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- PDB-5w0n: Structure of human TUT7 catalytic module (CM) in complex with UMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0n
タイトルStructure of human TUT7 catalytic module (CM) in complex with UMPNPP and U2 RNA
要素Terminal uridylyltransferase 7
キーワードTRANSFERASE / terminal uridyltransferase / TUTase
機能・相同性
機能・相同性情報


uridylyltransferase activity / polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / transposable element silencing by mRNA destabilization / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / RNA 3'-end processing / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA metabolic process / Deadenylation of mRNA / pre-miRNA processing ...uridylyltransferase activity / polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / transposable element silencing by mRNA destabilization / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / RNA 3'-end processing / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA metabolic process / Deadenylation of mRNA / pre-miRNA processing / oocyte maturation / miRNA binding / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Unstructured region 4 on terminal uridylyltransferase 7 / TUTase nucleotidyltransferase domain / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Nucleotidyltransferase superfamily ...Unstructured region 4 on terminal uridylyltransferase 7 / TUTase nucleotidyltransferase domain / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Nucleotidyltransferase superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2KH / IODIDE ION / Chem-UPU / Terminal uridylyltransferase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Faehnle, C.R. / Walleshauser, J. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Multi-domain utilization by TUT4 and TUT7 in control of let-7 biogenesis.
著者: Faehnle, C.R. / Walleshauser, J. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminal uridylyltransferase 7
B: Terminal uridylyltransferase 7
C: Terminal uridylyltransferase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,75818
ポリマ－139,9773
非ポリマー3,78115
水3,927218
1
A: Terminal uridylyltransferase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0057
ポリマ－46,6591
非ポリマー1,3466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Terminal uridylyltransferase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9096
ポリマ－46,6591
非ポリマー1,2505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Terminal uridylyltransferase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8445
ポリマ－46,6591
非ポリマー1,1854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.972, 135.972, 181.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 987 and (name N or name...
21(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...
31(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA98725
12ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
13ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
14ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
15ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
16ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
17ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
18ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
19ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
110ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
111ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
112ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
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116ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
117ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
118ILEILEARGARG(chain A and ((resid 987 and (name N or name...AA985 - 136323 - 401
21LEULEUPROPRO(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB987 - 99525 - 33
22PHEPHEPHEPHE(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB99735
23ASNASNILEILE(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB999 - 100637 - 44
24CYSCYSGLUGLU(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB1008 - 102346 - 61
25ILEILEGLNGLN(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB1025 - 102763 - 65
26LEULEUTHRTHR(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB1029 - 104067 - 78
27LEULEUASNASN(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB1042 - 106680 - 104
28GLYGLYGLYGLY(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB1067105
29LEULEUMETMET(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB987 - 136225 - 400
210LEULEUMETMET(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB987 - 136225 - 400
211LEULEUMETMET(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB987 - 136225 - 400
212LEULEUMETMET(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB987 - 136225 - 400
213LEULEUMETMET(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...BB987 - 136225 - 400
31LEULEUPROPRO(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC987 - 99525 - 33
32PHEPHEPHEPHE(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC99735
33ASNASNILEILE(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC999 - 100637 - 44
34CYSCYSGLUGLU(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC1008 - 102346 - 61
35ILEILEGLNGLN(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC1025 - 102763 - 65
36LEULEUTHRTHR(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC1029 - 104067 - 78
37LEULEUASNASN(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC1042 - 106680 - 104
38GLYGLYGLYGLY(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC1067105
39LEULEUASPASP(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC987 - 134425 - 382
310LEULEUASPASP(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC987 - 134425 - 382
311LEULEUASPASP(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC987 - 134425 - 382
312LEULEUASPASP(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC987 - 134425 - 382
313LEULEUASPASP(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...CC987 - 134425 - 382

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Terminal uridylyltransferase 7 / TUT7 / TUTase 7 / Zinc finger CCHC domain-containing protein 6


分子量: 46659.129 Da / 分子数: 3
断片: nucleotidyltransferase domain (UNP residues 963-1365)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZCCHC6, HS2, KIAA1711, TUT7 / プラスミド: Multi-Bac, pFL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q5VYS8, RNA uridylyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 233分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-2KH / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine


分子量: 483.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#4: 化合物 ChemComp-UPU / [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-DIOXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-DIOXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-4-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3-YL HYDROGEN (S)-PHOSPHATE


分子量: 550.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N4O14P
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8-1.0 M lithium sulfate, 0.075-0.2 M potassium iodide, 0.05-0.2 M trisodium citrate, pH 5-6
PH範囲: 5.0-6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→98.798 Å / Num. obs: 65579 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 48.74 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.497→2.51 Å / CC1/2: 0.872

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5W0B

5w0b


解像度: 2.497→58.878 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 3249 4.96 %
Rwork0.1867 --
obs0.1881 65534 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 172.46 Å2 / Biso mean: 69.0815 Å2 / Biso min: 27.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.497→58.878 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8936 0 313 218 9467
Biso mean--56.72 51.01 -
残基数----1101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58512699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3235524
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6319X-RAY DIFFRACTION5.759TORSIONAL
12B6319X-RAY DIFFRACTION5.759TORSIONAL
13C6319X-RAY DIFFRACTION5.759TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4972-2.53450.31380.260527502888100
2.5345-2.57410.3141500.257726992849100
2.5741-2.61630.27261660.25226942860100
2.6163-2.66140.28561660.248226782844100
2.6614-2.70980.23691360.23527092845100
2.7098-2.76190.26861290.225127112840100
2.7619-2.81830.25291470.224727022849100
2.8183-2.87960.24351220.2327222844100
2.8796-2.94660.26931410.230827282869100
2.9466-3.02020.26931230.243127412864100
3.0202-3.10190.27281540.232426932847100
3.1019-3.19320.24651500.225226742824100
3.1932-3.29620.26421390.213927342873100
3.2962-3.4140.24951330.217827032836100
3.414-3.55070.24861270.206827152842100
3.5507-3.71230.24341580.19612693285199
3.7123-3.9080.21551310.175827212852100
3.908-4.15270.16381150.1512712282799
4.1527-4.47330.1611530.14882687284099
4.4733-4.92320.16531380.14042709284799
4.9232-5.63510.18221130.15322745285899
5.6351-7.09780.19391820.17892663284599
7.0978-58.89390.17771380.15432702284098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.52951.49735.60312.18670.62978.27690.0367-0.46440.031-0.2409-0.20.34560.1807-1.30460.24560.32170.0434-0.04590.3969-0.06020.4475-72.704564.1601-17.9972
26.9724-0.5033.21682.2262-0.67733.90970.0661-1.05030.84570.0708-0.0508-0.1609-0.5127-0.2076-0.01380.4613-0.03870.01680.5652-0.10330.4388-51.936674.26769.9546
36.31951.78673.1353.36612.45893.8-0.1142-0.15460.48980.07550.0371-0.2231-0.49440.17210.08460.4493-0.0795-0.00760.4454-0.06080.4212-45.759376.99710.8254
43.75391.5631-1.45844.8207-2.45345.16920.0263-0.1637-0.24380.0765-0.0552-0.4820.08740.67660.04370.353-0.0087-0.04920.5466-0.11450.4448-40.763867.3553.7257
53.05940.12950.36832.49650.01132.7407-0.06850.34910.5158-0.2912-0.0162-0.1033-0.58370.18460.07510.4618-0.0475-0.0230.43270.03650.3862-56.274377.6061-19.5935
60.4751-1.0311.35324.0772-0.36897.16260.10630.1086-0.0326-0.22210.09740.26980.688-0.5387-0.13820.4684-0.0238-0.08390.4147-0.06870.3801-65.731856.1919-22.63
78.1167-1.66690.28683.01641.50152.9921-0.5043-0.2121-0.17080.13590.5711-0.38570.17410.5527-0.13060.43960.0378-0.0060.4173-0.01530.3331-49.686553.2937-12.9041
82.2697-1.17281.14232.9424-1.83753.3608-0.034-0.1532-0.1523-0.0124-0.04420.00770.1108-0.04520.0960.2804-0.02240.03680.4205-0.01660.3742-65.184260.28723.3129
92.2868-0.1198-0.19652.1753-1.09974.974-0.0643-0.20980.02870.33160.06860.2413-0.3742-0.643-0.01730.35490.1010.0060.4761-0.04190.4074-80.222474.494828.0521
107.0559-1.09991.12187.39920.48027.04990.19590.76630.223-0.6789-0.24620.0023-1.035-0.02720.08330.47820.04880.01480.44350.09560.4441-70.749585.046110.079
113.8915-3.04514.94886.5572-2.57766.75020.24770.56080.20360.0113-0.1159-0.6561-0.05840.55560.09020.5437-0.1217-0.05550.713-0.0010.6399-51.605178.428325.4607
125.8075-0.7305-0.97862.08520.28711.52050.13370.25050.70610.0098-0.07080.242-0.0472-0.4147-0.04490.3145-0.0127-0.01420.4217-0.07770.2898-72.169149.4018-0.3285
139.132-2.8117-1.07782.3716-0.53332.9550.14060.2972-0.126-0.1201-0.0832-0.15830.46290.1121-0.04870.442-0.03460.02160.4325-0.05250.3615-54.298638.1118-4.5825
145.01760.121.60397.66792.18155.9017-0.0696-0.3074-0.39520.34630.1848-0.45020.78350.5789-0.1250.47850.07960.00580.50220.04730.3708-49.698639.86795.1851
152.9355-0.7585-0.8981.98660.79682.707-0.2544-0.1058-0.38240.2289-0.16220.37270.6605-0.51170.37290.5112-0.21180.14350.5588-0.05860.5271-78.05333.75170.2975
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 985 through 1015 )A985 - 1015
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1016 through 1035 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1036 through 1075 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1076 through 1124 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1125 through 1293 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1294 through 1324 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1325 through 1363 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 987 through 1124 )B987 - 1124
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1125 through 1293 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1294 through 1335 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1336 through 1362 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 987 through 1035 )C987 - 1035
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1036 through 1075 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1076 through 1124 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1125 through 1344 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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