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万見
- PDB-5vvx: Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vvx
タイトルStructural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase
要素
  • Lamin B1
  • Protein O-GlcNAcase
キーワードHYDROLASE / OGA / Human O-GlcNAcase
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of nuclear lamina / hyalurononglucosaminidase activity / glycoprotein metabolic process / Breakdown of the nuclear lamina / Depolymerization of the Nuclear Lamina / N-acetylglucosamine metabolic process / glycoprotein catabolic process / protein O-GlcNAcase / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / Nuclear Envelope Breakdown ...structural constituent of nuclear lamina / hyalurononglucosaminidase activity / glycoprotein metabolic process / Breakdown of the nuclear lamina / Depolymerization of the Nuclear Lamina / N-acetylglucosamine metabolic process / glycoprotein catabolic process / protein O-GlcNAcase / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear envelope organization / nuclear pore localization / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / protein deglycosylation / nuclear lamina / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / protein O-linked glycosylation / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / nuclear migration / nuclear inner membrane / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / phospholipase binding / Meiotic synapsis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / heterochromatin formation / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / sequence-specific double-stranded DNA binding / nuclear envelope / nuclear membrane / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein ...Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / : / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Acyl-CoA N-acyltransferase / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein O-GlcNAcase / Lamin-B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li, B. / Jiang, J. / Li, H. / Hu, C.-W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
UW-Madison 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the substrate binding adaptability and specificity of human O-GlcNAcase.
著者: Li, B. / Li, H. / Hu, C.W. / Jiang, J.
履歴
登録2017年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein O-GlcNAcase
C: Protein O-GlcNAcase
B: Lamin B1
D: Lamin B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,7816
ポリマ－118,3384
非ポリマー4422
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9570 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area33470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.922, 96.222, 89.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein O-GlcNAcase / OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma- ...OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma-expressed antigen 5 / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase / Nuclear cytoplasmic O-GlcNAcase and acetyltransferase / NCOAT


分子量: 57822.582 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 60-400, 553-704 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGEA5, HEXC, KIAA0679, MEA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60502, protein O-GlcNAcase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド Lamin B1


分子量: 1346.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20700*PLUS
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 ...詳細: 0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 28990 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1384 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TKE

5tke


解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 19.504 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.433 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28221 1341 4.8 %RANDOM
Rwork0.19988 ---
obs0.20382 26597 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 88.838 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å2-0.04 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7063 0 28 13 7104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.027280
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.9529844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.017315375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7915850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34723.467349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.928151252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9421547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217938
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.1538.8843433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.1538.8833432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.38613.3054272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.38513.3074273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6299.1543847
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6299.1543848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.67113.585573
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.0798320
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.0828320
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.886→2.961 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 74 -
Rwork0.329 1040 -
obs--52.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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