PDB-5w1t: X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and Dk...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w1t

タイトル

X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA complex

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 3
RNA polymerase sigma factor RpoD
RNA polymerase-binding transcription factor DksA
RpoZ

キーワード

TRANSFERASE / RNA polymerase / DksA

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / guanosine tetraphosphate binding / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly ...
類似検索 - 分子機能

RNA polymerase-binding transcription factor DksA / : / DnaK suppressor protein DksA, N-terminal domain / DksA, N-terminal domain superfamily / Zinc finger, DksA/TraR C4-type conserved site / Zinc finger, DksA/TraR C4-type, bacteria / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger. / Zinc finger, DksA/TraR C4-type / Prokaryotic dksA/traR C4-type zinc finger / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger profiles. ...RNA polymerase-binding transcription factor DksA / : / DnaK suppressor protein DksA, N-terminal domain / DksA, N-terminal domain superfamily / Zinc finger, DksA/TraR C4-type conserved site / Zinc finger, DksA/TraR C4-type, bacteria / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger. / Zinc finger, DksA/TraR C4-type / Prokaryotic dksA/traR C4-type zinc finger / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger profiles. / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.5 Å

データ登録者

Murakami, K.S. / Molodtsov, V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Allosteric Effector ppGpp Potentiates the Inhibition of Transcript Initiation by DksA.
著者: Molodtsov, V. / Sineva, E. / Zhang, L. / Huang, X. / Cashel, M. / Ades, S.E. / Murakami, K.S.

履歴

登録	2017年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2018年3月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5w1t.ent.gz	2.5 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5w1t_validation.pdf.gz	615.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w1t_full_validation.pdf.gz	835 KB	表示
XML形式データ	5w1t_validation.xml.gz	263.2 KB	表示
CIF形式データ	5w1t_validation.cif.gz	348.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vswC 5w1sC 4yg2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ylo-1 4ylo-2 4ylp-3 4ylp-1 4kmu-1 4ylp-2 4ylo-3 4zh2-1 4yln-1 5ual-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (13) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (27) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: RpoZ

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: RpoZ

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

M: RNA polymerase-binding transcription factor DksA

N: RNA polymerase-binding transcription factor DksA

ヘテロ分子

955 kDa, 14 ポリマー
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1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: RpoZ

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

M: RNA polymerase-binding transcription factor DksA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
478 kDa, 7 ポリマー
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2

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: RpoZ

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

N: RNA polymerase-binding transcription factor DksA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
478 kDa, 7 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	184.000, 204.894, 314.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 3種, 8分子 ABGHCIDJ

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 3種, 6分子 EKFLMN

#4: タンパク質	RpoZ 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800
#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579
#6: タンパク質	RNA polymerase-binding transcription factor DksA / DnaK suppressor protein 分子量: 17554.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dksA, b0145, JW0141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABS1

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CA-ACETATE, 15% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 70723 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 4.5→4.58 Å / 冗長度: 5.7 % / Num. unique obs: 3518 / CC_1/2: 0.36 / R_pim(I) all: 0.776 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YG2

4yg2

解像度: 4.5→47.081 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2761	3808	2.83 %
R_work	0.2196	-	-
obs	0.2212	134524	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.5→47.081 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	58058	0	8	0	58066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	58932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.147	79494
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.908	36482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	9036
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	10441

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.4993-4.5562	0.4141	118	0.3575	4053	X-RAY DIFFRACTION	83
4.5562-4.6161	0.3265	135	0.3458	4827	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6161-4.6793	0.3501	139	0.3518	4862	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6793-4.7461	0.336	144	0.3301	4888	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7461-4.8169	0.3532	141	0.3242	4776	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8169-4.8921	0.3389	143	0.3123	4785	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8921-4.9722	0.3658	141	0.3015	4853	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9722-5.0578	0.2882	139	0.3053	4780	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0578-5.1497	0.315	145	0.2916	4933	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1497-5.2486	0.31	144	0.2933	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2486-5.3556	0.3145	146	0.2809	4888	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3556-5.4719	0.3409	142	0.2747	4861	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4719-5.599	0.29	147	0.2738	4932	X-RAY DIFFRACTION	100
5.599-5.7387	0.2714	143	0.2706	4879	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7387-5.8936	0.2744	144	0.2691	4902	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8936-6.0667	0.3432	141	0.2578	4931	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0667-6.2621	0.2992	140	0.2504	4882	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2621-6.4854	0.2661	139	0.2501	4861	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4854-6.7443	0.3046	145	0.2376	4928	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7443-7.0503	0.2631	142	0.2293	4893	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0503-7.4206	0.2369	140	0.2188	4888	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4206-7.8836	0.3033	142	0.2077	4932	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8836-8.489	0.26	144	0.1873	4875	X-RAY DIFFRACTION	100
8.489-9.3373	0.2301	144	0.1693	4896	X-RAY DIFFRACTION	100
9.3373-10.6746	0.2675	140	0.1638	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
10.6746-13.3974	0.2014	144	0.1575	4883	X-RAY DIFFRACTION	100
13.3974-47.0831	0.2871	136	0.1867	4798	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1795	4.587	0.2187	7.2126	-1.2995	0.0793	-0.2167	-1.0548	-0.626	0.5484	0.171	-1.1418	-0.0337	-0.2194	-0.0661	3.0794	0.2669	0.0491	3.6277	0.1063	2.0951	94.8485	26.0824	37.9186
2	0.5216	1.7543	-1.5838	3.4756	-2.7533	0.9604	-1.8787	-0.6218	-1.2282	-1.4041	2.8219	-2.9748	-0.5241	0.251	-0.6764	4.6643	-0.3271	-0.1152	5.166	-0.1473	4.1379	64.7242	54.3273	23.7234
3	2.6644	2.8175	1.7115	2.9044	1.5607	2.6982	-0.1994	-1.0925	-0.7603	-0.0493	0.3199	-0.9584	0.654	-0.8001	-0.0697	2.7418	-0.0299	0.4735	3.6082	0.8639	2.3396	70.4658	-10.2704	32.4383
4	3.0633	1.6381	-1.7031	7.9941	-8.2743	8.7247	0.3408	0.113	-0.4711	0.6725	-1.0849	-0.6648	-0.8254	0.8357	0.7085	2.2421	-0.4023	-0.5348	2.3197	0.1229	2.5778	131.4864	43.5583	-8.5904
5	1.4181	-1.1775	-1.108	5.0978	3.2736	4.6331	0.0644	0.2709	-0.0654	-1.0947	-0.048	-1.2619	0.0484	0.5801	-0.0861	2.9035	-0.0018	0.3721	2.8612	0.2698	2.6856	136.163	17.6397	-42.5778
6	1.2076	2.3241	1.0382	4.237	-1.4219	2.0764	-0.0965	-0.1035	-0.3753	-0.6431	0.2848	-0.4969	0.2487	0.0839	-0.1711	1.9921	0.0539	-0.2523	2.6007	0.2355	2.225	126.1072	23.041	-7.9673
7	2.2384	0.3167	0.654	1.1862	0.6651	0.6216	0.1645	-0.686	0.0718	0.425	0.0807	-0.2219	-0.1176	-0.0511	-0.3065	2.072	-0.0749	0.0029	3.0747	0.1808	2.031	110.251	35.8387	16.1189
8	3.0051	1.457	-4.9736	4.7434	0.0603	9.0948	0.054	-0.5247	0.7242	0.0562	0.0279	0.8156	-1.1449	-0.3944	-0.0284	1.6002	0.069	0.1601	2.2446	0.1904	1.7957	75.68	29.3504	-19.1782
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10	2.471	-0.4835	1.9286	0.3908	-0.6021	2.2493	0.2783	-0.131	-1.2019	0.0622	0.1582	-0.406	0.7898	0.3005	-0.2493	2.5098	-0.031	0.1072	2.3268	0.4461	3.1453	96.5427	-7.6462	-8.7915
11	2.1437	-0.507	-1.3881	2.8489	1.783	5.7319	0.2063	1.0628	-1.3035	-0.7351	-0.2217	-0.5719	0.6736	0.1505	-0.0551	2.1384	-0.0059	0.3756	2.0051	-0.2136	2.7796	86.1307	-1.0172	-38.9117
12	3.2373	1.3009	1.1144	3.0919	-2.3114	8.448	0.6716	-1.2635	-1.2599	0.5484	1.6833	2.5166	0.7846	-2.5714	-1.9338	2.5228	-0.3616	-0.0769	3.7641	0.5441	3.4885	58.3703	12.3122	-4.4587
13	6.4148	-2.2184	2.4253	8.166	-6.2548	5.6109	-0.1315	-0.4739	-0.5801	-0.6668	-0.5607	-2.1153	-3.2329	-1.0171	0.5848	3.9486	0.2806	0.1589	3.0586	0.1524	3.0608	39.6882	24.353	-17.9268
14	1.6222	-3.4024	2.5307	6.3649	-3.2326	3.0079	0.1461	-0.0625	0.4356	0.0543	0.1854	-0.6324	-0.7092	0.2747	-0.3208	3.5351	-0.079	0.5188	2.9773	0.3464	3.3534	94.709	77.0691	-67.2646
15	3.9762	2.2324	2.1111	5.7968	5.2241	8.8388	-1.0821	0.3561	-0.1491	-1.4724	0.0973	3.9153	-4.193	-2.1592	-0.1605	4.0878	0.0247	-0.6695	3.5182	0.6388	4.4728	73.8321	60.4364	-84.0288
16	2.686	0.1584	-1.2636	1.9939	0.9792	1.5848	0.19	-0.6821	0.0786	-0.6124	0.0005	-0.3431	-0.9212	0.2843	-0.1963	2.7303	0.0303	0.1614	2.2302	-0.0288	2.5792	94.0885	60.2937	-38.6824
17	7.5549	-5.5784	8.2753	7.9112	-3.9734	9.4073	-0.8894	1.6906	2.5935	-0.6667	-0.7371	-0.5021	-2.07	-1.0486	1.4957	3.0585	0.0021	0.2527	2.8081	-0.1776	3.4142	55.2103	63.4	-1.402
18	-0.527	2.9436	2.2942	5.1191	6.5389	3.6679	-0.0857	-0.5879	-0.3418	-1.1808	0.017	2.5758	-0.533	-0.3129	0.0907	2.6953	-0.0523	0.7177	3.0158	0.5077	4.2851	-17.5613	-39.5467	-35.5044
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24	2.5093	0.9513	-0.2592	1.252	0.6089	1.6701	0.6447	0.3671	-0.8105	-0.9246	-0.5019	1.6176	0.5379	-1.4249	-0.0652	2.7602	0.223	-0.1641	3.2425	-0.2615	4.4852	-4.4276	-37.6557	-72.3567
25	0.8889	-1.791	1.9565	2.4795	-2.8102	1.5854	0.6332	-0.0238	-1.1545	0.3111	-0.066	2.0194	0.1908	0.0127	-0.5528	2.4448	-0.091	0.2839	2.6937	0.1844	4.1711	14.1674	-57.0507	-41.1432
26	6.2619	2.8969	0.4009	1.248	0.4517	0.8614	0.2272	-0.1303	-0.2208	-0.0678	0.0276	0.5702	1.148	-0.496	0.0439	3.6257	-0.2224	-0.3767	2.895	0.5108	4.5674	1.7863	-69.4503	-57.4456
27	1.7767	0.8546	1.3631	-0.16	-0.1525	1.8792	0.4765	0.408	0.1475	-0.4766	0.222	1.1753	0.3054	-0.6511	-0.5746	2.5531	-0.0209	0.0862	2.9894	0.164	4.0708	-7.6377	-40.1361	-60.8068
28	8.2513	-0.5797	-6.994	5.7761	2.0489	6.0175	-0.8616	-1.1544	-1.2245	1.0253	0.4636	-0.0952	0.8898	0.2838	0.3732	2.6471	-0.1164	0.4683	2.3314	0.1456	2.366	43.4641	-41.5772	-38.9344
29	4.0638	-1.1115	-1.2812	4.6373	0.9731	4.9865	0.0896	-0.6893	-0.5034	0.0565	0.0483	-0.4079	-0.2641	0.6344	-0.0346	2.2105	0.1258	0.107	1.8993	-0.0504	2.0155	65.3664	-53.2503	-60.4474
30	2.6991	-1.2991	0.0566	2.0509	0.3671	0.2712	-0.0329	-0.0994	0.5788	0.4858	0.1306	0.8795	-0.5522	-0.1656	-0.0322	2.8628	-0.0451	0.7867	2.4415	-0.0752	3.0241	22.3434	-13.9519	-45.4924
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32	6.2126	2.5028	-3.3091	7.6732	-3.4113	7.3447	-0.5194	0.2347	0.7316	-0.8095	0.0145	-0.7319	-0.0486	0.4932	0.437	2.115	-0.1424	0.4235	1.531	-0.2017	2.3124	56.9142	-12.308	-57.0931
33	9.0204	-6.1576	0.0745	4.2462	1.0834	9.7429	-0.5685	-5.1815	2.2042	0.9208	-0.7721	-3.6329	3.2226	1.5579	-0.3696	4.5446	-0.4246	0.6872	4.8704	-0.5376	5.6285	35.4357	-25.8312	-17.5902
34	2.0081	3.2982	-0.7422	5.2554	-0.6308	4.9387	0.6573	1.7453	0.9161	0.9246	0.9306	-0.2026	-0.3672	-2.9175	-2.1328	7.2259	1.3358	0.0137	4.9634	0.2233	5.735	52.5488	-30.7269	-6.6289
35	5.2906	-4.5333	2.1899	8.5902	-2.6331	0.3834	-0.1714	-0.0693	-0.0656	0.6835	0.02	0.0205	-0.5459	0.2173	0.1219	3.3955	0.1131	0.7612	2.6554	0.0092	2.7548	82.8988	-87.5101	-73.2153
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37	6.7484	2.4687	-1.4285	3.5323	-0.3199	4.3188	-0.6046	0.3471	-2.1152	-0.6184	-0.0444	0.3164	0.3618	-0.7629	0.6012	2.7736	-0.0824	0.1139	2.1523	-0.0379	2.6582	53.0098	-76.0236	-75.4023
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39	5.0744	-7.628	-0.5016	8.2708	-0.0533	0.8999	0.6731	2.321	-2.0895	-2.2861	-1.3207	1.7704	-0.4597	-0.2768	0.4623	5.0622	0.8156	-0.0991	5.231	-0.641	5.2838	123.9265	-20.5428	-19.4806
40	1.4133	-2.5764	2.6847	3.1345	-4.1443	2.8589	-0.6639	0.9093	-1.0542	1.842	-0.7029	1.0059	-1.8572	0.8975	1.1317	5.9884	-0.4418	0.0943	4.9308	0.5636	5.4437	23.0456	7.7877	-82.4048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 7:232 )	A	7 - 232
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 233:325 )	A	233 - 325
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 6:233 )	B	6 - 233
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN C AND RESID 3:114 )	C	3 - 114
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 115:437 )	C	115 - 437
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 438:703 )	C	438 - 703
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 704:1252 )	C	704 - 1252
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 1253:1342 )	C	1253 - 1342
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN D AND RESID 8:613 )	D	8 - 613
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND RESID 614:935 )	D	614 - 935
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 1137:1376 )	D	1137 - 1376
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN E AND RESID 2:60 )	E	2 - 60
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN E AND RESID 61:90 )	E	61 - 90
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN F AND RESID 94:262 )	F	94 - 262
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN F AND RESID 263:333 )	F	263 - 333
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN F AND RESID 334:562 )	F	334 - 562
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN F AND RESID 563:612 )	F	563 - 612
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN G AND RESID 7:233 )	G	7 - 233
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN H AND RESID 6:233 )	H	6 - 233
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN I AND RESID 3:114 )	I	3 - 114
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN I AND RESID 115:370 )	I	115 - 370
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN I AND RESID 371:519 )	I	371 - 519
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN I AND RESID 520:623 )	I	520 - 623
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN I AND RESID 624:804 )	I	624 - 804
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN I AND RESID 805:906 )	I	805 - 906
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN I AND RESID 907:979 )	I	907 - 979
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN I AND RESID 980:1262 )	I	980 - 1262
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN I AND RESID 1263:1342 )	I	1263 - 1342
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN J AND RESID 16:307 )	J	16 - 307
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN J AND RESID 308:899 )	J	308 - 899
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN J AND RESID 900:935 )	J	900 - 935
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN J AND RESID 1137:1375 )	J	1137 - 1375
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN K AND RESID 2:60 )	K	2 - 60
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN K AND RESID 61:80 )	K	61 - 80
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN L AND RESID 94:292 )	L	94 - 292
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN L AND RESID 293:354 )	L	293 - 354
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN L AND RESID 355:511 )	L	355 - 511
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN L AND RESID 512:613 )	L	512 - 613
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN M AND ( RESID 12:151 OR RESID 200:200 ) )	M	12 - 151
40	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN M AND ( RESID 12:151 OR RESID 200:200 ) )	M	200
41	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN N AND ( RESID 12:151 OR RESID 200:200 ) )	N	12 - 151
42	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN N AND ( RESID 12:151 OR RESID 200:200 ) )	N	200

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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