+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w19 | ||||||
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Title | Tryptophan indole-lyase complex with oxindolyl-L-alanine | ||||||
Components | Tryptophanase | ||||||
Keywords | LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / aminotransferase fold / tryptophan metabolism / inhibition | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Proteus vulgaris (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Phillips, R.S. / Wood, Z.A. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2018 Title: The crystal structure of Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with oxindolyl-L-alanine: implications for the reaction mechanism. Authors: Phillips, R.S. / Buisman, A.A. / Choi, S. / Hussaini, A. / Wood, Z.A. #1: Journal: J. Mol. Biol. / Year: 1998 Title: Crystal structure of tryptophanase. Authors: Isupov, M.N. / Antson, A.A. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Dementieva, I.S. / Zakomirdina, L.N. / Wilson, K.S. / Dauter, Z. / Lebedev, A.A. / Harutyunyan, E.H. #2: Journal: Biochemistry / Year: 1984 Title: Interactions of tryptophan synthase, tryptophanase, and pyridoxal phosphate with oxindolyl-L-alanine and 2,3-dihydro-L-tryptophan: support for an indolenine intermediate in tryptophan metabolism. Authors: Phillips, R.S. / Miles, E.W. / Cohen, L.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w19.cif.gz | 905.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w19.ent.gz | 644.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w19.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5w19_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5w19_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 5w19_validation.xml.gz | 71.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5w19_validation.cif.gz | 96.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w19 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5w1bC 1ax4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52558.984 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Proteus vulgaris (bacteria) / Gene: tnaA / Plasmid: pET100b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P28796, tryptophanase #2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | ChemComp-9TD / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 35 mM potassium phosphate, 0.05 M HEPES, 0.3 M KCl, 11% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.099→48.092 Å / Num. obs: 117489 / % possible obs: 98.75 % / Redundancy: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 48.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2139 / Rpim(I) all: 0.05764 / Rrim(I) all: 0.2216 / Net I/σ(I): 9.84 |
Reflection shell | Resolution: 2.099→2.174 Å / Redundancy: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 6.921 / Mean I/σ(I) obs: 0.43 / Num. unique obs: 11609 / CC1/2: 0.272 / Rpim(I) all: 1.851 / % possible all: 88.98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1AX4 Resolution: 2.1→48.106 Å / SU ML: 0.432 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / Phase error: 35.21 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 74.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→48.106 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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