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- PDB-5w5r: Agrobacterium tumefaciens ADP-glucose pyrophosphorylase P96A muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w5r
タイトルAgrobacterium tumefaciens ADP-glucose pyrophosphorylase P96A mutant bound to activator pyruvate
要素Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Glucose-1-phosphate adenylyltransferase / glycogen biosynthesis / starch biosynthesis / allosterism
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphate adenylyltransferase / glucose-1-phosphate adenylyltransferase activity / glycogen biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate adenylyltransferase GlgC, bacterial / ADP-glucose pyrophosphorylase, conserved site / Glucose-1-phosphate adenylyltransferase / ADP-glucose pyrophosphorylase signature 1. / ADP-glucose pyrophosphorylase signature 2. / ADP-glucose pyrophosphorylase signature 3. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 ...Glucose-1-phosphate adenylyltransferase GlgC, bacterial / ADP-glucose pyrophosphorylase, conserved site / Glucose-1-phosphate adenylyltransferase / ADP-glucose pyrophosphorylase signature 1. / ADP-glucose pyrophosphorylase signature 2. / ADP-glucose pyrophosphorylase signature 3. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVIC ACID / Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.754 Å
データ登録者Mascarenhas, R.N. / Hill, B.L. / Ballicora, M.A. / Liu, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1616851 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis reveals a pyruvate-binding activator site in theAgrobacterium tumefaciensADP-glucose pyrophosphorylase.
著者: Hill, B.L. / Mascarenhas, R. / Patel, H.P. / Asencion Diez, M.D. / Wu, R. / Iglesias, A.A. / Liu, D. / Ballicora, M.A.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
C: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
E: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
H: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
I: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
J: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
K: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
L: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
N: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
O: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
P: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
Q: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
R: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
F: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
G: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
M: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
T: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
U: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)937,91971
ポリマ－933,09220
非ポリマー4,82751
水139,0047716
1
A: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
E: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
P: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子

O: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,65915
ポリマ－186,6184
非ポリマー1,04111
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_654x+1,y,z-11
Buried area14370 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area62080 Å2
手法PISA
2
B: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
K: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
M: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,56314
ポリマ－186,6184
非ポリマー94510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14670 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area62430 Å2
手法PISA
3
C: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
H: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
I: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
G: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,56314
ポリマ－186,6184
非ポリマー94510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14560 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area61970 Å2
手法PISA
4
L: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
R: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子

J: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子

N: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,47513
ポリマ－186,6184
非ポリマー8579
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_564x,y+1,z-11
crystal symmetry operation1_664x+1,y+1,z-11
Buried area14190 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area62940 Å2
手法PISA
5
Q: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
F: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
T: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
U: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,65915
ポリマ－186,6184
非ポリマー1,04111
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14650 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area62540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.400, 140.993, 228.209
Angle α, β, γ (deg.)72.000, 78.180, 90.010
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Glucose-1-phosphate adenylyltransferase / ADP-glucose pyrophosphorylase / ADPGlc PPase / ADP-glucose synthase


分子量: 46654.590 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: glgC / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: P39669, glucose-1-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM Hepes, 1.5 M lithium sulfate at pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,h-l / Fraction: 0.49
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 1029422 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.874 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 2012923
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.7820.547516500.6720.5440.7720.68295.8
1.78-1.8120.436517220.7470.4350.6160.70896
1.81-1.8520.36519320.8210.3580.5080.71896.2
1.85-1.8920.307518920.8730.3060.4330.7496.2
1.89-1.9320.247521230.8940.2460.3480.79196.4
1.93-1.9720.212520680.9170.2110.30.81796.6
1.97-2.0220.167521350.9410.1670.2360.85596.6
2.02-2.0720.144522090.9570.1440.2040.87596.7
2.07-2.1420.129522010.9630.1280.1820.91796.8
2.14-2.220.112522710.9730.1120.1580.96696.7
2.2-2.2820.1520590.9750.10.1411.00496.5
2.28-2.3820.09522270.980.0890.1271.02696.7
2.38-2.4820.083521570.980.0830.1181.0496.7
2.48-2.6120.076520800.9820.0750.1071.05496.5
2.61-2.7820.069520210.9850.0690.0981.06196.4
2.78-2.9920.061518240.9880.0610.0871.07895.9
2.99-3.2920.055510680.9880.0550.0781.04494.7
3.29-3.771.90.051507790.9880.0510.0720.94794.2
3.77-4.751.90.04486360.9910.040.0570.6590.1
4.75-501.90.031463680.9950.0310.0440.40785.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.754→46.884 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 2172 0.23 %
Rwork0.2008 950644 -
obs0.2022 953316 43.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.5 Å2 / Biso mean: 26.5494 Å2 / Biso min: 7.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.754→46.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数64444 0 264 7716 72424
Biso mean--25.42 33.03 -
残基数----8229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00466296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80190113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.04424112
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.754-1.80.3544890.2975400684015726
1.8-1.84870.33821080.2805501355024333
1.8487-1.90310.25681290.2698608296095839
1.9031-1.96450.31721500.2568693966954645
1.9645-2.03470.26821500.2473739357408548
2.0347-2.11610.21881580.2413742627442048
2.1161-2.21240.23791550.2383744177457248
2.2124-2.32910.25421610.2243743127447348
2.3291-2.47490.231610.2208742027436348
2.4749-2.6660.23091560.2147741967435248
2.666-2.93410.20421550.2737947394948
2.9341-3.35840.24391500.1786728327298247
3.3584-4.22990.19651480.144714017154946
4.2299-34.1080.20111420.1836668656700743

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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