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- PDB-5w6l: Crystal Structure of RRSP, a MARTX Toxin Effector Domain from Vib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w6l
タイトルCrystal Structure of RRSP, a MARTX Toxin Effector Domain from Vibrio vulnificus CMCP6
要素RTX repeat-containing cytotoxin
キーワードTOXIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / RRSP / MARTX Toxin / Effector Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Pasteurella multocida toxin, C2 domain / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily ...: / Pasteurella multocida toxin, C2 domain / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RTX repeat-containing cytotoxin / RTX repeat-containing cytotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Biancucci, M. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Satchell, K.J. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2018
タイトル: The bacterial Ras/Rap1 site-specific endopeptidase RRSP cleaves Ras through an atypical mechanism to disrupt Ras-ERK signaling.
著者: Biancucci, M. / Minasov, G. / Banerjee, A. / Herrera, A. / Woida, P.J. / Kieffer, M.B. / Bindu, L. / Abreu-Blanco, M. / Anderson, W.F. / Gaponenko, V. / Stephen, A.G. / Holderfield, M. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RTX repeat-containing cytotoxin
B: RTX repeat-containing cytotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,1656
ポリマ－115,8462
非ポリマー3204
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area44870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)247.103, 247.103, 247.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 RTX repeat-containing cytotoxin


分子量: 57922.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: XM78_c20952 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V8MQR3, UniProt: A0A3B6UEL2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 15.6 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: 1.96M Ammonium sulfate, 0.1 MOPS (pH 6.5), 20% (v/v) PEG400; Cryo: 4M Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月15日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→30 Å / Num. obs: 33078 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 101.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.046 / Rsym value: 0.113 / Χ2: 1.41 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 3.45→3.51 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1638 / CC1/2: 0.81 / Rrim(I) all: 0.382 / Rsym value: 0.866 / Χ2: 1.009 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.45→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 4.15 / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24913 1562 4.8 %RANDOM
Rwork0.22787 ---
obs0.22888 31064 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 121.529 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.45→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7654 0 17 15 7686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0197804
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0121.9710541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.715316777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.2015985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.46825.214374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg5.506151310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.5951540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3327.9353946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3337.9353945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34211.8994929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.34211.8994930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1448.0523858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1438.0523858
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.07612.0335613
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.24496.0098949
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.24496.0068949
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.45→3.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 113 -
Rwork0.316 2241 -
obs--98.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.81081.18141.65742.6556-2.30334.15850.21220.38521.1106-0.1977-0.03260.1767-0.3892-0.1929-0.17960.61240.15540.12970.64120.141.2159-23.85528.52785.754
21.76821.29311.03363.55371.71691.55110.0413-0.09990.20770.1403-0.0630.5116-0.3515-0.1480.02170.31750.03040.15420.07740.04480.9665-0.62237.608104.227
32.82810.5561-0.03522.61960.75041.52410.1254-0.16010.10660.29810.0266-0.1696-0.11360.1961-0.15190.1202-0.0378-0.00780.03840.01380.69921.25621.384102.944
43.6550.616-0.49537.13390.37152.04790.04970.1504-0.2079-0.46160.28040.95240.0259-0.463-0.33020.6787-0.1064-0.03590.29960.02070.305614.682102.652105.682
51.13280.46080.38135.11610.97981.8948-0.25810.0823-0.3356-0.85240.36350.2177-0.4152-0.0806-0.10540.6394-0.12490.0840.0599-0.02480.313825.19975.605101.567
61.59160.58180.38283.68330.39172.20260.0814-0.0999-0.64650.3020.2257-1.00250.15310.426-0.30710.41040.0223-0.06020.1209-0.07930.750642.71664.802118.461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3594 - 3678
2X-RAY DIFFRACTION2A3679 - 3835
3X-RAY DIFFRACTION3A3836 - 4087
4X-RAY DIFFRACTION4B3594 - 3670
5X-RAY DIFFRACTION5B3671 - 3832
6X-RAY DIFFRACTION6B3833 - 4087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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