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- PDB-5w2c: Structure of human DNA polymerase kappa in complex with Lucidin-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w2c
タイトルStructure of human DNA polymerase kappa in complex with Lucidin-derived DNA adduct and incoming dAMPNPP
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*(LDG)P*TP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3')
  • DNA polymerase kappa
キーワードREPLICATION / Translesion synthesis / Lucidin-derived DNA adduct / DNA polymerase kappa / mutagenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair, DNA gap filling / error-prone translesion synthesis / Translesion synthesis by POLK / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Termination of translesion DNA synthesis / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV ...nucleotide-excision repair, DNA gap filling / error-prone translesion synthesis / Translesion synthesis by POLK / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Termination of translesion DNA synthesis / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #810 / Rad18-like CCHC zinc finger / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I ...DNA polymerase; domain 1 - #810 / Rad18-like CCHC zinc finger / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DZ4 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase kappa
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jha, V.K. / Ling, H.
引用ジャーナル: Chem. Res. Toxicol. / 年: 2017
タイトル: Mechanism of Error-Free DNA Replication Past Lucidin-Derived DNA Damage by Human DNA Polymerase kappa.
著者: Yockey, O.P. / Jha, V. / Ghodke, P.P. / Xu, T. / Xu, W. / Ling, H. / Pradeepkumar, P.I. / Zhao, L.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase kappa
B: DNA polymerase kappa
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*(LDG)P*TP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*(LDG)P*TP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,14820
ポリマ－140,5016
非ポリマー1,64714
水3,837213
1
A: DNA polymerase kappa
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*(LDG)P*TP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,13611
ポリマ－70,2513
非ポリマー8858
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA polymerase kappa
P: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*(LDG)P*TP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0129
ポリマ－70,2513
非ポリマー7616
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.709, 128.923, 167.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22P
13D
23T

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPPROPRO4AA32 - 51757 - 542
21ASPASPPROPRO4BB32 - 51757 - 542
12DCDCDCDC1CC5 - 131 - 9
22DCDCDCDC1PE5 - 131 - 9
13DCDCDGDG1DD2 - 141 - 13
23DCDCDGDG1TF2 - 141 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.946093, 0.119845, 0.300906), (0.122457, -0.992421, 0.010239), (0.299853, 0.027161, -0.953599)-8.62291, -69.55007, 83.97646

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase kappa / DINB protein / DINP


分子量: 63287.078 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-526 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLK, DINB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBT6, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CPDT

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3')


分子量: 2740.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*(LDG)P*TP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*G)-3')


分子量: 4222.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

-
非ポリマー , 6種, 227分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-DZ4 / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine


分子量: 490.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O11P3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25-30% PEG400, 0.2M ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50.01 Å / Num. obs: 48405 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 7002 / CC1/2: 0.937 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 2.5→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 15.336 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.263 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25325 1195 2.5 %RANDOM
Rwork0.2111 ---
obs0.21217 47145 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 80.783 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.98 Å20 Å20 Å2
2---7.69 Å20 Å2
3----3.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6701 932 100 213 7946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0187960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.8710933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.053316538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.475862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.51723.926298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.134151245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3241552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4788.1283448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4788.1273447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.912.1744304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.89912.1754305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8628.3594512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8628.364511
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.65712.3586628
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.33466.0919228
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.33666.0969197
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A6522medium positional0.340.5
22A285tight thermal2.970.5
33C439tight thermal4.30.5
11D6522medium thermal6.162
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 87 -
Rwork0.4 3455 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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