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- PDB-5vxd: Crystal structure of Xanthomonas campestris OleA E117A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vxd
タイトルCrystal structure of Xanthomonas campestris OleA E117A
要素3-oxoacyl-[ACP] synthase III
キーワードTRANSFERASE / Thiolase / Condensation
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.968 Å
データ登録者Jensen, M.R. / Wilmot, C.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-008700 米国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: OleA Glu117 is key to condensation of two fatty-acyl coenzyme A substrates in long-chain olefin biosynthesis.
著者: Jensen, M.R. / Goblirsch, B.R. / Christenson, J.K. / Esler, M.A. / Mohamed, F.A. / Wackett, L.P. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III
B: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7534
ポリマ－77,5692
非ポリマー1842
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, OleA elutes as a dimer through gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.393, 85.988, 103.562
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[ACP] synthase III


分子量: 38784.406 Da / 分子数: 2 / 変異: E117A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (strain ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25) (バクテリア)
株: ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25 / 遺伝子: fabH, XCC0212 / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8PDX2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 % / Mosaicity: 0.262 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 16% PEG 8000, 105 mM potassium phosphate dibasic, 100 mM sodium citrate pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月30日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 52682 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.068 / Net I/av σ(I): 11.8 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.968-1.9940.714225990.5810.4140.8271.073100
1.99-2.0340.62125930.6560.360.721.07100
2.03-2.0740.53125910.7380.3070.6151.19100
2.07-2.1140.41625970.8140.2410.4831.098100
2.11-2.1640.34126320.870.1960.3941.095100
2.16-2.2140.29525850.9050.170.3421.071100
2.21-2.2640.30626040.8820.1750.3531.19100
2.26-2.3240.23626120.9320.1350.2731.069100
2.32-2.3940.21926180.940.1250.2531.058100
2.39-2.4740.20326040.9460.1160.2351.031100
2.47-2.5640.17826170.9560.1010.2051.055100
2.56-2.6640.15426350.9640.0870.1771.021100
2.66-2.7840.13526160.9740.0760.1551.054100
2.78-2.9340.11726440.9780.0670.1351.032100
2.93-3.1140.10326370.9810.0590.1191.052100
3.11-3.3540.08926350.9840.0510.1031.091100
3.35-3.6940.07726790.990.0440.0891.039100
3.69-4.2240.06526840.9920.0370.0751.066100
4.22-5.323.90.05627070.9940.0320.0651.003100
5.32-503.70.0527930.9950.0290.058197.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000v705データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
REFMAC5.8.0158位相決定
HKLデータスケーリング
HKL-2000v705データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4KU3

4ku3


解像度: 1.968→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.774 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2141 2646 5 %RANDOM
Rwork0.1688 ---
obs0.1711 49981 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.39 Å2 / Biso mean: 33.923 Å2 / Biso min: 7.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0 Å2
2--0.6 Å2-0 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.968→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5197 0 12 178 5387
Biso mean--53.54 33.91 -
残基数----685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0195336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.411.9647233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.225311842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0835695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.64524.091220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.96815930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0411539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021040
LS精密化 シェル解像度: 1.968→2.019 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 198 -
Rwork0.234 3461 -
all-3659 -
obs--95.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3033-0.08660.07710.17670.06610.1261-0.0312-0.0104-0.01180.03880.02770.03590.04440.00970.00350.03690.00130.010.00650.00030.0279-10.68157.1534-2.2047
20.07260.0606-0.1530.2367-0.16360.3655-0.01520.00150.0098-0.09180.012-0.01580.0512-0.02590.00310.072-0.01070.00660.013-0.01150.0143-13.569223.8681-27.4817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 358
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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