PDB-5w4y: Crystal Structure of Riboflavin Lyase (RcaE) with cofactor FMN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w4y

タイトル

Crystal Structure of Riboflavin Lyase (RcaE) with cofactor FMN

要素

Riboflavin Lyase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Cannibalism / Riboflavin / Superoxide radical

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Herbiconiux (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bhandari, D.M. / Chakrabarty, Y. / Zhao, B. / Wood, J. / Li, P. / Begley, T.P.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Cannibalism Among the Flavins: a Novel C-N Bond Cleavage in Riboflavin Catabolism Mediated by Flavin-Generated Superoxide Radical
著者: Chakrabarty, Y. / Bhandari, D.M. / Zhao, B. / Wood, J. / Li, P. / Begley, T.P.

履歴

登録	2017年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w4y.cif.gz	507.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w4y.ent.gz	425.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w4y_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w4y_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5w4y_validation.xml.gz	35.8 KB	表示
CIF形式データ	5w4y_validation.cif.gz	51.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w48C 5w4zC 3b9oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w48-d 1yw1-1 6e7c-d 3w7u-1 7bqp-1 3w7w-1 7bqk-d 4j5t-d 4czb-2 2ay7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Riboflavin Lyase

B: Riboflavin Lyase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.250, 113.470, 117.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Riboflavin Lyase / RcaE 分子量: 50263.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herbiconiux (バクテリア) / 株: YR403 / 遺伝子: RcaE / 詳細 (発現宿主): pTHT-RcaE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UEK8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris-HCl, 45% polypropylene glycol P400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月25日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→64.01 Å / Num. obs: 81065 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 18.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.9 Å / 冗長度: 18.6 % / R_merge(I) obs: 1.75 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1-2155-000	精密化
iMOSFLM	7.2.1	データ削減
PHENIX	1.10.1-2155-000	モデル構築
iMOSFLM	7.2.1	データスケーリング
PHENIX	1.10.1-2155-000	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B9O

3b9o

解像度: 1.9→64.01 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	4121	5.08 %
R_work	0.156	-	-
obs	0.158	81065	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→64.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6910	0	62	377	7349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7153
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.017	9757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.034	4195
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1057
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1288

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9224	0.382	143	0.3196	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9224-1.9458	0.2889	135	0.2637	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9458-1.9704	0.2627	135	0.2158	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9704-1.9964	0.2814	140	0.2034	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9964-2.0237	0.2635	121	0.1951	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0237-2.0526	0.2306	131	0.1868	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0526-2.0833	0.2022	138	0.1973	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0833-2.1158	0.184	127	0.1727	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1158-2.1505	0.2165	135	0.1734	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1505-2.1876	0.2087	133	0.171	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1876-2.2274	0.2466	157	0.1685	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2274-2.2702	0.2099	164	0.1924	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2702-2.3166	0.1922	152	0.1596	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3166-2.3669	0.197	142	0.1537	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3669-2.422	0.205	151	0.1512	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.422-2.4826	0.2091	136	0.1502	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4826-2.5497	0.1844	147	0.1531	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5497-2.6247	0.2135	141	0.1526	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6247-2.7094	0.205	142	0.1647	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7094-2.8063	0.2376	148	0.1665	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8063-2.9186	0.1793	120	0.1632	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9186-3.0515	0.172	135	0.1508	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0515-3.2123	0.1848	155	0.1565	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2123-3.4136	0.1739	148	0.1573	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4136-3.6771	0.1733	159	0.1475	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6771-4.0471	0.179	118	0.129	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0471-4.6326	0.1521	160	0.1205	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6326-5.836	0.1692	149	0.1346	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
5.836-64.0487	0.2173	159	0.1651	2851	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6672	0.7476	-0.172	1.5475	0.0125	0.8492	0.0184	-0.131	-0.0725	0.0702	-0.0647	-0.1645	0.0204	0.1179	0.0377	0.1848	0.0022	-0.0368	0.2	-0.006	0.184	47.2995	6.8294	-7.0164
2	1.1413	0.0366	-0.1891	2.7005	-0.0036	1.6133	0.0702	0.0444	0.1124	0.0276	-0.0592	0.6076	-0.0495	-0.3656	-0.069	0.1955	0.0137	-0.0125	0.2739	-0.0291	0.2991	24.9966	11.639	-8.6035
3	1.9787	-0.351	0.411	1.7309	-0.4193	1.0374	0.0574	-0.0457	0.2902	0.3067	-0.0427	-0.0492	-0.2079	0.0969	0.044	0.2347	-0.0395	0.0145	0.2218	-0.0426	0.2283	43.3378	25.7268	0.2662
4	1.2311	0.5306	-0.0582	1.641	-0.0577	2.0856	0.0151	0.0086	-0.067	-0.0237	-0.0424	-0.2821	-0.1719	0.1991	0.0059	0.1738	0.0055	-0.0294	0.2417	0.0029	0.2419	64.3791	24.2987	-13.9369
5	2.0725	0.6639	0.6974	1.6825	0.192	0.9732	0.1607	-0.4838	-0.0408	0.5094	-0.1642	-0.2645	-0.0635	0.1835	-0.0129	0.3703	-0.0774	-0.1035	0.4041	0.0185	0.2359	54.4374	15.4126	10.0847
6	5.0316	-2.3312	3.1994	6.1952	-1.173	6.1358	0.0756	-0.5972	0.025	0.4988	0.0376	0.4279	-0.3415	-0.36	-0.0576	0.2929	-0.0402	0.1094	0.3195	-0.07	0.2274	27.5096	16.8693	6.1565
7	1.7313	0.5303	-0.4617	2.2691	0.0971	1.4778	0.009	-0.1682	-0.1617	0.199	-0.0464	0.3557	0.2343	-0.2069	0.0203	0.2447	-0.0437	-0.0036	0.2296	-0.0017	0.2247	28.7194	-9.3479	-8.4217
8	1.1849	1.2295	0.2963	2.1259	0.5594	0.8113	-0.1515	0.2398	-0.0771	-0.3916	0.1084	0.041	-0.0364	-0.0309	0.0477	0.3358	-0.008	-0.0204	0.2736	-0.0261	0.1968	35.717	-6.5786	-26.46
9	2.3768	0.0942	-1.1091	2.1108	0.8265	2.2092	0.0239	0.1275	-0.109	0.0174	-0.1273	0.6337	0.297	-0.5564	0.0728	0.4507	-0.1538	0.0159	0.4605	-0.0282	0.5587	13.0659	-22.5652	-13.0406
10	1.9314	1.2403	-0.3814	3.3485	-1.194	1.9837	-0.0188	0.0354	-0.4989	0.0895	0.0631	-0.3508	0.3289	0.0636	0.0878	0.4076	0.0414	-0.0149	0.2442	-0.0668	0.4209	39.2373	-23.172	-15.708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 136 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 137 THROUGH 222 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 223 THROUGH 288 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 289 THROUGH 369 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 370 THROUGH 425 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 426 THROUGH 453 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 136 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 137 THROUGH 268 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 269 THROUGH 397 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 398 THROUGH 449 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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