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- PDB-5w4d: C. japonica N-domain, Selenomethionine mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w4d
タイトルC. japonica N-domain, Selenomethionine mutant
要素P-granule scaffold protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / P-granule scaffold protein
機能・相同性IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein / :
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis japonica (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Aoki, S.T. / Bingman, C.A. / Kimble, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: C. elegans germ granules require both assembly and localized regulators for mRNA repression.
著者: Aoki, S.T. / Lynch, T.R. / Crittenden, S.L. / Bingman, C.A. / Wickens, M. / Kimble, J.
履歴
登録2017年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-granule scaffold protein
B: P-granule scaffold protein
C: P-granule scaffold protein
D: P-granule scaffold protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,30927
ポリマ－98,0084
非ポリマー2,30123
水11,836657
1
A: P-granule scaffold protein
C: P-granule scaffold protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,30415
ポリマ－49,0042
非ポリマー1,30013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: P-granule scaffold protein
D: P-granule scaffold protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,00512
ポリマ－49,0042
非ポリマー1,00110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.300, 94.800, 72.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-557-

HOH

21C-533-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
P-granule scaffold protein


分子量: 24501.994 Da / 分子数: 4 / 断片: N-domain (UNP residues 1-216) / 変異: I63M, I212M / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: codon optimized version
由来: (組換発現) Caenorhabditis japonica (無脊椎動物)
組織: germline / プラスミド: pET21a / 詳細 (発現宿主): IPTG inducible / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: H2W791, UniProt: A0A2H2IB89*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 680分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#8: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Imidazole pH 7.5, 40-45% PEG 400, 1 mM TCEP pH 7.4
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月7日 / 詳細: MD2 Micro Diffractometer
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→48.466 Å / Num. obs: 227476 / % possible obs: 97.06 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0469 / Rpim(I) all: 0.01827 / Net I/σ(I): 24.44
反射 シェル解像度: 1.599→1.656 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8775 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 11239 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.348 / % possible all: 95.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.599→48.466 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.54
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1898 2817 1.24 %random selection
Rwork0.1574 ---
obs0.1577 227474 96.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.599→48.466 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6683 0 153 657 7493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0049421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1174337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051074
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5989-1.62650.2831420.274410787X-RAY DIFFRACTION94
1.6265-1.65610.25751130.244611146X-RAY DIFFRACTION96
1.6561-1.68790.26121540.230811155X-RAY DIFFRACTION96
1.6879-1.72240.22791390.214311111X-RAY DIFFRACTION96
1.7224-1.75980.25871400.202311101X-RAY DIFFRACTION96
1.7598-1.80080.22881440.189911233X-RAY DIFFRACTION97
1.8008-1.84580.19291440.17211207X-RAY DIFFRACTION97
1.8458-1.89570.19061340.166411271X-RAY DIFFRACTION97
1.8957-1.95150.19681500.155711189X-RAY DIFFRACTION97
1.9515-2.01450.18141480.147911294X-RAY DIFFRACTION97
2.0145-2.08650.1831400.144911268X-RAY DIFFRACTION97
2.0865-2.170.16121500.135811264X-RAY DIFFRACTION98
2.17-2.26880.21181320.133911315X-RAY DIFFRACTION98
2.2688-2.38840.17821440.135511363X-RAY DIFFRACTION98
2.3884-2.5380.15141480.135511392X-RAY DIFFRACTION98
2.538-2.7340.18281300.138311320X-RAY DIFFRACTION98
2.734-3.00910.1551430.145311417X-RAY DIFFRACTION98
3.0091-3.44440.2171480.156211344X-RAY DIFFRACTION98
3.4444-4.33910.16541420.145111359X-RAY DIFFRACTION98
4.3391-48.48780.20631320.180911121X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.8159 Å / Origin y: -13.2379 Å / Origin z: 17.9354 Å
111213212223313233
T0.1298 Å2-0.0022 Å20.0006 Å2-0.1252 Å2-0.0064 Å2--0.1437 Å2
L0.1987 °2-0.0452 °20.0045 °2-0.3141 °2-0.0221 °2--0.3272 °2
S0.0074 Å °-0.0033 Å °0.0362 Å °0.0041 Å °-0.0046 Å °-0.0439 Å °-0.0068 Å °-0.005 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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