PDB-5w5i: Human IFIT1 dimer with PPP-AAAA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w5i

タイトル

Human IFIT1 dimer with PPP-AAAA

要素

Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

キーワード

RNA binding protein/RNA / triphosphate RNA / tetratricopeptide repeat / RNA binding protein / RNA binding protein-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / negative regulation of helicase activity / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / antiviral innate immune response / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of protein binding / response to virus / ISG15 antiviral mechanism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Abbas, Y.M. / Martinez-Montero, S. / Damha, M.J. / Nagar, B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into IFIT1 dimerization and conformational changes associated with mRNA binding
著者: Abbas, Y.M. / Martinez-Montero, S. / Cencic, R. / Pelletier, J. / Damha, M.J. / Pawelek, P.D. / Nagar, B.

履歴

登録	2017年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	5w5hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w5h-d 3fyi-d 3of6-d 3oma-d 1nu9-d 3om3-d 6ci0-d 6pa3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (7) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

D: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

114 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, IFIT1 migrates as a dimer on gel filtration, light scattering, Calculated MW corresponds to IFIT1 homodimer, equilibrium centrifugation, Analytical ultracentrifugation shows ...根拠: gel filtration, IFIT1 migrates as a dimer on gel filtration, light scattering, Calculated MW corresponds to IFIT1 homodimer, equilibrium centrifugation, Analytical ultracentrifugation shows reversible monomer-dimer interaction

2

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

D: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

D: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

D: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

D: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

ソフトウェアが定義した集合体
456 kDa, 16 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	184.789, 184.789, 88.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 / IFIT-1 / Interferon-induced 56 kDa protein / P56 分子量: 55532.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIT1, G10P1, IFI56, IFNAI1, ISG56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09914
#2: RNA鎖	RNA (5'-D((ATP))-R(PAPAPA)-3') 分子量: 1431.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 27 - 32 % PEG 200, 0.1 M Tris pH 8.1, 200 mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 94 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 43686 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / R_pim(I) all: 0.025 / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC_1/2: 0.85 / R_pim(I) all: 0.383 / R_sym value: 0.899 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2142: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→44.397 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.65 / 位相誤差: 26.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2416	1922	4.97 %
R_work	0.2189	-	-
obs	0.22	38680	88.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.397 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7072	194	0	35	7301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7416
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.477	10002
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.903	4520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	1083
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1243

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6499-2.7162	0.2748	52	0.29	1111	X-RAY DIFFRACTION	37
2.7162-2.7896	0.2909	68	0.291	1416	X-RAY DIFFRACTION	48
2.7896-2.8717	0.3169	99	0.3045	1956	X-RAY DIFFRACTION	66
2.8717-2.9643	0.328	140	0.2977	2655	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9643-3.0702	0.3198	156	0.2895	2919	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0702-3.1931	0.3227	157	0.2896	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1931-3.3384	0.303	157	0.2682	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3384-3.5144	0.2927	153	0.2495	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5144-3.7344	0.2598	149	0.2185	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7344-4.0226	0.1951	161	0.1905	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0226-4.4271	0.1763	156	0.1734	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4271-5.0669	0.1848	156	0.1672	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0669-6.3808	0.2261	155	0.2022	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3808-44.4029	0.2158	163	0.1847	3042	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3167	1.1368	-1.624	1.7425	-0.5701	3.8837	0.1245	0.0042	0.5405	-0.1062	0.174	0.0874	-0.325	-0.0636	-0.2415	0.303	-0.0226	-0.0563	0.6824	-0.1825	0.4568	12.1732	247.9767	-4.8103
2	0.2411	-0.134	0.0672	0.3566	0.2445	1.4611	0.3521	-1.2002	0.5983	-0.1226	-0.4332	-0.4378	-0.4531	1.2176	0.0103	0.2639	-0.364	-0.1191	1.145	-0.2953	0.4634	17.5318	247.2537	3.4336
3	1.9553	0.4999	0.2657	0.8784	-0.5506	1.4517	-0.1694	0.075	-0.7149	-0.2301	-0.1576	-0.2099	0.363	0.4124	0.1349	-0.4946	0.3124	-0.0777	1.0549	0.0178	0.5058	8.7202	228.4969	3.4434
4	3.6097	-2.5114	0.1436	2.6541	-0.7191	0.4353	-0.2517	-0.3954	-0.8641	0.2378	0.0273	-0.2105	0.5658	0.7413	0.1124	0.591	0.2723	0.0156	0.9946	0.1905	0.7684	5.9276	220.3097	15.6729
5	1.5057	0.9876	1.6015	3.1829	0.5817	2.2077	0.0663	-0.6477	-0.3993	0.4359	0.2243	-0.4357	0.1696	0.4628	-0.2973	0.4803	0.0263	-0.0614	1.6613	0.0395	0.495	3.5145	231.5649	27.4321
6	1.706	-0.1505	0.5022	0.7441	0.3403	1.1741	0.0864	-1.0383	-0.3256	0.7117	0.048	0.1611	-0.148	0.2462	-0.0827	-0.0786	-0.287	-0.6112	1.3009	-0.4576	-0.2095	-10.7408	238.5332	25.8141
7	2.0399	-0.1382	0.3613	0.9412	-0.9544	1.0574	0.079	-0.4037	-0.0717	0.1129	0.0296	0.2038	-0.1564	0.4284	-0.1004	0.2102	-0.0139	0.0235	0.4652	-0.1622	0.2966	-22.259	236.9301	12.1229
8	5.636	1.4934	2.8705	2.0067	-0.8518	3.0821	0.0385	-0.3629	0.0206	0.6154	-0.1078	0.6505	0.24	-0.5436	0.0222	0.3168	-0.0526	0.1301	0.4789	-0.1013	0.5998	-30.9461	224.9253	10.8043
9	2.8729	0.5875	1.1862	0.9402	0.3736	2.83	0.2538	-0.4566	-0.4918	-0.0541	-0.2469	0.7053	0.3607	-0.4418	-0.1192	0.3268	-0.0732	-0.0744	0.4885	-0.2558	0.9342	-37.8327	222.2408	-0.5561
10	2.1896	-0.9525	0.5132	2.1551	-0.2309	2.7472	-0.0646	-0.3414	-0.6582	0.1447	0.0676	-0.0015	0.1712	0.1108	0.0181	0.2937	-0.0345	0.0257	0.9837	0.028	0.3324	-6.9447	231.0031	16.4098
11	0.814	-0.436	0.2931	1.7868	-0.7534	1.4691	-0.2033	-0.0023	-0.2913	-0.3978	0.3161	1.0671	0.7303	-0.7833	-0.0057	0.599	-0.349	-0.1452	0.3371	0.0439	0.6431	-67.1467	172.148	-13.3995
12	0.3565	0.248	-0.4638	1.3138	-0.9715	1.2804	-0.2074	-0.1316	-0.1418	-0.0698	-0.0424	-0.2749	0.4468	0.1	0.1841	0.4944	0.0254	0.0243	0.1349	-0.0301	0.3052	-49.6177	175.0035	-13.8467
13	2.6552	-2.2449	-0.5997	3.3494	-0.0527	0.3463	0.022	0.3699	-0.194	-0.6613	-0.08	-0.7849	0.4273	0.3554	-0.1256	0.8104	0.1434	0.1752	0.4076	-0.0533	0.4648	-39.8314	180.7251	-30.5117
14	4.4091	-0.5167	0.3877	1.9599	0.9004	2.213	0.0767	0.6054	0.0259	-1.2585	-0.137	0.0748	0.4801	-0.0881	0.064	0.9655	-0.0434	-0.1282	0.3572	-0.0515	0.2467	-55.1627	191.8348	-41.2448
15	1.0439	-0.0323	-0.7596	2.7907	-0.1048	0.6392	0.0598	0.2214	0.1029	-0.2486	-0.0396	0.0817	0.2286	-0.1391	-0.0178	0.3178	-0.024	-0.1028	0.1639	0.0143	0.2704	-54.5611	207.9751	-25.9558
16	0.8679	1.0792	0.7166	2.0003	1.6113	2.6743	-0.2652	0.1319	0.5925	-0.3678	0.1486	-0.2977	-0.5543	0.5242	0.0142	0.3527	-0.1276	-0.1449	0.3269	-0.0356	0.7842	-38.0655	222.0821	-17.5418
17	2.4097	-1.6713	-0.0508	1.8288	1.6184	3.7397	0.136	0.1189	0.1989	-0.314	-0.1002	-0.3772	-0.1146	0.3366	-0.0513	0.4992	-0.073	0.0186	0.2105	0.0777	0.2933	-49.5689	194.2588	-29.5267
18	4.5999	0.1854	-0.6952	1.8599	-2.0477	2.3058	-0.2272	0.42	-0.3782	-0.2827	-0.0953	0.0434	0.3753	-0.198	0.2431	0.4379	-0.0591	-0.0322	0.3274	-0.0664	0.2334	-54.9015	185.887	-25.06
19	1.7021	0.0291	-1.5601	5.3658	-0.6526	1.5016	-0.0833	-0.1574	0.1139	0.4219	-0.0423	-0.6027	-0.2115	0.3802	0.1133	0.2083	-0.0632	-0.0608	0.9728	-0.1045	0.375	1.9113	236.4256	12.8946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 153 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 154 through 192 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 193 through 245 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 246 through 284 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 285 through 352 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 353 through 412 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 413 through 432 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 433 through 469 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2 through 4 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 9 through 127 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 128 through 192 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 193 through 245 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 246 through 335 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 336 through 412 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 413 through 469 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 2 through 4 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and resid ' 1 '
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and resid ' 1 '

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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