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- PDB-5w07: CRYSTAL STRUCTURE OF THE INHA FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w07
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE INHA FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN COMPLEX WITH AN12855, EBSI 4333.
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / INHA / ENOYL-ACYL REDUCTASE / TUBERCULOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9JA / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of a cofactor-independent inhibitor of Mycobacterium tuberculosis InhA
著者: Alley, M.R.K. / Zhou, Y.
履歴
登録2017年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2972
ポリマ－28,8371
非ポリマー4601
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12030 Å2
2
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,1898
ポリマ－115,3484
非ポリマー1,8414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area12270 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area35860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.080, 94.080, 184.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-422-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase


分子量: 28837.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: inhA, MT1531 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WGR0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-9JA / (~{N}~{E})-~{N}-[[2-[[2-ethylsulfonyl-1,1-bis(oxidanyl)-3,4-dihydro-2,3,1$l^{4}-benzodiazaborinin-7-yl]oxy]-5-(trifluoromethyl)phenyl]methylidene]hydroxylamine


分子量: 460.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18BF3N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: INHA, ENOYL-ACP REDUCTASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, R5645 AT 10.0 MG/ML (350UM), BATCH NUMBER 1605003A, IN 20MM PIPES PH 7.3, 50 MM NACL, WITH 0.88MM AN12855 (EBSI4333) AGAINST ...詳細: INHA, ENOYL-ACP REDUCTASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, R5645 AT 10.0 MG/ML (350UM), BATCH NUMBER 1605003A, IN 20MM PIPES PH 7.3, 50 MM NACL, WITH 0.88MM AN12855 (EBSI4333) AGAINST RIGAKUREAGENTS MORPHEUS SCREEN D6: 10% PEG 8000, 20% ETHYLENE GLYCOL, 100MM MOPS/HEPES-NA PH 7.5, 20MM EACH 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, (RS)-1,2-PROPANEDIOL, 2- PROPANOL, 1,4-BUTANEDIOL, 1,3-PROPANEDIOL; DIRECT CRYO; CRYSTAL TRACKING ID 254099C3 (VXD5-6), PH 6.80, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
PH範囲: 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日
放射モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→41.903 Å / Num. obs: 12408 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1675精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→41.903 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 603 4.87 %
Rwork0.1717 --
obs0.173 12385 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→41.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 0 31 30 1987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6932734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.861709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.91660.2641570.22252885X-RAY DIFFRACTION100
2.9166-3.33850.23791330.2132920X-RAY DIFFRACTION100
3.3385-4.20560.22611490.17112920X-RAY DIFFRACTION99
4.2056-41.90820.15251640.14693057X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5964-0.50940.37843.51860.45374.0711-0.0155-0.08260.66710.39170.118-0.6513-1.16420.401-0.24731.0299-0.17370.00370.3434-0.05360.58169.617828.97385.3465
23.2418-1.59870.90574.02741.20894.0444-0.7618-0.45580.66130.49930.2788-0.3982-0.9389-0.55480.49851.18010.0464-0.04140.4136-0.07450.68261.899837.6028.1245
31.60350.34740.95522.58550.46972.4577-0.0690.10070.47110.01420.08340.281-1.1319-0.2749-0.05280.67090.13030.01830.30040.03240.4078-5.268522.41420.1937
42.9475-0.16470.57962.7817-0.00183.83710.0576-0.39320.20.5728-0.087-0.1057-0.33360.0997-0.02160.4841-0.07380.00080.3058-0.06060.35255.243213.443910.4245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 35 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 56 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 272 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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