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万見
- PDB-5w5b: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CRP-FNR family tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w5b
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis CRP-FNR family transcription factor Cmr (Rv1675c), truncated construct
要素HTH-type transcriptional regulator Cmr
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / CRP/FNR family / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator Cmr
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cheung, J. / Cassidy, M. / Ginter, C. / Ranganathan, S. / Pata, D.J. / McDonough, K.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Novel structural features drive DNA binding properties of Cmr, a CRP family protein in TB complex mycobacteria.
著者: Ranganathan, S. / Cheung, J. / Cassidy, M. / Ginter, C. / Pata, J.D. / McDonough, K.A.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator Cmr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1152
ポリマ－26,0791
非ポリマー351
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.109, 72.530, 53.939
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator Cmr


分子量: 26079.215 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 13-244 / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: cmr, MT1714 / プラスミド: modified pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WMH4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 % / Mosaicity: 0.673 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1M di-ammonium hydrogen phosphate, 0.1M imidazole, 0.2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 20631 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.339 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 107589
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.833.10.6470.515194.1
1.83-1.863.70.6140.499198.5
1.86-1.94.20.5620.5491100
1.9-1.944.60.4210.5351100
1.94-1.984.60.3190.521100
1.98-2.034.70.250.5451100
2.03-2.084.70.2030.5861100
2.08-2.134.70.1660.5611100
2.13-2.24.70.1430.6351100
2.2-2.274.70.1250.7071100
2.27-2.354.70.1080.7361100
2.35-2.444.70.0910.8551100
2.44-2.554.70.0860.9621100
2.55-2.694.70.0731.0391100
2.69-2.864.70.0641.326199.9
2.86-3.084.60.0581.69199.8
3.08-3.394.70.0491.722199.5
3.39-3.884.60.0431.852199.4
3.88-4.887.70.0481.978198.9
4.88-5014.30.0572.8771100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.15位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→43.88 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 23.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 1977 5.12 %
Rwork0.1733 --
obs0.1755 38639 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.78 Å2 / Biso mean: 45.6 Å2 / Biso min: 23.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→43.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 1 90 1822
Biso mean--50.03 48.23 -
残基数----224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.292399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006315
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.251664
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7948-1.83970.35421220.30482254237686
1.8397-1.88940.29431530.27526482801100
1.8894-1.9450.26671500.259226152765100
1.945-2.00780.26431390.220226832822100
2.0078-2.07960.29961610.210826232784100
2.0796-2.16280.23551750.19626212796100
2.1628-2.26130.231520.200126352787100
2.2613-2.38050.2751310.188526452776100
2.3805-2.52960.23541120.188726742786100
2.5296-2.72490.19141470.190126432790100
2.7249-2.99910.25841430.18726672810100
2.9991-3.43290.25481430.182126232766100
3.4329-4.32450.18511510.144526392790100
4.3245-43.89280.1619980.141826922790100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96820.0542-0.32273.0269-0.93293.8695-0.1130.1569-0.0763-0.18780.1024-0.02370.1024-0.10770.02470.1713-0.01790.01960.2249-0.00040.2444-7.562921.981521.4882
21.72121.4264-0.78414.8932-0.82842.2481-0.1192-0.0263-0.0923-0.12780.13460.04240.2092-0.05230.00830.23930.0017-0.00320.25420.00570.2897-6.303724.229520.4649
36.36880.64641.01534.5311-0.34936.02740.0352-0.15320.33870.0026-0.05180.2292-0.1781-0.31950.01410.27750.0079-0.00530.2914-0.05940.2608-14.227231.280743.938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 76 )A21 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 167 )A77 - 167
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 168 through 244 )A168 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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