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- PDB-5w0b: Structure of human TUT7 catalytic module (CM) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0b
タイトルStructure of human TUT7 catalytic module (CM)
要素Terminal uridylyltransferase 7
キーワードTRANSFERASE / terminal uridyltransferase / TUTase
機能・相同性
機能・相同性情報


polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / uridylyltransferase activity / transposable element silencing by mRNA destabilization / : / RNA uridylyltransferase / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA metabolic process / Deadenylation of mRNA ...polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / uridylyltransferase activity / transposable element silencing by mRNA destabilization / : / RNA uridylyltransferase / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA metabolic process / Deadenylation of mRNA / pre-miRNA processing / oocyte maturation / miRNA binding / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Unstructured region 4 on terminal uridylyltransferase 7 / TUTase nucleotidyltransferase domain / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Nucleotidyltransferase superfamily ...Unstructured region 4 on terminal uridylyltransferase 7 / TUTase nucleotidyltransferase domain / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Nucleotidyltransferase superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Terminal uridylyltransferase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.614 Å
データ登録者Faehnle, C.R. / Walleshauser, J. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM114147 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Multi-domain utilization by TUT4 and TUT7 in control of let-7 biogenesis.
著者: Faehnle, C.R. / Walleshauser, J. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2017年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminal uridylyltransferase 7
B: Terminal uridylyltransferase 7
C: Terminal uridylyltransferase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,28414
ポリマ－134,1653
非ポリマー1,11911
水39622
1
A: Terminal uridylyltransferase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9794
ポリマ－44,7221
非ポリマー2583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Terminal uridylyltransferase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1375
ポリマ－44,7221
非ポリマー4154
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Terminal uridylyltransferase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1685
ポリマ－44,7221
非ポリマー4464
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area47330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.232, 141.232, 174.475
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...
21(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain B and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...B0
211(chain C and (resseq 987:995 or resseq 997 or resseq...C0

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要素

#1: タンパク質 Terminal uridylyltransferase 7 / TUT7 / TUTase 7 / Zinc finger CCHC domain-containing protein 6


分子量: 44721.812 Da / 分子数: 3
断片: nucleotidyltransferase domain (UNP residues 983-1365)
変異: D1160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZCCHC6, HS2, KIAA1711, TUT7 / プラスミド: Multi-Bac, pFL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q5VYS8, RNA uridylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8-1.0 M lithium sulfate, 0.075-0.2 M potassium iodide, 0.05-0.2 M trisodium citrate, pH 5-6
PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.28 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 59600 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 66.39 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.597 / CC1/2: 0.828

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.614→61.155 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 28.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 3006 5.05 %
Rwork0.2305 --
obs0.2317 59520 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 378.23 Å2 / Biso mean: 95.1683 Å2 / Biso min: 37.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.614→61.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8361 0 39 22 8422
Biso mean--103.65 59.89 -
残基数----1036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60311610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6065155
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B3486X-RAY DIFFRACTION5.793TORSIONAL
12C3486X-RAY DIFFRACTION5.793TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6135-2.65640.33181380.30642649278799
2.6564-2.70220.28871330.293527022835100
2.7022-2.75130.3031460.28726452791100
2.7513-2.80420.31911440.280426992843100
2.8042-2.86150.31611400.28926802820100
2.8615-2.92370.29761400.314426982838100
2.9237-2.99170.38431380.305127082846100
2.9917-3.06650.31061490.304926772826100
3.0665-3.14940.36471280.284726782806100
3.1494-3.24210.28671680.277626592827100
3.2421-3.34670.28161470.265827032850100
3.3467-3.46630.27141420.258726672809100
3.4663-3.60510.25191500.253727062856100
3.6051-3.76920.25411490.237926792828100
3.7692-3.96780.23771390.210726952834100
3.9678-4.21640.22331410.202327032844100
4.2164-4.54180.22231490.189527002849100
4.5418-4.99870.22571390.183327112850100
4.9987-5.72160.22581320.206227072839100
5.7216-7.20680.24421460.240127132859100
7.2068-61.1720.24141480.203627352883100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.49980.71963.4730.57710.69885.57960.0213-0.80750.55830.0514-0.31210.1221-0.2539-0.79520.22580.54010.07030.05980.3261-0.04940.52771.3808-50.877619.3572
23.49590.83284.71765.84244.10238.0601-0.0867-0.5721.33750.3022-0.41240.1893-0.398-0.19140.53640.6228-0.0685-0.03770.487-0.00580.636920.4008-43.314726.8117
39.75424.022-2.56644.3815-2.19639.0203-0.1947-0.39190.0071-0.17430.1526-0.38670.55980.52170.0150.5429-0.0059-0.06140.5815-0.07730.458725.1805-52.62729.2298
45.59010.61230.38375.8290.92053.9516-0.12580.11.01390.0069-0.0535-0.4906-0.77060.46170.1980.4893-0.0561-0.07980.44060.0670.49846.8752-41.15846.9116
53.99781.82344.19522.33965.48727.52930.3060.622-0.1609-0.74550.1759-1.4785-0.46031.1636-0.40080.5454-0.07340.09490.92120.13720.836819.7176-46.46452.4253
67.41370.937-1.01825.82-1.6724.7320.28030.3273-1.1309-0.3902-0.2234-0.09430.53340.1098-0.07760.51060.0918-0.05790.4962-0.0240.4625-0.2525-63.31974.2895
73.1613-3.19251.23926.9196-1.47812.99630.3037-0.22790.1776-0.98220.08580.44220.2886-0.4256-0.40450.4156-0.02350.06790.71910.05340.5229-7.2086-54.06639.1599
82.5679-0.51360.93874.33-3.38447.46520.03990.02960.11980.0353-0.3619-0.1876-0.25420.63930.35010.6007-0.04330.00650.68870.00450.42828.0243-65.6253.394
93.41211.2105-0.13783.1869-1.1194.87270.1388-0.5150.48570.5636-0.04010.2594-0.8677-0.1566-0.1090.7310.09430.04650.5214-0.11460.5727-5.1685-42.063748.0151
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118.6323-4.340.45673.3531-0.01560.62550.00660.31620.00160.05660.0036-0.1290.25410.0244-0.02510.57-0.0205-0.00580.54030.07120.338312.0613-77.294718.6101
125.5357-1.47161.50712.08962.19954.83140.1211-0.4643-0.39970.08220.3827-0.26111.1610.0585-0.49980.86390.068-0.05360.85440.07890.62620.1715-81.811829.2078
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143.6214-1.6675-2.61015.40041.50111.76190.022-0.14440.06410.35110.0599-0.04260.22290.0883-0.09460.4942-0.09810.03660.48860.05210.3247-9.2835-80.33724.8988
153.9751-5.4572-1.68997.33732.52753.42150.04320.3518-0.2598-0.5262-0.2109-0.00490.4182-0.65560.1660.5966-0.17540.0610.5442-0.02860.4172-10.3632-88.56828.5594
164.307-1.7926-3.00944.49430.64796.5375-0.19270.97690.1271-0.3324-0.08980.82630.481-1.39090.25420.4102-0.1158-0.02210.77530.03090.5693-23.3453-78.954421.6318
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184.6063-3.8525-3.17886.88647.32268.319-0.0303-0.4392-0.48410.6510.66680.62051.0501-0.8587-0.7380.8172-0.01010.15740.58410.2070.5312-7.851-94.347327.9895
196.5898-3.56416.94783.678-2.53667.35680.4968-0.9301-0.0028-0.3925-0.35680.05160.66610.085-0.14960.9157-0.13730.25210.75950.16210.5342-18.279-81.923439.8799
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1106 through 1125 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1126 through 1183 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1184 through 1223 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1224 through 1247 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1248 through 1269 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1270 through 1293 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1294 through 1312 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1313 through 1343 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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