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- PDB-5vw7: NADPH soak of Y316A mutant of corn root ferredoxin:NADP+ reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vw7
タイトルNADPH soak of Y316A mutant of corn root ferredoxin:NADP+ reductase
要素Ferredoxin--NADP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoenzyme / hydride transfer / photosynthesis / active site compression
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / NADPH dehydrogenase activity / NADPH binding / photosynthesis / chloroplast / electron transport chain / electron transfer activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Ferredoxin--NADP reductase, chloroplastic / ferredoxin--NADP(+) reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.608 Å
データ登録者Kean, K.M. / Carpenter, R.A. / Hall, A.R. / Karplus, P.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM119227 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-9982727 米国
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: High-resolution studies of hydride transfer in the ferredoxin:NADP(+) reductase superfamily.
著者: Kean, K.M. / Carpenter, R.A. / Pandini, V. / Zanetti, G. / Hall, A.R. / Faber, R. / Aliverti, A. / Karplus, P.A.
履歴
登録2017年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin--NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8845
ポリマ－35,2701
非ポリマー1,6144
水9,548530
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.188, 59.188, 188.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-894-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ferredoxin--NADP reductase


分子量: 35269.902 Da / 分子数: 1 / 変異: Y327A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q41736, UniProt: B4G043*PLUS, ferredoxin-NADP+ reductase

-
非ポリマー , 5種, 534分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 22-24% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6-7), 0.18-0.22 M magnesium acetate, 100 mM nicotinamide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→49.45 Å / Num. obs: 50821 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 4336 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LO8

3lo8


解像度: 1.608→49.454 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1556 5122 10.09 %
Rwork0.1306 --
obs0.1332 50752 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.608→49.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2407 0 106 530 3043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.173732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5591667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.608-1.62630.19731670.16191480X-RAY DIFFRACTION99
1.6263-1.64540.17741600.15291522X-RAY DIFFRACTION100
1.6454-1.66550.17231650.14761485X-RAY DIFFRACTION100
1.6655-1.68660.18561700.14571508X-RAY DIFFRACTION100
1.6866-1.70880.16781700.13551481X-RAY DIFFRACTION100
1.7088-1.73220.15811750.14011483X-RAY DIFFRACTION100
1.7322-1.75690.17991700.14051489X-RAY DIFFRACTION100
1.7569-1.78310.17821880.13961478X-RAY DIFFRACTION100
1.7831-1.8110.15531850.14251477X-RAY DIFFRACTION100
1.811-1.84070.17391900.13461508X-RAY DIFFRACTION100
1.8407-1.87240.17611740.13271469X-RAY DIFFRACTION100
1.8724-1.90650.17511560.12861550X-RAY DIFFRACTION100
1.9065-1.94320.1621690.12641462X-RAY DIFFRACTION100
1.9432-1.98280.12461670.12581543X-RAY DIFFRACTION100
1.9828-2.02590.14821480.1251502X-RAY DIFFRACTION100
2.0259-2.07310.14771870.12661513X-RAY DIFFRACTION100
2.0731-2.12490.13291510.13181529X-RAY DIFFRACTION100
2.1249-2.18240.15361950.12341494X-RAY DIFFRACTION100
2.1824-2.24660.15051670.12281496X-RAY DIFFRACTION100
2.2466-2.31910.15971660.12581516X-RAY DIFFRACTION100
2.3191-2.4020.15161690.12981533X-RAY DIFFRACTION100
2.402-2.49820.15921610.12471543X-RAY DIFFRACTION100
2.4982-2.61180.14731480.1221549X-RAY DIFFRACTION100
2.6118-2.74950.13271680.11871535X-RAY DIFFRACTION100
2.7495-2.92180.15221770.12631528X-RAY DIFFRACTION100
2.9218-3.14730.14341690.12521548X-RAY DIFFRACTION100
3.1473-3.4640.15281750.12121560X-RAY DIFFRACTION100
3.464-3.96510.14911790.1131569X-RAY DIFFRACTION100
3.9651-4.99480.11981520.1151619X-RAY DIFFRACTION100
4.9948-49.47710.20822040.19231661X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.7873 Å / Origin y: 17.6322 Å / Origin z: 13.4753 Å
111213212223313233
T0.0885 Å2-0.0192 Å20.0361 Å2-0.1605 Å2-0.0302 Å2--0.1376 Å2
L0.3091 °20.1389 °20.0268 °2-0.5663 °20.0652 °2--1.4563 °2
S-0.0839 Å °0.0732 Å °-0.0527 Å °-0.0925 Å °0.0749 Å °-0.0867 Å °0.1155 Å °0.1798 Å °0.0186 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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