PDB-5w49: The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w49

タイトル

The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (AHCY) bound to oxadiazole inhibitor

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective AHCY causes HMAHCHD / Sulfur amino acid metabolism / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / Methylation / melanosome / one-carbon metabolic process / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Dougan, D.R. / Lawson, J.D. / Lane, W.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Identification of AHCY inhibitors using novel high-throughput mass spectrometry.
著者: Uchiyama, N. / Dougan, D.R. / Lawson, J.D. / Kimura, H. / Matsumoto, S.I. / Tanaka, Y. / Kawamoto, T.

履歴

登録	2017年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb5w49.ent.gz	287.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5w49_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w49	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5w4bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ky4-d 4yvf-1 1b3r-d 5w4b-2 5w4b-1 6f3m-d 6f3n-d 6f3p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

97.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
196 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.862, 136.102, 186.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-811- HOH

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / AdoHcyase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase 分子量: 47439.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AHCY, SAHH / プラスミド: pSX70 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P23526, adenosylhomocysteinase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-9W1 / (4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)[(3R)-3-{4-[(3-methoxyphenyl)amino]-6-methylpyridin-2-yl}pyrrolidin-1-yl]methanone 分子量: 394.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₆O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.44 % / Mosaicity: 0.935 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8-12% PEG8000, 0.12 M ethylene glycol, 0.1 M Tris(base):Bicine, pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月26日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9765 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 46364 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.173 / Χ²: 1.003 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 302810

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	6.4	0.895	0.826	0.382	0.974	0.963	100
2.44-2.49	6.5	0.917	0.824	0.387	0.996	1.01	100
2.49-2.53	6.5	0.769	0.887	0.324	0.835	0.981	100
2.53-2.59	6.6	0.706	0.893	0.297	0.767	0.985	100
2.59-2.64	6.5	0.688	0.89	0.29	0.748	1.006	100
2.64-2.7	6.6	0.576	0.919	0.242	0.626	1.026	100
2.7-2.77	6.6	0.522	0.927	0.219	0.567	1.027	100
2.77-2.85	6.6	0.465	0.942	0.196	0.506	1.004	100
2.85-2.93	6.6	0.383	0.959	0.161	0.416	1.006	100
2.93-3.02	6.6	0.338	0.974	0.143	0.368	1.021	100
3.02-3.13	6.6	0.276	0.981	0.116	0.3	1.004	100
3.13-3.26	6.6	0.226	0.985	0.095	0.245	1.014	100
3.26-3.41	6.6	0.166	0.992	0.07	0.18	1.001	100
3.41-3.58	6.5	0.13	0.993	0.055	0.141	1.022	100
3.58-3.81	6.6	0.112	0.996	0.047	0.122	1.007	100
3.81-4.1	6.5	0.097	0.995	0.041	0.106	0.983	100
4.1-4.52	6.5	0.084	0.997	0.036	0.091	1.023	100
4.52-5.17	6.5	0.077	0.997	0.033	0.084	1.016	100
5.17-6.51	6.4	0.075	0.997	0.032	0.082	0.972	100
6.51-50	6.5	0.05	0.998	0.021	0.054	0.996	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 14.413 / SU ML: 0.18 / SU R Cruickshank DPI: 0.3279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.225 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2255	2320	5 %	RANDOM
R_work	0.1912	-	-	-
obs	0.1929	43991	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.27 Å² / B_iso mean: 43.593 Å² / B_iso min: 12.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.55 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6644	0	202	441	7287
B_iso mean	-	-	44.23	37.9	-
残基数	-	-	-	-	858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	6979
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6701
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.292	1.99	9439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3	15411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.925	5	858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37	24.69	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.141	15	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.758	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7905
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1507

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	144	-
R_work	0.278	3020	-
all	-	3164	-
obs	-	-	93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3401	0.2139	-0.0221	0.795	-0.1346	0.3994	-0.0715	-0.0613	-0.1653	-0.0031	-0.0006	-0.0727	0.0352	0.0375	0.072	0.1053	0.0258	0.0278	0.1103	0.1238	0.2265	-11.6283	-27.8885	22.5743
2	1.8637	0.3246	0.4524	1.0377	1.0869	2.1359	-0.1296	0.0995	-0.5424	0.2311	0.1332	0.1869	0.2128	0.1653	-0.0036	0.0739	0.0183	0.1012	0.0834	0.0904	0.3812	-18.8041	-36.4014	26.8992
3	0.3241	-0.0266	0.424	0.207	-0.0612	0.8755	-0.0587	-0.1028	-0.1497	0.0361	0.0461	0.0804	-0.1016	-0.0395	0.0125	0.0894	0.0615	0.0615	0.1835	0.1569	0.2404	-24.4576	-19.2078	31.2022
4	0.9007	-0.569	0.1029	1.1918	0.6513	0.6495	-0.0362	-0.0011	-0.0382	-0.0178	0.0005	0.0891	-0.0126	0.0556	0.0356	0.1481	0.0025	0.0284	0.1132	0.0075	0.1791	-35.3096	-9.9951	3.7575
5	0.8264	0.5237	0.0906	1.5	0.5478	0.2726	-0.0752	-0.1064	-0.1285	-0.0017	0.055	0.1292	-0.0423	0.0147	0.0202	0.1054	0.0038	0.0377	0.0776	0.0473	0.2362	-45.1724	-17.1118	8.0563
6	0.1015	-0.1115	0.0412	0.2571	-0.1212	0.0601	-0.0715	-0.0714	-0.1531	0.1587	0.0832	0.0952	-0.0747	-0.0212	-0.0117	0.1262	0.0548	0.0704	0.1707	0.1304	0.2779	-18.0091	-16.9324	25.8483
7	0.3996	0.7116	-0.1721	2.0763	-0.7106	0.8248	-0.0303	-0.2123	-0.0422	0.1308	-0.0814	-0.163	0.0282	0.0962	0.1117	0.1284	0.0783	-0.0577	0.2836	0.0301	0.0587	-11.1386	0.3001	23.3731
8	0.4828	0.1911	0.1572	0.3204	0.0033	0.4465	-0.0414	-0.2405	0.3824	-0.0854	-0.0643	0.1266	0.1247	0.0747	0.1056	0.0611	0.06	-0.0299	0.1927	-0.2031	0.3066	-34.4057	26.9966	25.8218
9	0.6476	0.2843	-0.0424	0.8332	-0.1313	0.0773	-0.0153	-0.0632	0.0944	0.0044	0.0214	-0.0611	0.0551	-0.0015	-0.0061	0.1301	-0.0019	-0.0253	0.0986	-0.0141	0.1967	-10.206	15.3636	6.585
10	0.3012	-0.0949	-0.1987	0.2601	0.2243	0.2464	-0.0481	-0.2354	0.219	0.0489	0.0402	0.1255	0.0609	0.1307	0.0079	0.0523	0.0354	-0.0101	0.2408	-0.2028	0.3288	-34.6815	17.701	25.3521
11	0.6207	0.8218	-0.169	2.0671	0.8293	1.2102	0.0624	-0.2325	0.0687	0.0865	-0.231	0.2615	-0.0025	0.0467	0.1686	0.0715	0.0385	0.0716	0.2861	0.0188	0.0947	-41.5918	0.2016	23.4636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	84 - 123
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	124 - 203
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	204 - 243
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	244 - 343
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	344 - 383
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	384 - 432
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	4 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	204 - 343
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	344 - 383
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	384 - 432

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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