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- PDB-5w4a: C. japonica N-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w4a
タイトルC. japonica N-domain
要素P-granule scaffold
キーワードRNA BINDING PROTEIN / P-granule scaffold protein
機能・相同性IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein / :
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis japonica (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Aoki, S.T. / Bingman, C.A. / Kimble, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)K99 HD081208 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: C. elegans germ granules require both assembly and localized regulators for mRNA repression.
著者: Aoki, S.T. / Lynch, T.R. / Crittenden, S.L. / Bingman, C.A. / Wickens, M. / Kimble, J.
履歴
登録2017年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-granule scaffold
B: P-granule scaffold
C: P-granule scaffold
D: P-granule scaffold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,52427
ポリマ－97,4894
非ポリマー2,03523
水15,061836
1
A: P-granule scaffold
C: P-granule scaffold
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Analytical centrifugation of homolog ran as a dimer, gel filtration, SEC-MALS of homolog ran as a dimer, assay for oligomerization, mutatgenesis of dimer interface ...根拠: equilibrium centrifugation, Analytical centrifugation of homolog ran as a dimer, gel filtration, SEC-MALS of homolog ran as a dimer, assay for oligomerization, mutatgenesis of dimer interface created monomers (SEC-MALS)
  • 49.9 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,86715
ポリマ－48,7442
非ポリマー1,12213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: P-granule scaffold
D: P-granule scaffold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,65712
ポリマ－48,7442
非ポリマー91310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.770, 94.670, 72.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-556-

HOH

21A-592-

HOH

31D-541-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
P-granule scaffold


分子量: 24372.131 Da / 分子数: 4 / 断片: N-domain (UNP residues 1-216) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: codon optimized version synthesized for bacterial expression
由来: (組換発現) Caenorhabditis japonica (無脊椎動物)
プラスミド: pET21a / 詳細 (発現宿主): IPTG inducible / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: H2W791, UniProt: A0A2H2IB89*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 859分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 836 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Imidazole pH 7.5, 40-45% PEG 400, 1 mM TCEP pH 7.4
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日 / 詳細: MD2 Micro Diffractometer
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30.361 Å / Num. obs: 283749 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 15.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08108 / Rpim(I) all: 0.01984 / Net I/σ(I): 16.91
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.282 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 14301 / CC1/2: 0.662 / Rpim(I) all: 0.357 / % possible all: 99.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W4D

5w4d


解像度: 1.5→30.361 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 2915 1.03 %1468
Rwork0.1618 ---
obs0.1622 283749 99.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.361 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6738 0 136 836 7710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9899463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3234336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.52460.37241520.320913172X-RAY DIFFRACTION98
1.5246-1.55090.28861360.287413463X-RAY DIFFRACTION100
1.5509-1.57910.28961350.271813337X-RAY DIFFRACTION100
1.5791-1.60950.27071290.252313299X-RAY DIFFRACTION100
1.6095-1.64230.2991420.23313467X-RAY DIFFRACTION100
1.6423-1.6780.20441300.223813469X-RAY DIFFRACTION100
1.678-1.71710.2751500.207613321X-RAY DIFFRACTION100
1.7171-1.760.22361400.199813432X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.80760.24611440.190813423X-RAY DIFFRACTION100
1.8076-1.86080.22531320.170413247X-RAY DIFFRACTION99
1.8608-1.92080.20461390.165213237X-RAY DIFFRACTION99
1.9208-1.98940.18461390.157213452X-RAY DIFFRACTION100
1.9894-2.06910.15861430.152613349X-RAY DIFFRACTION100
2.0691-2.16320.20371380.143713403X-RAY DIFFRACTION100
2.1632-2.27720.16381360.133813460X-RAY DIFFRACTION100
2.2772-2.41990.16661460.137113356X-RAY DIFFRACTION100
2.4199-2.60660.19421420.141213451X-RAY DIFFRACTION100
2.6066-2.86870.25951260.152113363X-RAY DIFFRACTION100
2.8687-3.28340.19531360.156813436X-RAY DIFFRACTION100
3.2834-4.13510.18911420.146713399X-RAY DIFFRACTION100
4.1351-30.36710.15861380.162413298X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.4193 Å / Origin y: -13.2487 Å / Origin z: 17.9092 Å
111213212223313233
T0.1356 Å2-0.0035 Å2-0.0004 Å2-0.1062 Å2-0.0114 Å2--0.137 Å2
L0.4239 °20.0204 °20.0005 °2-0.2751 °2-0.0731 °2--0.3533 °2
S0.005 Å °-0.0109 Å °0.0263 Å °0.0051 Å °-0.0261 Å °-0.0081 Å °-0.0218 Å °0.0068 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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