PDB-5w4j: X-ray crystallographic structure of a beta-hairpin peptide mimic....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w4j

タイトル

X-ray crystallographic structure of a beta-hairpin peptide mimic. (ORN)KLV(MEA)FAE(ORN)AIIGLMV.

要素

A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

キーワード

DE NOVO PROTEIN / amyloid / oligomer / PROTEIN FIBRIL

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Kreutzer, A.G. / Nowick, J.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: A Hexamer of a Peptide Derived from A beta 16-36.
著者: Kreutzer, A.G. / Spencer, R.K. / McKnelly, K.J. / Yoo, S. / Hamza, I.L. / Salveson, P.J. / Nowick, J.S.

履歴

登録	2017年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年1月1日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support Item: _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w4j.cif.gz	65.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w4j.ent.gz	57.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w4j_validation.pdf.gz	463.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w4j_full_validation.pdf.gz	465.1 KB	表示
XML形式データ	5w4j_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	5w4j_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w4hC 5w4iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rqm-1 3f22-1 2kaf-d 1w1f-d 1e7o-d 4rqn-1 2mo0-d 3f23-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

B: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

C: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

D: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

E: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

F: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

10.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

D: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

A: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

D: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

ソフトウェアが定義した集合体
6.95 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

C: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

E: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

F: A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL

ソフトウェアが定義した集合体
6.95 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	30.590, 46.939, 64.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P22₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-116- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	A-beta 17_36 peptide: ORN-LYS-VAL-PHE-MEA-ALA-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET-VAL 分子量: 1738.165 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05 M HEPES buffer (pH 7.5), 0.2 M KCl, 37% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 133 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→32.15 Å / Num. obs: 5952 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 17.4 % / R_merge(I) obs: 0.007097 / Net I/σ(I): 71.11
反射シェル	解像度: 2.08→2.154 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.01986 / Mean I/σ(I) obs: 28.06 / Num. unique obs: 581 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.08→32.15 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.42

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	1059	9.85 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.2007	5946	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→32.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	726	0	0	63	789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	738
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.18	972
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.252	480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.138	120
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	114

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.1747	0.2901	132	0.2151	1199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1747-2.2893	0.2691	136	0.2087	1208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2893-2.4328	0.2804	138	0.2205	1216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4328-2.6205	0.253	130	0.2207	1191	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6205-2.8842	0.2613	133	0.2234	1214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8842-3.3013	0.2217	136	0.2018	1219	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3013-4.1585	0.2159	127	0.1745	1219	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1585-37.9188	0.2439	127	0.182	1222	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6031	8.6627	3.432	9.4502	2.7786	2.1769	-0.1137	-0.063	-0.282	0.0424	0.1239	-0.3232	-0.3241	-0.0338	-0.0343	0.2589	0.0539	0.0204	0.1586	0.0111	0.1692	10.4286	17.4776	29.0567
2	2.4138	3.414	-2.1527	8.8858	-2.6756	6.3742	0.0942	0.0858	0.2283	0.2312	0.0895	0.0813	-0.1184	0.3212	-0.1573	0.1645	-0.0157	0.006	0.2526	-0.0042	0.1793	12.4424	16.3193	14.0533
3	5.2986	5.183	3.2049	5.6377	3.2733	2.0021	0.0615	0.8403	0.32	0.2782	0.3372	0.7119	0.2016	-0.757	0.0554	0.3556	-0.0722	-0.044	0.3139	0.0132	0.2237	2.5379	14.4248	17.7835
4	7.4408	-3.5733	2.0343	3.7417	0.3246	5.7104	-0.2563	-0.2487	-0.9374	0.0139	0.3241	0.4696	1.0959	-0.4498	-0.3598	0.4782	-0.1534	0.0723	0.3299	0.0334	0.319	5.4564	7.5935	16.7366
5	6.7049	-4.8201	1.9105	3.8138	-2.7138	6.166	-0.4968	0.0013	0.2814	0.4233	0.4599	-0.0404	-0.4249	0.5749	-0.0673	0.3104	-0.0047	-0.0022	0.2384	0.0009	0.1954	13.5468	15.5019	39.273
6	8.0618	1	-1.9999	8.7784	2.3569	5.4189	0.1314	0.1713	1.6572	-0.012	-0.6128	0.047	-1.0124	-0.7304	0.1273	0.4251	0.0904	-0.0124	0.2475	-0.0982	0.254	6.1185	16.1216	38.1013
7	6.7032	-3.98	-0.3222	9.0674	-3.4048	1.985	-0.0137	0.0469	0.406	0.6693	-0.2257	-0.9987	-1.3335	-0.5454	0.0173	0.2988	0.141	0.0023	0.3981	-0.1216	0.2039	9.9846	18.1392	3.4608
8	6.1887	0.3719	3.6907	8.3293	-2.4451	6.2814	0.5055	0.7107	-0.3684	-0.701	-0.3836	-0.7942	-0.1819	0.5401	-0.1674	0.3535	0.0235	0.0738	0.3667	-0.0538	0.323	14.2216	12.4286	4.5424
9	8.6466	0.7084	2.3138	2.3495	-2.9564	9.3207	-0.2183	0.1942	0.1934	-0.1198	0.1612	0.7854	0.2588	-1.4574	0.2871	0.39	-0.0271	-0.056	0.4443	0.0379	0.2904	3.1255	10.5054	6.473

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 16 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 8 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 9 through 16 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 1 through 8 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 9 through 16 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 1 through 8 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 9 through 16 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'F' and (resid 1 through 16 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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