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- PDB-5w1z: Crystal Structure of inosine-substituted decamer duplex DNA (I4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w1z
タイトルCrystal Structure of inosine-substituted decamer duplex DNA (I4)
要素DNA (5'-D(*CP*CP*AP*IP*IP*CP*CP*(BRU)P*IP*I)-3')
キーワードDNA / Inosine / DNA crystal structure / deoxyinonsine / circular dichroism of modified DNA
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
引用ジャーナル: J. Biomol. Struct. Dyn. / 年: 2018
タイトル: Comparative analysis of inosine-substituted duplex DNA by circular dichroism and X-ray crystallography.
著者: Peters, J.P. / Kowal, E.A. / Pallan, P.S. / Egli, M. / Maher 3rd., L.J.
履歴
登録2017年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*IP*IP*CP*CP*(BRU)P*IP*I)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*IP*IP*CP*CP*(BRU)P*IP*I)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*IP*IP*CP*CP*(BRU)P*IP*I)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*IP*IP*CP*CP*(BRU)P*IP*I)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,36811
ポリマ－12,2034
非ポリマー1657
水2,810156
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*IP*IP*CP*CP*(BRU)P*IP*I)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*IP*IP*CP*CP*(BRU)P*IP*I)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1494
ポリマ－6,1022
非ポリマー472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area3450 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*IP*IP*CP*CP*(BRU)P*IP*I)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*IP*IP*CP*CP*(BRU)P*IP*I)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2197
ポリマ－6,1022
非ポリマー1185
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area3460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.884, 32.798, 34.034
Angle α, β, γ (deg.)90.25, 107.32, 111.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*CP*AP*IP*IP*CP*CP*(BRU)P*IP*I)-3')


分子量: 3050.807 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.87 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Droplets (2 uL) containing oligonucleotide (0.6 mM), sodium cacodylate (20 mM, pH 6.0), magnesium acetate (12.5 mM), and MPD (20% v/v) that were equilibrated against a 1 mL reservoir of ...詳細: Droplets (2 uL) containing oligonucleotide (0.6 mM), sodium cacodylate (20 mM, pH 6.0), magnesium acetate (12.5 mM), and MPD (20% v/v) that were equilibrated against a 1 mL reservoir of sodium cacodylate (50 mM, pH 6.5), magnesium acetate (25 mM), and MPD (40% v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→32.24 Å / Num. obs: 13618 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 640 / Rpim(I) all: 0.434 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 4.815 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.102
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23358 801 5.9 %RANDOM
Rwork0.20696 ---
obs0.20857 12813 94.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.471 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7 Å20.37 Å20.73 Å2
2---0.8 Å2-0.14 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→32.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 792 7 156 955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.012902
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0851.3251382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6831003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0370.02445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7251.956902
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7261.956901
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6672.9611383
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.91919.6271243
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.82518.9181204
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 35 -
Rwork0.316 655 -
obs--63.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2398-0.14790.22130.1301-0.15310.213-0.00060.02760.01790.0293-0.0336-0.0462-0.01280.02860.03430.023-0.0107-0.02470.01690.00950.05518.37316.123812.9851
20.3202-0.1075-0.22290.3837-0.27890.5802-0.00580.0351-0.03130.0105-0.05190.0206-0.0080.01680.05760.0092-0.0027-0.01440.0086-0.00280.054813.492921.9646-4.535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION1B11 - 20
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION2D11 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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