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- PDB-5w6i: Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w6i
タイトルCrystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with cyclic peptide CP141046 (P3)
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • ACE-PH8-ORN-LEU-GLU-TYR-PHE-GLU-TRP-LEU-SER-BAL
キーワードVIRAL PROTEIN/PEPTIDE / Glycoprotein / Ectodomain / N-glycosylation / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of HA trimer, NA tetramer and M2 tetramer from the endoplasmic reticulum to the Golgi Apparatus / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral mRNA Translation ...Transport of HA trimer, NA tetramer and M2 tetramer from the endoplasmic reticulum to the Golgi Apparatus / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral mRNA Translation / viral budding from plasma membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.104 Å
データ登録者Wilson, I.A. / Kadam, R.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI117675 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Potent peptidic fusion inhibitors of influenza virus.
著者: Kadam, R.U. / Juraszek, J. / Brandenburg, B. / Buyck, C. / Schepens, W.B.G. / Kesteleyn, B. / Stoops, B. / Vreeken, R.J. / Vermond, J. / Goutier, W. / Tang, C. / Vogels, R. / Friesen, R.H.E. ...著者: Kadam, R.U. / Juraszek, J. / Brandenburg, B. / Buyck, C. / Schepens, W.B.G. / Kesteleyn, B. / Stoops, B. / Vreeken, R.J. / Vermond, J. / Goutier, W. / Tang, C. / Vogels, R. / Friesen, R.H.E. / Goudsmit, J. / van Dongen, M.J.P. / Wilson, I.A.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
D: ACE-PH8-ORN-LEU-GLU-TYR-PHE-GLU-TRP-LEU-SER-BAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9778
ポリマ－58,2613
非ポリマー1,7165
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
D: ACE-PH8-ORN-LEU-GLU-TYR-PHE-GLU-TRP-LEU-SER-BAL
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
D: ACE-PH8-ORN-LEU-GLU-TYR-PHE-GLU-TRP-LEU-SER-BAL
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
D: ACE-PH8-ORN-LEU-GLU-TYR-PHE-GLU-TRP-LEU-SER-BAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,93124
ポリマ－174,7849
非ポリマー5,14715
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area37180 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area65690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.305, 164.305, 164.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 36650.293 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 18-343 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03452
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20138.393 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 344-519 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03452
#3: タンパク質・ペプチド ACE-PH8-ORN-LEU-GLU-TYR-PHE-GLU-TRP-LEU-SER-BAL / cyclic peptide CP141046 (P3)


分子量: 1472.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: HA: 11 mg/ml 1M lithium chloride 10% w/v PEG 6000 0.1M sodium citrate, pH=4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 13493 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 660 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.26 / Rsym value: 0.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000v712データ削減
HKL-2000v712データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RU7

1ru7


解像度: 3.104→41.076 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 647 4.9 %
Rwork0.208 --
obs0.2103 13205 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.104→41.076 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3922 0 218 0 4140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8875774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5091649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01747
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.104-3.34350.39851340.32932467X-RAY DIFFRACTION98
3.3435-3.67980.34491310.2942455X-RAY DIFFRACTION96
3.6798-4.21180.24521260.23662441X-RAY DIFFRACTION96
4.2118-5.30470.2291330.1772545X-RAY DIFFRACTION99
5.3047-41.07980.2131230.1652650X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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