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万見
- PDB-5w1e: PobR in complex with PHB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w1e
タイトルPobR in complex with PHB
要素Putative transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / IclR / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / Bacterial transcriptional regulator / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / IclR helix-turn-helix domain / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
P-HYDROXYBENZOIC ACID / Putative transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Page, R. / Peti, W. / Lord, D.M. / Bajaj, R. / Zhang, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: A peculiar IclR family transcription factor regulates para-hydroxybenzoate catabolism in Streptomyces coelicolor.
著者: Zhang, R. / Lord, D.M. / Bajaj, R. / Peti, W. / Page, R. / Sello, J.K.
履歴
登録2017年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0435
ポリマ－55,6241
非ポリマー4184
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, PHB-bound is monomeric
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.134, 87.924, 69.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative transcriptional regulator


分子量: 55624.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO3209 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z4X2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% PEG MME 2000, 0.1 M MES, pH 5.8, 17.5 mM ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 32727 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Num. unique obs: 1568 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX(1.11.1_2575)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IA2

2ia2


解像度: 2.06→32.319 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2062 1661 5.08 %
Rwork0.1642 --
obs0.1664 32696 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→32.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3674 0 27 383 4084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5485232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6492341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004694
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0595-2.12010.2421360.18872426X-RAY DIFFRACTION93
2.1201-2.18860.22721320.18092597X-RAY DIFFRACTION100
2.1886-2.26680.26591220.17992585X-RAY DIFFRACTION100
2.2668-2.35750.22141570.18242573X-RAY DIFFRACTION100
2.3575-2.46470.20631500.16842597X-RAY DIFFRACTION100
2.4647-2.59460.22621420.18482588X-RAY DIFFRACTION100
2.5946-2.75710.22191310.18492586X-RAY DIFFRACTION100
2.7571-2.96990.22481310.18152599X-RAY DIFFRACTION100
2.9699-3.26850.26491310.18152616X-RAY DIFFRACTION100
3.2685-3.74080.18021540.15612591X-RAY DIFFRACTION100
3.7408-4.71070.17311350.13372619X-RAY DIFFRACTION100
4.7107-32.32260.17371400.14652658X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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