+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vzc | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Post-catalytic complex of human Polymerase Mu (G433S) mutant with incoming dTTP | |||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE/DNA / Family X / nonhomologous end-joining / DNA double strand break repair / ribonucleotide incorporation / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Moon, A.F. / Pryor, J.M. / Ramsden, D.A. / Kunkel, T.A. / Bebenek, K. / Pedersen, L.C. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural accommodation of ribonucleotide incorporation by the DNA repair enzyme polymerase Mu. 著者: Moon, A.F. / Pryor, J.M. / Ramsden, D.A. / Kunkel, T.A. / Bebenek, K. / Pedersen, L.C. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 138.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 476.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5twpC ![]() 5twqC ![]() 5twrC ![]() 5twsC ![]() 5vz7C ![]() 5vz8C ![]() 5vz9C ![]() 5vzaC ![]() 5vzbC ![]() 5vzdC ![]() 5vzeC ![]() 5vzfC ![]() 5vzgC ![]() 5vzhC ![]() 5vziC ![]() 4m04S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39874.188 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 134-494 / 変異: G433S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD
#2: DNA鎖 | 分子量: 2740.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#3: DNA鎖 | 分子量: 1495.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 7種, 452分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/TTP.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/TTP.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-TTP / | #9: 化合物 | ChemComp-EDO / #10: 化合物 | ChemComp-GOL / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 90mM HEPES pH 7.5, 18% PEG4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月13日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si(220) sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 66859 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Rpim(I) all: 0.034 / Rsym value: 0.083 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 23.64 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 3250 / CC1/2: 0.571 / Rpim(I) all: 0.379 / Rsym value: 0.605 / Χ2: 0.917 / % possible all: 97.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4M04 解像度: 1.552→32.821 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 17.37 詳細: THE AUTHORS STATE THAT THE ANOMALOUS SIGNAL IS OBSERVED AT ONE POSITION IN THIS STRUCTURE--AT THE METAL OCCUPYING THE METAL A SITE (PEAK > 6 SIGMA). NO KNOWN ANOMALOUS SCATTERERS WERE ...詳細: THE AUTHORS STATE THAT THE ANOMALOUS SIGNAL IS OBSERVED AT ONE POSITION IN THIS STRUCTURE--AT THE METAL OCCUPYING THE METAL A SITE (PEAK > 6 SIGMA). NO KNOWN ANOMALOUS SCATTERERS WERE ADDED, SO THIS POSITION HAS BEEN PUTATIVELY MODELED AS SODIUM, WHICH IS CONSISTENT WITH ITS IDENTITY IN OTHER REPORTED STRUCTURES.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.552→32.821 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|