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万見
- PDB-5w6e: PDE1b complexed with compound 3S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w6e
タイトルPDE1b complexed with compound 3S
要素Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Phosphodiesterase / inhibitor / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / serotonin metabolic process / dopamine catabolic process / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / Cam-PDE 1 activation / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / cGMP effects / monocyte differentiation ...calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / serotonin metabolic process / dopamine catabolic process / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / Cam-PDE 1 activation / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / cGMP effects / monocyte differentiation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / response to amphetamine / cAMP-mediated signaling / locomotory behavior / visual learning / G alpha (s) signalling events / calmodulin binding / neuronal cell body / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0NY / Dual specificity calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vajdos, F.F.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Potent and Selective Periphery-Restricted Quinazoline Inhibitors of the Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase PDE1.
著者: Humphrey, J.M. / Movsesian, M. / Am Ende, C.W. / Becker, S.L. / Chappie, T.A. / Jenkinson, S. / Liras, J.L. / Liras, S. / Orozco, C. / Pandit, J. / Vajdos, F.F. / Vandeput, F. / Yang, E. / Menniti, F.S.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5524
ポリマ－42,1351
非ポリマー4173
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.782, 88.782, 134.806
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B / Cam-PDE 1B / 63 kDa Cam-PDE


分子量: 42134.945 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 122-487 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE1B, PDE1B1, PDES1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q01064, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-0NY / 7,8-dimethoxy-N-[(2S)-1-(3-methyl-1H-pyrazol-5-yl)propan-2-yl]quinazolin-4-amine


分子量: 327.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N5O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M MGCL2, 125 UM 5-(5-BROMO-2-PROPOXYPHENYL)-3-PROPYL-1H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-7(6H)-ONE, 15% PEG 8000, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 343112 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 8.11 % / Net I/σ(I): 23.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→40.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.261 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.1125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 2116 5 %RANDOM
Rwork0.1804 ---
obs0.1817 40164 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.6 Å2 / Biso mean: 24.3 Å2 / Biso min: 12.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→40.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2593 0 26 305 2924
Biso mean--24.2 43.8 -
残基数----321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2661.9443625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87234308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6775319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.67224.127126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.09815469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5751514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02556
LS精密化 シェル解像度: 1.898→1.948 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 168 -
Rwork0.205 2856 -
all-3024 -
obs--96.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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