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Yorodumi- PDB-5vym: Crystal structure of beta-galactosidase from Bifidobacterium adol... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vym | ||||||
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Title | Crystal structure of beta-galactosidase from Bifidobacterium adolescentis | ||||||
Components | Beta-galactosidase BgaB | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology | ||||||
Function / homology | Function and homology information beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bifidobacterium adolescentis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.456 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Cuff, M. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of beta-galactosidase from Bifidobacterium adolescentis Authors: Chang, C. / Cuff, M. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vym.cif.gz | 179.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vym.ent.gz | 141.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vym.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5vym_validation.pdf.gz | 422.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5vym_full_validation.pdf.gz | 423.6 KB | Display | |
Data in XML | 5vym_validation.xml.gz | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5vym_validation.cif.gz | 24 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/5vym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/5vym | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4uzsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25024.383 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bifidobacterium adolescentis (strain ATCC 15703 / DSM 20083 / NCTC 11814 / E194a) (bacteria) Strain: ATCC 15703 / DSM 20083 / NCTC 11814 / E194a / Gene: bgaB, bgaLII, BAD_1401 / Plasmid: pMCSG68 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A1A399, beta-galactosidase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.33 Å3/Da / Density % sol: 63.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 0.2M Lithiumsulfate, 0.1M Sodium acetate, 30% PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 1.37762 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 1, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.37762 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→36.11 Å / Num. obs: 36438 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 38.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.901 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 205921 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4UZS Resolution: 2.456→36.11 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 136.79 Å2 / Biso mean: 47.9097 Å2 / Biso min: 6.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.456→36.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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