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- PDB-5vym: Crystal structure of beta-galactosidase from Bifidobacterium adol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vym
タイトルCrystal structure of beta-galactosidase from Bifidobacterium adolescentis
要素Beta-galactosidase BgaB
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Class I glutamine amidotransferase-like / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase BgaB
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium adolescentis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.456 Å
データ登録者Chang, C. / Cuff, M. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115586 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of beta-galactosidase from Bifidobacterium adolescentis
著者: Chang, C. / Cuff, M. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2017年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase BgaB
B: Beta-galactosidase BgaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0492
ポリマ－50,0492
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.549, 90.549, 278.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Beta-galactosidase BgaB / Beta-gal / Beta-Gal II


分子量: 25024.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium adolescentis (strain ATCC 15703 / DSM 20083 / NCTC 11814 / E194a) (バクテリア)
株: ATCC 15703 / DSM 20083 / NCTC 11814 / E194a / 遺伝子: bgaB, bgaLII, BAD_1401 / プラスミド: pMCSG68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A1A399, beta-galactosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.01 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M Lithiumsulfate, 0.1M Sodium acetate, 30% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.37762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.37762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→36.11 Å / Num. obs: 36438 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 38.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.901 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 205921
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.4990.78612280.8560.2640.8320.845100
2.49-2.5490.71812440.8830.2430.7610.852100
2.54-2.598.90.6212430.9050.2110.6580.849100
2.59-2.648.90.53212410.9180.180.5640.89299.9
2.64-2.78.80.4312510.9420.1460.4560.903100
2.7-2.768.80.35712450.9730.1220.3790.888100
2.76-2.838.60.32812760.9630.1120.3480.92100
2.83-2.98.60.26612480.970.0910.2830.98199.8
2.9-2.998.50.23612460.9740.0810.2510.951100
2.99-3.098.40.18912470.9930.0650.2010.99399.8
3.09-3.28.20.12912650.9890.0440.1370.9499.5
3.2-3.328.10.0912680.9930.0310.0960.94599.5
3.32-3.4880.07412670.9940.0260.0790.92199.2
3.48-3.667.90.06212540.9960.0220.0660.93499.1
3.66-3.897.80.04512620.9970.0150.0480.90597.8
3.89-4.197.50.03912620.9970.0130.0420.87397.9
4.19-4.617.40.03312580.9980.0120.0350.82896.3
4.61-5.287.10.03112820.9980.0110.0330.76196.9
5.28-6.656.80.03113070.9980.0110.0330.70796.2
6.65-506.80.03314470.9970.0130.0361.10596.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2650精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UZS

4uzs


解像度: 2.456→36.11 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 3000 8.23 %
Rwork0.1815 33438 -
obs0.1852 36438 78.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.79 Å2 / Biso mean: 47.9097 Å2 / Biso min: 6.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.456→36.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3274 0 0 123 3397
Biso mean---44.64 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.424567
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6831904
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4561-2.49640.3581750.26284592041
2.4964-2.53940.3454840.2749976106049
2.5394-2.58560.3584990.27071159125856
2.5856-2.63530.33381120.25531220133261
2.6353-2.68910.3271170.26171280139763
2.6891-2.74750.29381190.25211333145264
2.7475-2.81140.35481220.2741339146167
2.8114-2.88170.30051410.25591364150569
2.8817-2.95960.28541250.24091443156870
2.9596-3.04660.31071350.25341484161973
3.0466-3.14490.29861440.22341633177780
3.1449-3.25720.27811600.1981778193888
3.2572-3.38760.2451720.19441873204592
3.3876-3.54160.22591680.18951944211296
3.5416-3.72810.20811690.17021989215897
3.7281-3.96150.22291800.15291971215197
3.9615-4.26690.15231780.13341955213396
4.2669-4.69540.17941770.13271952212996
4.6954-5.3730.16891740.14171951212596
5.373-6.76210.22591720.16951944211696
6.7621-36.11340.18661770.17762005218298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38180.0482-0.37690.25940.08370.4196-0.06680.0810.001-0.08690.0662-0.16890.1850.0588-00.2653-0.02950.0150.2203-0.05070.226420.62924.3873-25.2606
20.4713-0.1608-0.29380.42360.20550.2043-0.1185-0.1054-0.08910.13320.14720.00850.1457-0.00220.00480.1214-0.01180.00160.09620.0110.073614.462228.9492-10.2628
30.36150.07130.1320.2359-0.18850.23250.0699-0.13990.3649-0.03230.0926-0.3128-0.32710.49670.00070.3361-0.13710.08090.464-0.16130.470912.675854.45284.2774
40.39910.1643-0.07180.2416-0.06830.2680.1268-0.02150.16460.06810.0796-0.0254-0.02890.37290.01060.3261-0.06860.08620.2873-0.03710.32984.898252.9421-0.0751
50.8310.2592-0.6480.6793-0.08820.95830.0034-0.07670.02670.15330.03980.0865-0.04860.0899-00.12050.01120.02490.1616-0.00530.1334-2.560741.83924.2851
60.5683-0.3685-0.04660.29330.07570.3708-0.16960.1494-0.23780.1516-0.01250.37640.2174-0.4262-0.08870.3229-0.17450.09210.2321-0.04670.32924.08615.5321-17.9221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 59 )A0 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 140 )A60 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 183 )A141 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 184 through 225 )A184 - 225
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 129 )B0 - 129
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 130 through 224 )B130 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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