3835	-0.0072	1.4583	188.3638	-35.5287	232.5088
4	-0.1807	0.7722	1.2607	-2.3458	0.5148	-0.1447	-0.1255	-0.1337	0.0173	-0.4831	-0.2666	0.1335	-0.3666	0.2954	-0.0001	1.6711	-0.1322	0.0455	1.5053	0.1064	1.5459	212.7005	-21.2894	252.2429
5	0.2551	0.0435	0.3486	-0.114	-0.1979	0.135	-0.2276	-0.6835	0.1371	0.3743	0.4815	0.7345	-0.4563	-0.2059	0.0003	1.8084	0.162	-0.1384	1.2186	-0.1188	1.6542	194.1185	-13.0229	239.5965
6	0.5428	0.7346	0.7402	0.3059	0.5496	0.6094	0.8024	0.2767	0.9707	-0.4495	-0.1361	-1.0034	-2.423	0.5297	0.0008	2.3076	-0.0976	-0.0715	1.21	0.2533	1.6264	203.3818	-11.5415	240.9552
7	0.7285	-0.4054	0.4249	0.1409	-0.3696	0.3417	-0.0588	-0.537	0.5007	-0.0715	0.1124	0.5502	-0.1299	-0.2747	0.0003	1.5861	0.1923	0.0444	1.3692	-0.2799	1.6491	196.4088	-22.0072	265.043
8	1.9758	0.8512	-0.76	1.3128	-0.7168	0.5937	-0.1878	-0.2872	-0.4549	-0.1847	0.0154	0.387	0.0639	-0.2882	-0	1.3139	0.0075	0.0173	1.4289	-0.0416	1.4252	193.0303	-48.0526	281.2942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 54 through 169 )	A	54 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 170 through 411 )	A	170 - 411
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 412 through 503 )	A	412 - 503
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 54 through 185 )	B	54 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 186 through 312 )	B	186 - 312
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 313 through 379 )	B	313 - 379
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 380 through 410 )	B	380 - 410
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 411 through 502 )	B	411 - 502

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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