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- PDB-5w0a: Crystal structure of Trichoderma harzianum endoglucanase I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0a
タイトルCrystal structure of Trichoderma harzianum endoglucanase I
要素Glucanase
キーワードHYDROLASE / Trichoderma harzianum / endoglucanase / eg / gh7 / family 7 / fungal
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. ...1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucanase / Glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoderma harzianum (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.898 Å
データ登録者Godoy, A.S. / Pellegrini, V.O.A. / Sonoda, M.T. / Kadowaki, M.A. / Nascimento, A.S. / Polikarpov, I.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)#2008/56255-9, #2009/52840-7, #2009/05328-9, #2010/18773-8, #2011/05712-3 and #2011/20505-4 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)#490022/2009-0, 301981/2011-6 and 400045/2012-5 ブラジル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Structure and dynamics of Trichoderma harzianum Cel7B suggest molecular architecture adaptations required for a wide spectrum of activities on plant cell wall polysaccharides.
著者: Sonoda, M.T. / Godoy, A.S. / Pellegrini, V.O.A. / Kadowaki, M.A.S. / Nascimento, A.S. / Polikarpov, I.
履歴
登録2017年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年6月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucanase
B: Glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9556
ポリマ－78,3392
非ポリマー1,6164
水23413
1
A: Glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9773
ポリマ－39,1701
非ポリマー8082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9773
ポリマ－39,1701
非ポリマー8082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.585, 99.325, 114.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glucanase


分子量: 39169.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma harzianum (菌類) / 遺伝子: THAR02_03357 / 発現宿主: Aspergillus niger (黒麹菌)
参照: UniProt: A0A0F9XHQ5, UniProt: A0A2N1LTK3*PLUS, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M ammonium sulfate and 0.05 M Tris-HCl pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.898→29.821 Å / Num. obs: 19374 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.898→3.1 Å / 冗長度: 13.5 % / Num. unique obs: 3061 / CC1/2: 0.511 / Rpim(I) all: 0.726 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11rc2_2531: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1eg1

1eg1


解像度: 2.898→29.821 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2744 1934 10 %
Rwork0.2342 --
obs0.2382 19349 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.898→29.821 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5464 0 106 13 5583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.025718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4097825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3722021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098870
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011033
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8984-2.97080.36951320.34721189X-RAY DIFFRACTION98
2.9708-3.05110.36921340.31091210X-RAY DIFFRACTION100
3.0511-3.14080.33651370.29211241X-RAY DIFFRACTION100
3.1408-3.2420.34781380.29741239X-RAY DIFFRACTION100
3.242-3.35770.30691360.27991222X-RAY DIFFRACTION100
3.3577-3.4920.30281360.24441224X-RAY DIFFRACTION100
3.492-3.65060.26851370.23221227X-RAY DIFFRACTION100
3.6506-3.84270.29061360.22311232X-RAY DIFFRACTION100
3.8427-4.08290.2741400.20541255X-RAY DIFFRACTION100
4.0829-4.39730.20171380.18591244X-RAY DIFFRACTION100
4.3973-4.83810.2071380.17891245X-RAY DIFFRACTION100
4.8381-5.53430.19681400.19671259X-RAY DIFFRACTION100
5.5343-6.9580.25411430.22231284X-RAY DIFFRACTION100
6.958-29.82220.26411490.20641344X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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